如何测量两个面的夹角（不是二面角）

知黑守白 · 发表于 Post on 2022-6-8 21:24:20

用Amber20做分子动力学，一个萘环小分子和蛋白质相互作用，想测量一下模拟过程中，萘环这个平面和某个heilx的夹角的变化情况
因为小分子是波动的，使用【dihedral】测量二面角是行不通的，4个原子没法选

我的想法是在萘环上选三个原子确定萘环平面，在helix上首尾两端选两个CA原子确定helix的轴线，然后测量相应的夹角，请问各位大佬，amber有类似的模块能实现这种功能吗？

丁越 · 发表于 Post on 2022-6-8 23:16:47

VMD可以实现，看这里的统计脚本http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html

snljty2 · 发表于 Post on 2022-6-8 23:38:36

也可以参考卢老师博文《计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角》

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-9 08:15:55

这种零七八碎的分析一般在动力学模拟程序里都不会提供现成的功能，必须会写VMD或第三方轨迹分析库的分析脚本，否则碰到点小问题都没法解决。

写VMD tcl脚本，超不过20行就能实现。
最好用helix部分CA原子的主轴来定义helix方向，比只靠首尾两个CA定义明显更严格
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里的一个计算螺旋部分与Z轴夹角的脚本和解释

知黑守白 · 发表于 Post on 2022-6-26 18:15:47

丁越发表于 2022-6-8 23:16
VMD可以实现，看这里的统计脚本http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html

感谢您的回复！我仔细看了这个帖子，但由于我自己脚本知识有限，他给的脚本我都能运行成功，但测出来的数据并不适用我自己的体系

知黑守白 · 发表于 Post on 2022-6-26 18:16:57

snljty2 发表于 2022-6-8 23:38
也可以参考卢老师博文《计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角》

感谢回复！
卢老师的这个我也看了，multiwfn我也尝试使用，但是轨迹转换xyz实在太大了，几十个G，我用不了

知黑守白 · 发表于 Post on 2022-6-26 18:18:47

sobereva 发表于 2022-6-9 08:15
这种零七八碎的分析一般在动力学模拟程序里都不会提供现成的功能，必须会写VMD或第三方轨迹分析库的分析脚 ...

感谢卢老师！！！

我从之前参加的gromacs培训班里找到了这部分内容，但是在改写的时候一直报错，一会儿我新开一贴，请您指正！

sylar · 发表于 Post on 2022-8-18 14:08:29

parm P450_box.prmtop
trajin min.rst
vector v_lig :AGI@C10,:AGI@C11,:AGI@C12,:AGI@C13,:AGI@C14, corrplane
vector v_hem :HEM@NA,:HEM@NB,:HEM@NC,:HEM@ND corrplane
vectormath vec1 v_lig vec2 v_hem dotangle out dotproduct1_end.dat name acos(V1*V2)

复制代码

搜二面角相关看到你的帖子，不知道你还需不需要，amber测两个平面可以用vector来做，以上可以得到底物AGI和HEM的法向量夹角

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