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[综合交流] 求助ATB生成小分子力场文件提示几何构象或者电荷有问题

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ATB生成小分子立场文件说几何构象或者电荷有问题(我的电荷应该没问题,用pymol算的),几何构象哪里有问题?或者该如何优化啊



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发表于 Post on 2022-10-20 22:57:05 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “ATB生成文件” 改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-10-20 23:54:38 | 只看该作者 Only view this author
没必要让ATB去优化
并且检查结构合理性,诸如氢的位置和数目
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-22 17:33:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 23:54
没必要让ATB去优化
并且检查结构合理性,诸如氢的位置和数目

老师,我自己优化用啥啊 ? 计算电荷可以用pymol计算吗

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发表于 Post on 2022-10-23 04:08:26 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-10-22 17:33
老师,我自己优化用啥啊 ? 计算电荷可以用pymol计算吗

我没听说过pymol有计算电荷的功能
我都不知道你的具体目的是什么,如果没有必要非得用ATB,对于有机体系来说,用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP或RESP2(0.5)电荷是最好选择,仔细看sobtop主页(http://sobereva.com/soft/Sobtop)和下文
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-23 18:01:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-23 04:08
我没听说过pymol有计算电荷的功能
我都不知道你的具体目的是什么,如果没有必要非得用ATB,对于有机体系 ...

就是我立场选择gromos54a7,小分子用atb生成拓扑时报错,问题如图片,我该如何操作?几何构象用什么优化?

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发表于 Post on 2022-10-23 19:14:17 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-10-23 18:01
就是我立场选择gromos54a7,小分子用atb生成拓扑时报错,问题如图片,我该如何操作?几何构象用什么优化 ...

比如我用gview画了个结构式,用gv载入这个结构式时,自动把氢原子都加上,

然后直接点击这个刷子,先让gv自动粗略的优化几次,然后另存为pdb,再把这个pdb提交给ATB。

如果ATB返回仍然报错,那么大概率是你自己的结构本身画的就不对,或者总电荷设置不合理。

又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-23 20:29:38 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-10-23 19:14
比如我用gview画了个结构式,用gv载入这个结构式时,自动把氢原子都加上,

然后直接点击这个刷子,先 ...

嗯 这个gviem可以免费下载吗?然后我的分子是从蛋白提取的

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发表于 Post on 2022-10-24 05:07:40 | 只看该作者 Only view this author
ZHIMING123 发表于 2022-10-23 20:29
嗯 这个gviem可以免费下载吗?然后我的分子是从蛋白提取的

没有叫gviem的程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 21:55:05 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-10-23 19:14
比如我用gview画了个结构式,用gv载入这个结构式时,自动把氢原子都加上,

然后直接点击这个刷子,先 ...

我不是自己画的,是蛋白自带的,我用的pymol提取的,atb网站的电荷那行你是咋算的啊

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