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[并行运算] 为使用ORCA在集群上安装OpenMPI无法显示OpenMPI版本

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本帖最后由 火车头 于 2022-12-24 19:34 编辑

大家好,楼主小白,按sob老师的帖子在小集群上安装ORCA(之前已先在单机虚拟机里成功安装,通过测试),但在集群上安装的时候无法通过测试:
ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /opt/soft/ORCA/orca502/orca_gtoint_mpi test.int.tmp test
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

我回头重新编译OpenMPI未发现什么报错,但是mpiexec -V无法识别OpenMPI版本,实在不知道哪里出了问题,还请大佬指导
[root@Master ~]# which mpiexec
/opt/soft/OpenMPI/openmpi411/bin/mpiexec

[root@master ~]# mpiexec -V
mpiexec: Error: unknown option "-V"

.bashrc设置的环境变量如下:
export PATH=/opt/soft/OpenMPI/openmpi411/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/soft/OpenMPI/openmpi411/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$PATH:/opt/soft/ORCA/orca502
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/soft/ORCA/orca502
alias orca='/opt/soft/ORCA/orca502/orca'
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1
export OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT_CONFIRM=1

服务器里原先还有intel,之前厂商在/etc/profile里写了环境变量,被我注释掉了,上述问题没有得到解决。
#source /opt/intel/impi/5.0.1.035/intel64/bin/mpivars.sh
#source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/ifortvars.sh intel64
#source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/iccvars.sh intel64
#source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/bin/mklvars.sh intel64
ORCA使用5.0.2静态库版本,OpenMPI使用对应的4.1.1版本,已经成功安装gfortran,gcc,g++




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发表于 Post on 2022-12-24 20:19:09 | 只看该作者 Only view this author
参考
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html

yum/dnf install apptainer 应该很简单的。
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发表于 Post on 2022-12-24 20:50:59 | 只看该作者 Only view this author
Intel编译器躺枪,与它无关。能运行以下4行命令然后截图展示结果么?
which gfortran
gfortran --version
which mpirun
mpirun --version
另外,既然是测试例子,没有保密性问题,建议直接上传输出文件,看得更清楚。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-24 22:41:16 | 只看该作者 Only view this author
新上传了输入输出文件

202212242238014077..png (45.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 71)

202212242238014077..png

test.inp

291 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

test.out

10.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-24 22:41:59 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-12-24 20:50
Intel编译器躺枪,与它无关。能运行以下4行命令然后截图展示结果么?
which gfortran
gfortran --version ...

感谢大佬回复,我运行了您提供的几个命令,也上传了输入输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-24 22:48:43 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2022-12-24 20:19
参考
http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html

感谢,我再尝试更“官方”些的方式能不能解决。

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发表于 Post on 2022-12-24 23:05:37 | 只看该作者 Only view this author
火车头 发表于 2022-12-24 22:41
新上传了输入输出文件

没有mpirun,可能原因:(1)编译过程虽无报错,但没编译成功,没有生成可执行文件;(2)编译成功了,但环境变量没写对。可以运行ls /opt/soft/OpenMPI/openmpi411/bin看看,如果几乎是空的,那就是没编译成功
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-26 09:03:58 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-12-24 23:05
没有mpirun,可能原因:(1)编译过程虽无报错,但没编译成功,没有生成可执行文件;(2)编译成功了,但 ...

谢谢!已经解决了,我就是按之前完全一样的方式有一次重新编译了一下openmpi,这次就可以了,,,虽然好了,但还是不知道怎么好的

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发表于 Post on 2022-12-26 11:20:19 | 只看该作者 Only view this author
火车头 发表于 2022-12-26 09:03
谢谢!已经解决了,我就是按之前完全一样的方式有一次重新编译了一下openmpi,这次就可以了,,,虽然好 ...

就是我在7楼说的原因(1)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-26 11:22:06 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2022-12-26 11:20
就是我在7楼说的原因(1)

是的,原因是这样。但是完全一样的方法步骤,为什么之前(四次)编译没成功不知道原因

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发表于 Post on 2023-6-9 23:46:15 | 只看该作者 Only view this author
楼主您好,想请问一下,您在集群上安装orca,是把orca上传到集群里,然后在shell里按http://sobereva.com/451帖子里的方法安装的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-14 15:34:49 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-6-9 23:46
楼主您好,想请问一下,您在集群上安装orca,是把orca上传到集群里,然后在shell里按http://sobereva.com/4 ...

是的

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