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[GROMACS] 求助:用sobtop生产的力场计算液相体系时,盒子不断扩大成气相体系是为何?

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本帖最后由 yee 于 2023-5-31 19:34 编辑

用sobtop生成GAFF力场,物质是C2H2F2(制冷剂R32),mdp设置为液相温度与压力,跑完npt后盒子扩散得很大,密度不断降低,不属于液相体系,请问如何解决?用sobtop生成其他物质,R134a,R1234yf计算液相时没有出现这种情况,都是能跑出液相密度的。

conf.gro

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energy.xvg

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min.mdp

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r32.itp

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发表于 Post on 2023-5-18 15:03:16 | 只看该作者 Only view this author
要么拓扑文件有问题,没上传没法说,要么mdp有问题,没上传没法说
另外,不管什么力场,计算的沸点总是有误差的,别设得离沸点太近
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-31 19:34:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 15:03
要么拓扑文件有问题,没上传没法说,要么mdp有问题,没上传没法说
另外,不管什么力场,计算的沸点总是有 ...

已经设置到远离饱和温度了,但是仍然是跑成气相体系。文件已上传,麻烦老师帮帮看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-31 19:36:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-18 15:03
要么拓扑文件有问题,没上传没法说,要么mdp有问题,没上传没法说
另外,不管什么力场,计算的沸点总是有 ...

我还计算了其他的氢氟烃和氢氟烯烃,密度误差都很小,只有这一个跑不出来

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发表于 Post on 2023-6-1 03:53:49 | 只看该作者 Only view this author
温度从很低一点点往上提升,反复模拟,弄清楚当前计算条件下的实际临界温度是多少
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-1 10:44:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-1 03:53
温度从很低一点点往上提升,反复模拟,弄清楚当前计算条件下的实际临界温度是多少

实验中2MPa时,临界温度是304.58K,我现在设置到283.15K,2MPa时,还是跑不出来液相体系。这个物质好像也没有什么特殊的原子和键,怎就跑不出来呢?

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发表于 Post on 2023-6-1 12:20:26 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2023-6-1 10:44
实验中2MPa时,临界温度是304.58K,我现在设置到283.15K,2MPa时,还是跑不出来液相体系。这个物质好像也 ...

尝试更低的温度,直到跑出来液态

也可以尝试其它力场,诸如CGenFF

原子电荷怎么得到的也要交代。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-2 17:50:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-1 12:20
尝试更低的温度,直到跑出来液态

也可以尝试其它力场,诸如CGenFF

电荷是通过论坛里的Multiwfn教程得出的

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发表于 Post on 2023-6-3 01:32:36 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2023-6-2 17:50
电荷是通过论坛里的Multiwfn教程得出的

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
自觉说清楚哪个教程、什么原子电荷、什么计算级别,我没隔空读心术
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-3 12:36:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-3 01:32
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620(http: ...

http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
根据这个一行命令 ./RESP.sh r32.pdb 0 1 gas 得出的chg文件,再放到sobtop生成的力场里进行计算的

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发表于 Post on 2023-6-3 13:12:09 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2023-6-1 10:44
实验中2MPa时,临界温度是304.58K,我现在设置到283.15K,2MPa时,还是跑不出来液相体系。这个物质好像也 ...

从200K逐渐升温试试?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-5 10:36:56 | 只看该作者 Only view this author
thou 发表于 2023-6-3 13:12
从200K逐渐升温试试?

好的,我试试,但是如果饱和温度相差这么远,我后面还要加入别的物质控制温度的时候就不好调整了,意义也不大了

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发表于 Post on 2023-6-5 12:57:17 | 只看该作者 Only view this author
以前遇到过初始结构的密度太小,会跑成气态密度,试着再增大初始结构的密度试试?

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发表于 Post on 2023-6-5 19:20:51 | 只看该作者 Only view this author
等温可压缩系数的问题吧,感觉一般可能没什么人关注这个

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-5 21:18:51 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2023-6-5 19:20
等温可压缩系数的问题吧,感觉一般可能没什么人关注这个

有可能,我找找

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