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[CP2K] 求助:cp2k进行AIMD模拟,如何判断温度是否合理

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本帖最后由 liheng 于 2023-9-21 21:46 编辑

我在进行表面吸附的AIMD计算,本来打算前期先跑20ps的预平衡,设置的温度为423K。可是结果温度波动还是很大,如下图(图1:Cs8/O2/H8/Mo80;图2:Cs12/O2/H8/Mo80)。可是我看类似工作的文献中提到跑10ps的预平衡就够了,我都跑了20ps了,感觉还是不行。虽然平均温度(黄色曲线)越来越接近423K,但是每一步的温度振荡还是很剧烈。请问这个如何判断温度到达平衡了呢

图1.png (80.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

Cs8/O2/H8/Mo80

Cs8/O2/H8/Mo80

图2.png (81.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

Cs12/O2/H8/Mo80

Cs12/O2/H8/Mo80

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Cs12/O2/H8/Mo80

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发表于 Post on 2023-9-22 03:02:10 | 只看该作者 Only view this author
越小的体系,温度波动倾向于越大,没什么必然异常的。本来你当前的体系就挺小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-22 09:50:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-22 03:02
越小的体系,温度波动倾向于越大,没什么必然异常的。本来你当前的体系就挺小

卢老师,也就是说我现在是可以在当前基础上进行平衡阶段的计算了是吧?将TIMECON由当前的50增加到200?

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发表于 Post on 2023-9-23 05:19:43 | 只看该作者 Only view this author
liheng 发表于 2023-9-22 09:50
卢老师,也就是说我现在是可以在当前基础上进行平衡阶段的计算了是吧?将TIMECON由当前的50增加到200?



200可能有点大,可以用100
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-23 17:17:18 | 只看该作者 Only view this author
好的。谢谢卢老师

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发表于 Post on 2024-6-25 17:27:48 | 只看该作者 Only view this author
请问这个平均温度输出是怎么设置的?

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发表于 Post on 2024-9-19 14:51:52 | 只看该作者 Only view this author
zukelei 发表于 2024-6-25 17:27
请问这个平均温度输出是怎么设置的?

同学,你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况,而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K,但是从第二步开始就6000+K,一直这么高下降不下来。

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发表于 Post on 2024-9-19 16:49:28 | 只看该作者 Only view this author
1285050231 发表于 2024-9-19 14:51
同学,你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况,而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K,但是从 ...

前几千步是这样的,很不平衡

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发表于 Post on 2024-10-26 17:29:01 | 只看该作者 Only view this author
1285050231 发表于 2024-9-19 14:51
同学,你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况,而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K,但是从 ...

你好,同学我也遇到类似的问题,而且再往后直接到了60W K,请问一下你这个问题解决了吗?

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发表于 Post on 2024-10-26 19:43:33 | 只看该作者 Only view this author
kilig 发表于 2024-10-26 17:29
你好,同学我也遇到类似的问题,而且再往后直接到了60W K,请问一下你这个问题解决了吗?

跑分子动力学之前初始结构和CP2K输入文件是怎么生成的?具体有什么分子和设置?

若体系密度较大、构建初始结构又用的是packmol,因packmol堆积分子时仅考虑空间几何而非更真实的电子结构,产生的结构可能还有偏小的原子间距,计算时就表现出较大斥力和很高温度。在做高密度体系的MD之前先把这样搭建的初始结构跑一下几何优化,这样能量极小化可以消除不合理接触,后续MD更容易控制温度。

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发表于 Post on 2024-11-16 20:37:42 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-10-26 19:43
跑分子动力学之前初始结构和CP2K输入文件是怎么生成的?具体有什么分子和设置?

若体系密度较大、构建 ...

请问下老师,我想跑一个水溶液中反应的AIMD。也是用packmol构建的初始结构。跑MD前准备先opt一下,但是发现结构优化一直不收敛,100步了仍然没有收敛的趋势,请问这种情况该怎么处理呢?拿最后一帧先跑AIMD预平衡吗

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