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[VASP] 求助:VASP建模一定要是周期性的吗,我在大盒子里建模进行结构优化和吸附能计算可以吗

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我在VASP中结构优化和计算吸附能,这样建模正确吗,是不是上下左右真空层建高一点就可以



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喜欢诺诺的小废柴

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发表于 Post on 2025-11-26 10:38:55 | 只看该作者 Only view this author
不一定要是周期性,但是要避免相互作用,要留足够的距离,而且这个模型如果第一层是吸附分子,第二层是基底,基地就太小了。即便你这两层都是基底感觉也有点小了。另外你这个体系不算大,也不一定非要用vasp来做,gaussian也算的动。

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发表于 Post on 2025-11-26 10:46:09 | 只看该作者 Only view this author
VASP可以这样算,但要保证盒子足够大,不同周期之间需保持6~8埃的距离避免相互作用。不过盒子大了算的就会慢很多,所以感觉这样的体系没理由用VASP,CP2K或高斯都算的比VASP快的多的多,结合multiwfn能做的性质计算也更丰富些。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-26 10:53:37 | 只看该作者 Only view this author
wangnan2256 发表于 2025-11-26 10:38
不一定要是周期性,但是要避免相互作用,要留足够的距离,而且这个模型如果第一层是吸附分子,第二层是基底 ...

好的,谢谢,我的基底是单层石墨烯,主要是想看石墨烯上的羟基对吸附的影响

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-26 10:55:16 | 只看该作者 Only view this author
白皛白 发表于 2025-11-26 10:46
VASP可以这样算,但要保证盒子足够大,不同周期之间需保持6~8埃的距离避免相互作用。不过盒子大了算的就会 ...

好的谢谢,那这样的结构能算带隙吗,算出来准确吗

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发表于 Post on 2025-11-26 14:51:21 | 只看该作者 Only view this author
uft 发表于 2025-11-26 10:55
好的谢谢,那这样的结构能算带隙吗,算出来准确吗

可以算,但GGA-PBE泛函常会低估带隙,如果是定性研究或许没问题,因为看的是带隙的变化趋势。但如果要与实验值做对比的话到时候可能需要考虑用metaGGA或者杂化泛函之类的。

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发表于 Post on 2025-11-27 04:00:44 | 只看该作者 Only view this author
uft 发表于 2025-11-26 10:53
好的,谢谢,我的基底是单层石墨烯,主要是想看石墨烯上的羟基对吸附的影响

第一性原理程序算石墨烯吸附就老老实实用周期性模型
诸如下文这样截出来的簇模型只适合量子化学程序
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html

并且看上文的讨论,弄清楚即便用簇模型,石墨烯的尺寸也至少应该多大

石墨烯本身没有羟基。分清楚氧化石墨烯和石墨烯的差别。
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发表于 Post on 2025-11-27 04:01:18 | 只看该作者 Only view this author
uft 发表于 2025-11-26 10:55
好的谢谢,那这样的结构能算带隙吗,算出来准确吗

都是孤立体系了,哪来的带隙
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-11-27 11:46:47 | 只看该作者 Only view this author
uft 发表于 2025-11-26 10:55
好的谢谢,那这样的结构能算带隙吗,算出来准确吗

应该是只能算HOMO-LUMO Gap吧。
本人五年COMSOL有限元模拟+三年DFT与MD理论学习,2+3联合培养项目毕业,在英期间做过计算机视觉相关AI应用工作。目前正在寻找国内外多尺度模拟方向的PhD职位。感兴趣的老师请私信我。

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发表于 Post on 2025-12-4 00:37:42 | 只看该作者 Only view this author
如果不是周期性体系,边缘的结构有时候会出现预期之外的变化,而且你恐怕要用更多的时间去让边缘结构收敛优化,

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