固液固模型建模，可以将gro文件里的坐标复制吗

ddddnight · 发表于 Post on 前天 12:18

老师，您好，我现在想做固液固的分子动力学模拟，用建立好的固液固模型产生top文件和gro文件，所有的分子都是一个MOL里面不好管理，我的方法是分别产生第一个固定表面模型的gro，top和itp文件，然后用solvate命令插入的离子和水，最后上层的石墨模型是单独产生的gro文件，然后吧坐标复制进去，就出现了变形，盒子的大小都是一样的，我也把前面的分子编号修改了，原子序号也修改了。如果固体-固体模型，中间有真空再往里面插入的话，由于石墨层的空隙过大，就会有水和离子插入到石墨层间，不知道有没有别的方法建立这种模型的gro和拓扑文件呢

SharkYYX2025 · 发表于 Post on yesterday 22:57

本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-2-21 23:08 编辑

可以考虑用packmol建模吗？但是水分子可能放不了你想要的那么多那么密
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&highlight=packmol

这个是沿着z方向分别放slab1 mol slab2，自动生成的pdb里面原子序号不会乱。用z限制水的位置

pack.inp (324 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

我做类似的固液体系是：slab上面放很多小分子。可以把slab当一个整体生成itp，然后生成小分子的itp，在top里面按顺序引用itp。[ molecules ]里面的顺序要和packmol弄的pdb一致。原子类型合并放到top里面。

ddddnight · 发表于 Post on yesterday 23:29

SharkYYX2025 发表于 2026-2-21 22:57
可以考虑用packmol建模吗？但是水分子可能放不了你想要的那么多那么密
分子动力学初始结构构建程序Packmol ...

谢谢您的回答，我下面一层是FeOOH，然后上面一层是石墨碳，不知道您也是不是不一样的slab类型。如果作为一个整体的话，就很不方便去操作，而且生成itp文件的时候要很久很久，之前就是用的packmol去生成的。

SharkYYX2025 · 发表于 Post on 11 min ago

ddddnight 发表于 2026-2-21 23:29
谢谢您的回答，我下面一层是FeOOH，然后上面一层是石墨碳，不知道您也是不是不一样的slab类型。如果作为 ...

是的，周期性体系生成itp会非常慢，因为键角项二面角项很多，文件产生几个M这么大。我做的氧化镍或者氧化锡。然后我的体系是把刚性基底当固定不动的，只让小分子弛豫（在现实中对应的实验条件，基底远大于一群小分子，小分子无法引起基底运动）。给基底不生成键角项二面角项。在mdp里面冻结这个组坐标，然后和小分子分别控温。做NVT模拟，XY周期性。我的体系的基底 xy方向接近100A，Z方向5A，大几千原子，生成itp挺快的，几秒钟。做出来结果看着正常，基底和分子的相互作用挺合理
但我不知道你的体系能不能这么处理，要考虑基底是什么现实作用，是否运动

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