我加入Na离子作为抗衡离子发现药剂和它作用相当强（严重影响药剂在矿物表面吸附研究）

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on 前天 18:44

老师们好我想做一个药剂在矿物表面的吸附模拟，药剂全是阴离子形式存在的，我加入Na+离子作为抗衡离子发现药剂和抗衡离子作用力很强导致药剂不会去吸附矿物或者说吸附表现很弱就算设置的很远给他加以限制也会对药剂有很强烈的吸引这该怎么办呢我需要把Na+的itp参数改一下让它只作为使体系电荷平衡的存在吗（把sigma或者epsilon进行更改）这样会有效果吗

yxdd98 · 发表于 Post on 前天 23:18

不建议这么做，随意根据需要设置LJ参数一方面可能导致模拟出现不合理的现象甚至报错，另一方面说不好听点这也算是编造数据了。首先你要明确下所使用的力场参数能否描述你的体系，如果这已经是你能找到的最合适的参数（比如有专门文献报道描述钠离子水溶液、纯药剂和矿物作用等效果不错），那可能是因为把这些参数组合在一起时缺少专门的优化了，个人的一点经验，对于离子体系，可以考虑电荷缩放，虽然这样子也有人为性，但的确有不少文献提到电荷缩放的方法来描述离子在溶液中的极化，你可以考虑下，论坛里也有相关讨论。

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on yesterday 10:48

yxdd98 发表于 2026-2-25 23:18
不建议这么做，随意根据需要设置LJ参数一方面可能导致模拟出现不合理的现象甚至报错，另一方面说不好听点这 ...

谢谢老师但是这个图是Na离子和阴离子药剂电荷缩小一半的结果还是很强的作用力

student0618 · 发表于 Post on yesterday 13:49

一定要放那么多药剂吗？

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on yesterday 15:40

student0618 发表于 2026-2-26 13:49
一定要放那么多药剂吗？

我下午的时候减少到了20个他还是网上面跑

student0618 · 发表于 Post on yesterday 16:53

姑妈鱼丝发表于 2026-2-26 15:40
我下午的时候减少到了20个他还是网上面跑

我指的是，楼主的研究目的真的需要多于一个药剂分子吗？

看一楼的描述是“药剂在矿物表面吸附”，其实可以e.g. 一个分子跑几遍、或者umbrella sampling拉伸等方法。

除非是e.g. 研究浓度的影响，这类？

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on yesterday 17:27

student0618 发表于 2026-2-26 16:53
我指的是，楼主的研究目的真的需要多于一个药剂分子吗？

看一楼的描述是“药剂在矿物表面吸附”，其实 ...

那如果是一个药剂阴离子（仍然加入一个钠离子作为抗衡离子）会避免钠离子干扰吗

student0618 · 发表于 Post on yesterday 18:41

姑妈鱼丝发表于 2026-2-26 17:27
那如果是一个药剂阴离子（仍然加入一个钠离子作为抗衡离子）会避免钠离子干扰吗

很多因素会影响的。

用什么力场、药剂的参数、矿物的参数、盒子大小、温度、水模型、模拟时长......

这个问题没更多资讯提供的话，只能回答“能测试的人只有发问的人”哦。

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on yesterday 19:57

student0618 发表于 2026-2-26 18:41
很多因素会影响的。

用什么力场、药剂的参数、矿物的参数、盒子大小、温度、水模型、模拟时长......

好的老师我懂了非常感谢

beyond · 发表于 Post on yesterday 22:46

根据模拟的盒子大小，计算一下浓度，有可能模拟的浓度太高了，与实际的不符合了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 我加入Na离子作为抗衡离子发现药剂和它作用相当强（严重影响药剂在矿物表面吸附研究）

浏览过的版块