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楼主 Author: sobereva
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[xtb] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-15 19:06:13 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2021-6-7 12:12
在linux虚拟机中使用xtb的接口,报错的原因是什么呢?输入文件为里面的示例文件

xtb没装好,没法通过xtb命令调用xtb程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-10-27 20:13:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,想请问过渡态是只要有且只有一个虚频就可以吗,对大小有要求吗?

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发表于 Post on 2021-10-27 20:30:55 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-27 13:13
老师,想请问过渡态是只要有且只有一个虚频就可以吗,对大小有要求吗?

如果特别小(比如绝对值小于50 cm^-1),可以考虑加大格点之类的确认一下,看看是不是数值误差导致的假虚频。
如果特别大(比如绝对值大于3000 cm^-1),建议检查一下是不是计算有问题,比如没收敛之类的。
除此之外对大小没有要求
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-28 10:47:51 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-27 20:13
老师,想请问过渡态是只要有且只有一个虚频就可以吗,对大小有要求吗?

大小不是判断过渡态合理性的依据
以唯一虚频的振动方向来判断是否是你想要的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-10-28 21:13:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-28 10:47
大小不是判断过渡态合理性的依据
以唯一虚频的振动方向来判断是否是你想要的

收到,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-10-28 21:13:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-27 20:30
如果特别小(比如绝对值小于50 cm^-1),可以考虑加大格点之类的确认一下,看看是不是数值误差导致的假虚 ...

好滴,感谢老师

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发表于 Post on 2021-11-9 16:36:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 鱿鱼起司 于 2021-11-9 16:37 编辑

老师,我在联用时出现了l402报错,具体细节如下。
高斯版本为G16 B.01,gau_xtb为在centos系统上直接下载的最新版,xtb分别尝试了6.4.1(最新版)、6.3.1、6.2.3,测试三个版本均可正常跑xtb的opt任务。
在使用例子中TS.gjf进行连用测试时,TS.out文件末尾如图片(与xtb的三个版本联用报错一样,图片为与xtb6.4.1版本联用out文件的截图):

请问老师,该怎么处理,还是G16版本无法联用?


202111091628288777..png (96.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

TS.out文件末尾

TS.out文件末尾

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发表于 Post on 2021-11-9 16:47:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 鱿鱼起司 于 2021-11-10 08:47 编辑
鱿鱼起司 发表于 2021-11-9 16:36
老师,我在联用时出现了l402报错,具体细节如下。
高斯版本为G16 B.01,gau_xtb为在centos系统上直接下载 ...

老师,解决了,之前报错是因为没给几个文件加权限。

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发表于 Post on 2021-11-9 17:33:32 | 只看该作者 Only view this author
鱿鱼起司 发表于 2021-11-9 16:47
老师,解决了,之前报错是因为没给几个文献加权限。

6.4.1不行吧,6.3.3是可以的

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发表于 Post on 2021-11-9 20:52:04 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-11-9 17:33
6.4.1不行吧,6.3.3是可以的

我这用着没报错

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发表于 Post on 2022-1-23 04:33:33 | 只看该作者 Only view this author
I would like to read the mentioned articles in this post, what's their DOI ?

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发表于 Post on 2022-1-25 02:59:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 vitalys 于 2022-1-25 03:00 编辑

thank you very much for the wonderful tutorial, but the process doesn't work in Windows OS, despite I'm using Cygwin, and I get the following error:

How can I solve this issue ?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-26 01:32:55 | 只看该作者 Only view this author
vitalys 发表于 2022-1-25 02:59
thank you very much for the wonderful tutorial, but the process doesn't work in Windows OS, despite  ...

Please use Linux, or install Linux guest system under VMware
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发表于 Post on 2022-4-7 15:49:27 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师,这个接口可以做大分子体系使其中一部分使用xtb去算,另外重要的部分使用b3lyp/def2tzvp这样的组合去算吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-7 22:45:01 | 只看该作者 Only view this author
nianbin 发表于 2022-4-7 15:49
请问卢老师,这个接口可以做大分子体系使其中一部分使用xtb去算,另外重要的部分使用b3lyp/def2tzvp这样的 ...

不能
记得论坛里有个Gaussian的ONIOM结合xtb的脚本也许适合你
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