谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-15 01:15:20

XZDZ 发表于 2019-10-14 14:59
老师您好，我按照上面博文里您给的HF的例子，写关键字如下：#p freq=anharm temperature=1200 opt geom=con ...

XZDZ · 发表于 Post on 2019-10-15 15:32:24

sobereva 发表于 2019-10-15 01:15

谢谢老师，但是我设置temperature=1500，这一块儿得到的<s> = Sz (298.15)，也就是这括号里还是298.15，并不是1500呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-16 00:21:11

XZDZ 发表于 2019-10-15 15:32
谢谢老师，但是我设置temperature=1500，这一块儿得到的 = Sz (298.15)，也就是这括号里还是298.15，并不 ...

你肯定写错了。给个例子

H2O_anharm.out (139.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

Average Cartesian Coordinates
-----------------------------
Label             Se       <S> = Sz (0) <S> = Sz (500.00)
X(1)  (Angs)    0.000000       0.000000       0.000000
Y(1)  (Angs)    -0.000000    -0.000000    -0.000000
Z(1)  (Angs)    0.076035       0.077036       0.077035
X(2)  (Angs)    0.000000       0.000000       0.000000
Y(2)  (Angs)    0.770372       0.781274       0.781282
Z(2)  (Angs)    -0.603363    -0.611308    -0.611297
X(3)  (Angs)    -0.000000    -0.000000    -0.000000
Y(3)  (Angs)    -0.770372    -0.781274    -0.781282
Z(3)  (Angs)    -0.603363    -0.611308    -0.611297

XZDZ · 发表于 Post on 2019-10-16 16:22:23

sobereva 发表于 2019-10-16 00:21
你肯定写错了。给个例子

老师您好，这是输入文件和输出文件，，麻烦您帮忙给看看。谢谢

H2O_Anharm_1200K_test.gjf (307 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

H2O_Anharm_1200K_test.out (227.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-17 00:54:22

XZDZ 发表于 2019-10-16 16:22
老师您好，这是输入文件和输出文件，，麻烦您帮忙给看看。谢谢

版本太老

XZDZ · 发表于 Post on 2019-10-17 07:42:51

sobereva 发表于 2019-10-17 00:54
版本太老

原来是这样啊~好的，谢谢老师

Freeman · 发表于 Post on 2020-12-14 12:25:21

老师您好。请问高斯里设置动力学热浴的iop具体是什么？我在高斯官网上检索 ‘hot bath’没有搜到。您的帖子《Gaussian中有用的IOp一览》里也没写这个。谢谢！

snljty · 发表于 Post on 2020-12-14 18:48:55

本帖最后由 snljty 于 2020-12-14 18:51 编辑

Freeman 发表于 2020-12-14 12:25
老师您好。请问高斯里设置动力学热浴的iop具体是什么？我在高斯官网上检索 ‘hot bath’没有搜到。您的帖子 ...

http://gaussian.com/overlay1/#Iop_(1/80)
http://gaussian.com/overlay1/#Iop_(1/81)
http://gaussian.com/overlay1/#Iop_(1/82)
可以看下这个
http://bbs.keinsci.com/thread-7615-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-15 02:25:27

Freeman 发表于 2020-12-14 12:25
老师您好。请问高斯里设置动力学热浴的iop具体是什么？我在高斯官网上检索 ‘hot bath’没有搜到。您的帖子 ...

你得先说明你用ADMP还是BOMD

Gaussian没有像样的热浴，若无特殊情况一律都建议用ORCA跑
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

Freeman · 发表于 Post on 2020-12-17 14:35:57

sobereva 发表于 2020-12-15 02:25
你得先说明你用ADMP还是BOMD

Gaussian没有像样的热浴，若无特殊情况一律都建议用ORCA跑

Sob老师您好。因为高斯官网上说ADMP比BOMD更实惠，所以我用的是ADMP。另外我算这个动力学主要是想重现一系列反应路径，而且已经发现高斯自带的热浴方式下的动力学都符合我算出来的中间体和过渡态了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-18 05:56:36

Freeman 发表于 2020-12-17 14:35
Sob老师您好。因为高斯官网上说ADMP比BOMD更实惠，所以我用的是ADMP。另外我算这个动力学主要是想重现一 ...

Gaussian用ADMP都干不过ORCA跑BOMD

Gaussian的热浴，碰上懂行的人肯定批评。ORCA里用Berendsen都有审稿人叽叽歪歪，更别说Gaussian里每次直接scale到精确温度的不允许温度涨落的物理意义极差的热浴了。

dnlx · 发表于 Post on 2021-11-7 11:02:56

我有一个问题就是计算级别对同位素动力学效应的影响（用的是Orca）。Orca计算KIE的时候是用原来（没有重同位素）的hess文件再计算一遍同位素取代之后的热力学。已经读了社长的Hess2freq说明（http://sobereva.com/328）。

Orca 教程（https://www.orcasoftware.de/tuto ... l#gibbs-free-energy）说，“This G-E(el) only depends on the geometry and frequencies, and thus can be computed in a lower level method, such as DFT, and later combined with the Eel of a higher level method, such as DLPNO-CCSD(T) to achieve a very good prediction of the G”。我对此的理解是：hess文件只取决于几何优化和频率，不会受DLPNO-CCSD(T)结果的影响；如果想提高KIE的计算精度，应该用VeryTightSCF以及defgrid1来优化反应物和过渡态，而不必进行DLPNO-CCSD(T)计算——请问这样理解对不对？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-7 15:53:38

dnlx 发表于 2021-11-7 04:02
我有一个问题就是计算级别对同位素动力学效应的影响（用的是Orca）。Orca计算KIE的时候是用原来（没有重同 ...

对，不过格点的方向搞错了，默认格点是defgrid2，如果需要更精确应该用defgrid3。
另外SCF收敛限和格点一般不是制约KIE精度的主要因素，主要问题在于隧穿的处理，需要用Polyrate、KiSThelP等软件，参见http://sobereva.com/246

吴双 · 发表于 Post on 2022-11-1 14:29:25

老师您好，想跟您请教一下，同位素会影响轨道么?

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-1 14:44:45

吴双发表于 2022-11-1 07:29
老师您好，想跟您请教一下，同位素会影响轨道么?

普通计算不影响。但是某些显式考虑核量子效应的方法里面可能会影响

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[综合交流] 谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响

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