NVT系综如何控压？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-12-29 11:39:52

海棠依旧cdut 发表于 2024-12-28 21:19
不好意思我说的可能不太准确，我说的“给予”可能不太准确，应该是“调整”。lammps中nvt这方面的起步知 ...

无论是哪个软件做分子动力学模拟，NPT和NVT两种系综都涉及控温，每一步都需要热浴按照参考温度调节粒子动能。这不叫“改变原子初速度”，模拟开始时初速度的产生方式和模拟中瞬时速度的更新方式是两个不同概念，即使是用NVE这样不控温的系综做MD也得产生初速度，参考http://bbs.keinsci.com/thread-50795-1-1.html这帖的讨论。

海棠依旧cdut · 发表于 Post on 2024-12-29 17:36:12

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-29 11:39
无论是哪个软件做分子动力学模拟，NPT和NVT两种系综都涉及控温，每一步都需要热浴按照参考温度调节粒子动 ...

感谢您的解释，这帮助我对NVT等系综了解更进一步

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2024-12-30 01:22:44

cokie 发表于 2024-12-28 11:52
不是，除非模拟的是气象环境。
如果建模时，插入溶剂使用的命令是solvate，那么在做NPT时，盒子体积的变 ...

我模拟的是水环境下氨基酸与离子作用，初始盒子3.4nm，solvate命令插入水，-conc按浓度添加离子，用NPT跑完以后不同浓度盒子不一样，3.4、3.35、3.23左右都有，差最多的到3.19了,按照这组数据分析会有什么问题吗？我在尝试先将水盒子平衡后按照现在盒子尺寸添加离子(此时盒子是3.3）不确定是否正确，因为之前确实也有跑完以后3.4的情况。另外用-conc按照浓度添加，离子随浓度增加比例出现了变化，例如0.5、1、2、3mol对应的是12、24、47、71个离子，想请教一下这种情况正常吗？

zxcvbnMia · 发表于 Post on 2025-1-2 00:22:46

cokie 发表于 2024-12-28 11:52
不是，除非模拟的是气象环境。
如果建模时，插入溶剂使用的命令是solvate，那么在做NPT时，盒子体积的变 ...

我做的是水环境氨基酸与离子作用，盒子3.4nm，solvate插入水，conc按浓度添加离子,用NPT，模拟完盒子3.4、3.3、3.2左右都有，相差最大的是3.19了，想问一下这种情况得到的数据能用吗？会有较大误差吗？

cokie · 发表于 Post on 2025-1-2 08:57:40

zxcvbnMia 发表于 2025-1-2 00:22
我做的是水环境氨基酸与离子作用，盒子3.4nm，solvate插入水，conc按浓度添加离子,用NPT，模拟完盒子3.4 ...

这种情况下，根据做完NPT的结果，重新计算最终浓度即可。亦或是说，一定要得到如前楼所说的准确的0.5,1,2,3才可以说明问题？如若如此，那么最好采用packmol建模，根据水的摩尔质量和密度来添加相应数量的水分子进行NPT，根据最终得到的体积来增减水分子以达到你所追求的精确浓度。

NPT的结果虽然浓度和初始预设不一样，但只要根据当前体积重新计算当下浓度后，结果依旧是可用的。但只用NVT得到的结果是绝对不能用的，体系压力肯定是不对的。

chenym · 发表于 Post on 2025-1-2 10:49:13

sobereva 发表于 2018-6-29 05:19
控压必须得NPT
NVT盒子尺寸都固定了怎么控压
控压就是通过调节盒子尺寸来实现的

老师您好，如果只是想加压或放压到一个差不多的值来创造一个不同于零压的压力环境，可以通过直接调节scaling factor的大小后，用NVT进行模拟来直接实现控压吗？还是最好也是直接用NPT来实现呢？

sobereva · 发表于 Post on 2025-1-3 00:40:21

chenym 发表于 2025-1-2 10:49
老师您好，如果只是想加压或放压到一个差不多的值来创造一个不同于零压的压力环境，可以通过直接调节scal ...

如果你有明确要恒定到的压力，必须NPT
如果只是实现一个高压，自己收缩盒子做NVT也可以，实际平均压力是多少得模拟完了才知道

chenym · 发表于 Post on 2025-1-3 15:53:23

sobereva 发表于 2025-1-3 00:40
如果你有明确要恒定到的压力，必须NPT
如果只是实现一个高压，自己收缩盒子做NVT也可以，实际平均压力是 ...

好的，我明白了，谢谢老师

chencp · 发表于 Post on 2025-3-27 22:16:28

海棠依旧cdut 发表于 2024-12-28 21:19
不好意思我说的可能不太准确，我说的“给予”可能不太准确，应该是“调整”。lammps中nvt这方面的起步知 ...

您好，我想问一下，如果是模拟nacl水溶液与铁晶胞的腐蚀情况，该怎么进行系综选择呢?我看文章是将这两个建layer,然后对复合层先进行npt,然后nvt.最后再用gulp的nve。这对吗？

海棠依旧cdut · 发表于 Post on 2025-3-28 10:50:31

chencp 发表于 2025-3-27 22:16
您好，我想问一下，如果是模拟nacl水溶液与铁晶胞的腐蚀情况，该怎么进行系综选择呢?我看文章是将这两个 ...

我们作为初学者，都是优先按照其他类似文献的处理方法进行处理。所以文章怎么选择的系踪，你就跟着选就对了。我也认识一些发顶刊的作者，他们系踪的选择也是根据之前普遍认可的方法进行处理的。所以只要是类似的文章，大胆跟着他们的操作走就好了

chencp · 发表于 Post on 2025-3-28 12:09:27

海棠依旧cdut 发表于 2025-3-28 10:50
我们作为初学者，都是优先按照其他类似文献的处理方法进行处理。所以文章怎么选择的系踪，你就跟着选就对 ...

好的，感谢

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Material Studio] NVT系综如何控压？

浏览过的版块