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[Gaussian/gview] 势能面扫描法最后一行的字母写什么?

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发表于 2018-7-7 21:38:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师您好,我在搭建界面时,想做随着给受体间距离变化扫描势能面的能量,但最后一行的字母该写什么呢?
这是我的输入文件。
谢谢老师!

lmy-pensumv-pes.gjf

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 楼主| 发表于 2018-7-7 21:42:35 | 显示全部楼层
刚才我输入命令写错了

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发表于 2018-7-8 04:07:02 | 显示全部楼层
上传错的文件直接在原帖上编辑,删除原附件,重新上传。

根本没有你这种写法。
实现你的目的,可以让联五苯先平行于XY平面,然后把它所有原子的z坐标用同一个变量表示,然后扫描这个变量。参考

无标题.png
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 楼主| 发表于 2018-7-9 08:40:24 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-8 04:07
上传错的文件直接在原帖上编辑,删除原附件,重新上传。

根本没有你这种写法。

谢谢老师!
以后一定会注意这个问题的!
老师,1、这个命令行:#p CAM-B3LYP/6-31G(d) opt=modredundent  EmpiricalDispersion=GD3BJ test,这样正确吗?还是只用scan,?因为之前做过二面角的扫描,需要加的关键词就是opt=modredundent。
2、我将pentacene固定在XY平面上。然后与受体搭建界面。这样给体pentacene的Z轴坐标都是0,但受体不是的,这样正确吗?
3、最后一行Z=2.0的代表意义是什么呀?
谢谢老师!

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发表于 2018-7-9 09:30:11 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-7-9 08:40
谢谢老师!
以后一定会注意这个问题的!
老师,1、这个命令行:#p CAM-B3LYP/6-31G(d) opt=modredunden ...

1 scan

modredundant是柔性扫描。搞清楚刚性和柔性扫描的区别

2 正确

3 初始坐标
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 楼主| 发表于 2018-7-9 21:16:32 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-9 09:30
1 scan

modredundant是柔性扫描。搞清楚刚性和柔性扫描的区别

谢谢老师,这个初始坐标是自己定义的吗?还是在看的啊?

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发表于 2018-7-10 04:41:05 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-7-9 21:16
谢谢老师,这个初始坐标是自己定义的吗?还是在看的啊?


显然是自己定义的,你总得设扫描的第一步距离
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 楼主| 发表于 2018-7-21 12:09:00 | 显示全部楼层
老师,您看看我这样写对吗?
没找到到底如何定义Z的方法

ps-V-2.8-scan.gjf.gjf

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发表于 2018-7-21 20:49:00 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-7-21 12:09
老师,您看看我这样写对吗?
没找到到底如何定义Z的方法

明显不对
仔细弄懂我3L贴的ppt里的例子
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 楼主| 发表于 2018-7-24 16:32:39 | 显示全部楼层
谢谢老师!感觉这次理解了,请您帮忙看一下,谢谢!

lmy-pensum-V-2.8-pes.gjf

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发表于 2018-7-24 18:24:38 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-7-24 16:32
谢谢老师!感觉这次理解了,请您帮忙看一下,谢谢!

定义z变量前头只能空一行
初始坐标严重不合理,导致两个分子都叠到一起了
这种体系的计算,用CAM-B3LYP不加D3校正根本就是搞笑的
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 楼主| 发表于 2018-7-24 19:38:05 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-7-24 18:24
定义z变量前头只能空一行
初始坐标严重不合理,导致两个分子都叠到一起了
这种体系的计算,用CAM-B3LYP ...

谢谢老师,我在优化的过程中加入了D3,优化后保存为gjf文件,然后关键词只写了scan(scan与opt不能同时出现对吗?)在堆积界面模型时,给受体中心距离不知道应该从几开始,就自己先从2.5开始设置,但用gview打开后两个分子中间都连着键,直到2.8才分开,不会给自动加键,所以我才先设置2.8Å
现在改写成这样,距离为3.5Å,麻烦您再帮忙看一下,谢谢老师!

lmy-pensum-V-3.5.gjf

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发表于 2018-7-25 04:16:33 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-7-24 19:38
谢谢老师,我在优化的过程中加入了D3,优化后保存为gjf文件,然后关键词只写了scan(scan与opt不能同时出 ...


你直接用gview一打开,马上就会看到结构都堆到一起了,明显初始z坐标不合理

别写该死的test关键词
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 楼主| 发表于 2018-9-7 08:36:10 | 显示全部楼层
老师,您好!我按照PPT重复了一遍,但还是计算错误。我想按照图片上的计算处随着分子距离的变化能量的变化。
微信截图_20180907083031.png

n-n1.gjf

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n-n.out

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n-n1.out

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发表于 2018-9-7 09:44:26 | 显示全部楼层
qianbao 发表于 2018-9-7 08:36
老师,您好!我按照PPT重复了一遍,但还是计算错误。我想按照图片上的计算处随着分子距离的变化能量的变化 ...

该写浮点数的地方别写整数
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