势能面扫描法最后一行的字母写什么？

qianbao

sobereva 发表于 2018-9-7 09:44
该写浮点数的地方别写整数

谢谢老师，麻烦老师再帮忙看一下，我用例子计算就可以出来正确结果，换成自己的分子就出现错误，想请老师帮忙看一下导致计算错误的地方在哪。

sobereva

qianbao 发表于 2018-10-23 08:41
谢谢老师，麻烦老师再帮忙看一下，我用例子计算就可以出来正确结果，换成自己的分子就出现错误，想请老师 ...

Small interatomic distances encountered:
   110  109 2.02D-01
Atoms too close.

提示得很明白，原子距离太近

qianbao

sobereva 发表于 2018-10-23 16:03
Small interatomic distances encountered:
   110  109 2.02D-01
Atoms too close.

因为用文本编辑器打开后，在最后一行设置初始距离值越小离得越远，我设置1.5也是太小
所以我是应该在最初搭建的时候，就加大距离吗？

qianbao

请问老师，做scan的输出文件 显示分子距离太小，可是我在搭建界面时，距离设置的比较远，请老师帮忙看一下，我的文件。
谢谢！

zjxitcc

qianbao 发表于 2018-11-27 19:03
请问老师，做scan的输出文件 显示分子距离太小，可是我在搭建界面时，距离设置的比较远，请老师帮忙看一下 ...

这种问题就不要劳烦sob老师了，自己提交计算前都不看gjf文件里的结构长啥样的么，里面几个H都黏到一起去了，还算啥

qianbao

zjxitcc 发表于 2018-11-27 19:22
这种问题就不要劳烦sob老师了，自己提交计算前都不看gjf文件里的结构长啥样的么，里面几个H都黏到一起去 ...

可是，PBDTTPD与C60算的时候，也遇到这个问题，而两分子，也有人算过的。

zjxitcc

qianbao 发表于 2018-11-27 20:52
可是，PBDTTPD与C60算的时候，也遇到这个问题，而两分子，也有人算过的。

你回复的内容意思没表达清楚，不知道在说啥。前人算的时候是不可能有几个H堆叠到一起的。
还有，你还是没打开gjf认真检查结构？不是指两个分子间的距离太长、太短，而是指其中一个分子内，几个甲基的结构完全是错的，甲基H怎么可能位于同一平面，还那么近。

qianbao

zjxitcc 发表于 2018-11-27 21:37
你回复的内容意思没表达清楚，不知道在说啥。前人算的时候是不可能有几个H堆叠到一起的。
还有，你还是 ...

首先，感谢您的指教
1、正如我在楼上截图中的例子，是做了两个分子间距离的刚性扫描，给体为聚-苯并二噻吩-噻吩并吡咯二酮（PBDTTPD），受体为C60
2、我明白您指出的错误，我也在想解决办法，是否可以尝试去H，因为分子中不可能完全没有甲基

qianbao

1、按照楼上PPT例子，我操作成功；
2、由于需要将z轴坐标均用统一一个字母表示，可是我换成z的话，自然所有z轴的分子就会出现错误

alonewolfyang

sobereva 发表于 2018-9-7 09:44
该写浮点数的地方别写整数

老师，我对 scan 有点困惑，您ppt里面用的是计算单点，也有很多情况下用opt，请问这两种在scan里面的区别，您这个例子我理解的是计算了两个氮气分子在图中的初始构型下，间距为2个埃，步长0.2埃，总共走了15步

alonewolfyang

qianbao 发表于 2018-11-28 09:13
1、按照楼上PPT例子，我操作成功；
2、由于需要将z轴坐标均用统一一个字母表示，可是我换成z的话，自然所 ...

去掉 opt=modredundant 就行了