CP2K软件metadynamics模块的自由能后处理问题

Vivat · 发表于 Post on 2022-3-30 19:26:38

dhdhdh 发表于 2022-2-12 10:04
请问问题解决了吗？我用的cp2k是7.0版本，输入graph.popt命令显示command not found。

运行graph.popt的绝对路径

chen0201 · 发表于 Post on 2023-5-25 10:18:06

xingyuan 发表于 2018-9-13 14:28
感谢感谢。manual上面有一个例子是这样做的，一直不知道叫什么方法，学到了。那您知道计算自由能的umbrel ...

您好，我也是在学习cp2k计算pmf，请问您的参数设置是怎么样的呢？方便给我看看吗？

chen0201 · 发表于 Post on 2023-6-1 16:22:28

youyno 发表于 2018-8-7 16:52
你没有理解我的意思
命令应该是 graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file gr2hno3_mtd_3cv_p1-1_2000.restart ...

请问老师，cp2k没有graph.popt,采用的是graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file C-CH3-cl-1.restart -cp2k命令，但是fes.dat是空的，请问怎么回事呢？

gehan · 发表于 Post on 2023-6-2 12:42:15

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

老师，您好。请问关于通过graph命令得到的fes.dat文件中前几列是CV值吗，为什么我得到的fes.dat文件中前几列的值和cp2k产生的COLVAR-metadynLog文件中的第二、三列的值不一样.

Coldwaterfish · 发表于 Post on 2024-2-22 16:40:44

chen0201 发表于 2023-6-1 16:22
请问老师，cp2k没有graph.popt,采用的是graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file C-CH3-cl-1.restart -cp2k ...

您好请问这个问题您解决了吗？我现在也遇到了同样的问题，盼回复

JCenter · 发表于 Post on 2025-5-4 22:27:26

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

大佬，想请教您一个问题，针对与MetaDynamics-FPMD计算以化学过程水解（500原子体系-聚合物中某一酰胺键碱性水解）的自由能，总时长如何考虑，以确定自由能的可靠性呢。时间太长，跑的就很久，不知道10ps够吗

youyno · 发表于 Post on 2025-5-7 02:15:15

JCenter 发表于 2025-5-4 22:27
大佬，想请教您一个问题，针对与MetaDynamics-FPMD计算以化学过程水解（500原子体系-聚合物中某一酰胺键 ...

10ps连平衡都不够，我们一般跑50ps能保证反应有效发生，且被采样到，要保证充分采样，我们一般跑上百ps。

JCenter · 发表于 Post on 2025-5-9 22:18:45

youyno 发表于 2025-5-7 02:15
10ps连平衡都不够，我们一般跑50ps能保证反应有效发生，且被采样到，要保证充分采样，我们一般跑上百ps。

好嘞，我的体系600原子左右，跑完平衡再跑100ps采样估计得吃算力咯

XXDD · 发表于 Post on 2025-8-4 17:12:55

请问一下这个提交脚本的命令是什么呀，我用PBE提交脚本能运行出来（用的sbatch .sh命令），xTB的不知道为啥就一直报错

XXDD · 发表于 Post on yesterday 10:47

请教一下fes.dat文件的最后一列能量数据单位是多少呀

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