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[综合交流] 关于pKa的计算问题

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发表于 2018-8-6 10:35:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,我用gaussain计算分子的pKa。
计算步骤严格按照量子化学培训班讲义上的实例(腈乙酸)进行,试计算了甲酸和甲醇两个小体系,计算结果和实验值差别比较大的。
纠结了两三天,实在找不到问题所在,还请各位高人老师帮我看看问题出在了哪里。
附件是我的原始输入代码和最后的计算结果,exel表格是对讲义上腈乙酸和自算甲醇,甲酸计算结果的汇总。

PKajs.xlsx

10.21 KB, 下载次数: 24

结果汇总文件

PKajs.rar

1.86 MB, 下载次数: 22

输入和输出文件

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发表于 2018-8-7 05:17:13 | 显示全部楼层
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YuhangYao + 2 谢谢

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发表于 2018-8-14 19:27:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实 ...

S大您好,学生看了你的数据想问一下大大你的Ggas(AH,A-)那边的数字是从哪里求得的,我看了大大你的输出档从SCF那边也找不到,所以想询问一下,謝謝

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发表于 2018-8-15 08:11:04 | 显示全部楼层
crazy46917 发表于 2018-8-14 19:27
S大您好,学生看了你的数据想问一下大大你的Ggas(AH,A-)那边的数字是从哪里求得的,我看了大大你的输出 ...

做CBS-QB3从输出文件末尾读的自由能
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发表于 2018-8-19 17:32:32 | 显示全部楼层
謝謝老師

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发表于 2018-8-29 09:05:49 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-7 05:17
最近太忙没时间仔细看你的文件,我把我算甲酸pka计算的所有输入输出文件都传上来了,结果为3.47,和实 ...

Sob老师,请问:计算pKa时,您的输入文件中涉及到的cbs-qb3以及M052X是如何选择的?还是说该计算级别对于所有分子体系计算pKa都有普适性?

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发表于 2018-8-29 18:50:23 | 显示全部楼层
Theor_Comp 发表于 2018-8-29 09:05
Sob老师,请问:计算pKa时,您的输入文件中涉及到的cbs-qb3以及M052X是如何选择的?还是说该计算级别对于 ...

气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能,这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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发表于 2018-8-29 19:21:00 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-29 18:50
气相自由能用CBS-QB3。用M05-2X是为了结合SMD溶剂模型得到比较好的溶解自由能,这里说了
谈谈隐式溶剂模 ...

Sob老师,使用CBS-QB3时产生的rwf太大了,硬盘空间不够怎么办呀?
可以用%rwf将rwf分成多个之后实时手动删除前面的rwf吗?会不会影响正在进行的任务

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发表于 2018-8-29 21:44:29 | 显示全部楼层
Theor_Comp 发表于 2018-8-29 19:21
Sob老师,使用CBS-QB3时产生的rwf太大了,硬盘空间不够怎么办呀?
可以用%rwf将rwf分成多个之后实时手动 ...

用更便宜的热力学组合方法
rwf可以分割。运行过程中绝对不能删rwf
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发表于 2018-9-14 00:10:50 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-8-15 08:11
做CBS-QB3从输出文件末尾读的自由能

S老師您好,  最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考,想問一下最後面 deltaG 最後 扣掉一個270.29  是因為是 delta(H+)的理想值嗎?  

如果不使用CBS-QB3 使用 aug-cc-pvtz 做freq 所計算出的 熱力學校正的 自由能,會比較推薦嗎?

謝謝老師

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发表于 2018-9-14 05:38:15 | 显示全部楼层
crazy46917 发表于 2018-9-14 00:10
S老師您好,  最近學生計算pka,拿了您的excel做了計算參考,想問一下最後面 deltaG 最後 扣掉一個270.29  ...

那是合并常数项得到的
无标题.png

热力学数据计算精度远不是光由基组决定的,还有诸多细节,特别是理论方法。建议你看看比如G4方法的原文,了解一下热力学组合方法的原理,就明白热力学组合方法的价值。
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发表于 2018-9-14 10:04:08 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

好的 謝謝老師

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发表于 2018-9-23 20:40:36 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-14 05:38
那是合并常数项得到的

老师,我想问一下如果是计算碱性物质比如 CH3NH2 在水溶液中的Pka该如何计算呢
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