NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

beyond · 发表于 Post on 2022-4-8 21:36:11

fhh2626 发表于 2021-12-9 14:50
顺便说一下，在Colvars中墙和采样范围永远保持相同，Plumed那种做法属于怪癖

想请教一下，reflecting boundary 在plumed drr 中如何设定呢？墙的范围比希望取样范围广一点？谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-4-9 10:36:11

beyond 发表于 2022-4-8 21:36
想请教一下，reflecting boundary 在plumed drr 中如何设定呢？墙的范围比希望取样范围广一点？谢谢！

DRR里面有REFLECTINGWALL关键词，设的范围和你希望的采样范围一样就行了

anacyca · 发表于 Post on 2022-4-9 20:49:43

付老师您好，请教下，当在NAMD中用colvars跑well tempered metadyamics这种自由能模拟的时候，如果模拟意外中断了，怎么从断点续跑呢？直接续的话，之前累积的势能会丢失吗？
另外您最近提到的新的采样边界采用reflecting boundary的形式，是在NAMD2.14中就支持了吗？它是取代harmonic wall和extended boundaries的么？、不过我2.14的输出里面colvars并没见到reflectingLowerBoundary。

谢谢。

beyond · 发表于 Post on 2022-4-13 16:37:41

fhh2626 发表于 2022-4-9 10:36
DRR里面有REFLECTINGWALL关键词，设的范围和你希望的采样范围一样就行了

对于meta-eabf，通常要求metadyamics与eabf的GRID_MIN 与GRID_MAX设置一样吧，如果这样的话，
模拟过程中，会不会出现取样跑出GRID范围导致模拟中断呢？还是REFLECTINGWALL potential可以组织取样跑出GRID范围？还是也需要设置upper wall及lower wall呢？如果REFLECTINGWALL与upper/lower walls 同时用，会有什么冲突吗？谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-4-13 20:18:13

anacyca 发表于 2022-4-9 20:49
付老师您好，请教下，当在NAMD中用colvars跑well tempered metadyamics这种自由能模拟的时候，如果模拟意外 ...

用ColvarsInput关键词进行续跑

metadynamics可能不能使用reflecting boundaries，需要eABF或者meta-eABF。另外需要手动下载新版的colvars升级

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-4-13 20:18:47

beyond 发表于 2022-4-13 16:37
对于meta-eabf，通常要求metadyamics与eabf的GRID_MIN 与GRID_MAX设置一样吧，如果这样的话，
模拟过程 ...

用reflecting wall的话采样是不会跑出grid范围的

beyond · 发表于 Post on 2022-4-14 18:28:00

fhh2626 发表于 2022-4-13 20:18
用reflecting wall的话采样是不会跑出grid范围的

这样最好了，那是不是也意味着不需要设置upper/lower walls了？
请问哪里可以看到reflecting wall的介绍呢，在colvars的手册里面也没有找到，
谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-4-15 12:05:25

beyond 发表于 2022-4-14 18:28
这样最好了，那是不是也意味着不需要设置upper/lower walls了？
请问哪里可以看到reflecting wall的介绍 ...

应该是Jerome忘记写到手册里面了，设置的话就是类似：

lowerboundary 0
upperboundary 10
reflectingLowerboundary on
reflectingUpperboundary on

beyond · 发表于 Post on 2022-4-15 14:47:21

fhh2626 发表于 2022-4-15 12:05
应该是Jerome忘记写到手册里面了，设置的话就是类似：

lowerboundary 0

抱歉，我说的是指plumed 的drr，看到你说的，plumed的设置有些不一样。。。

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-4-17 14:09:58

beyond 发表于 2022-4-15 14:47
抱歉，我说的是指plumed 的drr，看到你说的，plumed的设置有些不一样。。。

plumed 就是REFLECTINGWALL啊，官方文档里面应该已经有了
https://www.plumed.org/doc-v2.8/user-doc/html/_d_r_r.html

beyond · 发表于 Post on 2022-4-19 20:47:19

fhh2626 发表于 2022-4-17 14:09
plumed 就是REFLECTINGWALL啊，官方文档里面应该已经有了
https://www.plumed.org/doc-v2.8/user-doc/ht ...

谢谢付博！

s345538842 · 发表于 Post on 2022-4-24 21:05:53

本帖最后由 s345538842 于 2022-4-25 08:36 编辑

付老师，您好，使用lammps调用colvar（从GitHub上下载的最新版）。lammps使用的单位是metal（A，ev），在WTM-eabf计算PMF时，完全照搬本文的参数，发现extendedFluctuation  对采样过程有重要影响，extendedFluctuation =width=0.1时，cv值长时间在初始值的0.5范围内变化，extendedFluctuation=0.5时，cv值长时间在2.5范围内变化，extendedFluctuation=1，cv值可以很快扫过整个采样区间，但是此时对一些局部最小值位置描述不显著。所以我的疑问是，metal单位时参数大概如何设置？colvar好像不能像plumed一样人为的设置units。

#units in A,ev

colvarsTrajFrequency 5000
colvarsRestartFrequency 50000

colvar {
  name d1

  width 0.1
  lowerboundary 2.5
  upperboundary 8

  extendedlagrangian    on
  extendedFluctuation 0.1
  extendedTimeConstant 200

  subtractAppliedForce on
  expandboundaries    on

  distance {
group1 { atomnumbers 1 }
group2 { atomnumbers 2 }

  }
}

abf {
  colvars d1
  fullSamples       500
  outputFreq    5000
  historyfreq 50000
  writeCZARwindowFile
}

metadynamics {
  colvars d1
  hillwidth  5
  hillweight  0.04
  welltempered on
  biastemperature  4000
}

天黑打烊 · 发表于 Post on 2022-5-17 20:10:12

本帖最后由天黑打烊于 2022-5-18 10:30 编辑

老师您好，我在用lammps+colvars计算PMF的时候，发现得到的曲线零点总出现在设置的harmonicwall（12.1，20.2）上，导致wall外PMF值变得很大，并且感觉得到的harmonicwall里面的PMF曲线随着时间越来越不准确，请问这是为什么呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-5-24 23:13:12

天黑打烊发表于 2022-5-17 20:10
老师您好，我在用lammps+colvars计算PMF的时候，发现得到的曲线零点总出现在设置的harmonicwall（12.1，20. ...

不太清楚，可能触发了什么bug吧，你最好把Wall和Boundary设成一样

yang001 · 发表于 Post on 2022-8-9 10:58:26

你好，我看你在《Accurate determination of protein:ligand standard bindingfree energiesfrom molecular dynamics simulations》这篇文章的附录里写道"The lone pair of the Chlorine atom were not included for the following simulation procedures. "为什么要删掉呢？有什么特殊考虑吗？

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