NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-8 15:08:01

DwyaneWan 发表于 2021-1-8 13:15
积分了之后然后在对应得位置写上对应数值嘛？
请问付博士有这个相关得文献和tutorial推荐吗？十分感谢

https://pubs.acs.org/doi/pdf/10. ... ergy%20of%20binding,to%20that%20of%20the%20unbound.&text=A%20comparison%20is%20made%20with,of%20binding%20from%20the%20PMF.

DwyaneWan · 发表于 Post on 2021-1-9 18:49:24

付博士，如果用gromacs+colvars算完数据，应该如何对数据进行积分得到r和PMF的曲线呢

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-1-9 21:03:37

DwyaneWan 发表于 2021-1-9 18:49
付博士，如果用gromacs+colvars算完数据，应该如何对数据进行积分得到r和PMF的曲线呢

PMF曲线不是会输出的吗，有个.czar.pmf文件

DwyaneWan · 发表于 Post on 2021-1-16 18:06:04

付博士，我算了之后，然后打开了czar.pmf文件做了曲线。我的distance取得是0到40，然后得出的数据设这样的，我有几个问题：1.这个横坐标和纵坐标的单位分别是埃和 kcal/mol吗？
2.如果要通过这个算结合能是不是直接积分这个曲线？，积分的范围怎么定义呢？
3.我的width取得0.1，会不会和5的结果差距很大呢？
4.生成的文件里有md.metadynamics1.pmf，我是用的meta-eABF的方法，是不是也只要看md.abf1.czar.pmf文件呢？
谢谢付博士了

退休老干部 · 发表于 Post on 2021-7-19 20:33:53

付博士你好，我想问一下我用方向随机，大小恒定的力把配体从蛋白质中拉出来，且跑了上百条轨迹，积累了无数样本，那如何构建PMF呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-7-21 15:06:40

退休老干部发表于 2021-7-19 20:33
付博士你好，我想问一下我用方向随机，大小恒定的力把配体从蛋白质中拉出来，且跑了上百条轨迹，积累了无 ...

那你做的是SMD吧，见
https://en.wikipedia.org/wiki/Jarzynski_equality

退休老干部 · 发表于 Post on 2021-7-21 16:22:03

fhh2626 发表于 2021-7-21 15:06
那你做的是SMD吧，见
https://en.wikipedia.org/wiki/Jarzynski_equality

不是SMD，是和SMD有点像的RAMD，虽然是基于SMD开发出来的，但是大小恒定，方向随机

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-9-14 15:43:30

本帖最后由函数与激情于 2021-9-14 15:48 编辑

Fu博士您好，请问我在eABF完成后输出了两个PMF文件，out.czar.pmf 和out.pmf，根据您的教学贴从out.czar.pmf 中看自由能，那么out.pmf是普通的ABF自由能吗？此外，我跑完eABF作图发现反应坐标从11 到 2 Angstrom是直线，这是不是表示未收敛呢？【公社服务器出问题了吗，图片一直无法上传成功晕】

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-9-16 09:20:53

函数与激情发表于 2021-9-14 15:43
Fu博士您好，请问我在eABF完成后输出了两个PMF文件，out.czar.pmf 和out.pmf，根据您的教学贴从out.czar.pm ...

那个文件没什么直接的作用

直线代表没采到样，可以看*.zcount文件看你的采样是否均匀

函数与激情 · 发表于 Post on 2021-9-16 10:45:29

fhh2626 发表于 2021-9-16 09:20
那个文件没什么直接的作用

直线代表没采到样，可以看*.zcount文件看你的采样是否均匀

谢谢浩浩大神！

gs树 · 发表于 Post on 2021-11-6 13:37:17

得到metaeabf.abf1.czar.pmf后，怎么分析误差？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-11-6 20:56:08

gs树发表于 2021-11-6 13:37
得到metaeabf.abf1.czar.pmf后，怎么分析误差？

两种方法，一种是重复模拟，另外一种是用.hist.czar.pmf和.hist.count文件，里面记录了历史信息，把前1/2时间和后1/2时间的结果分出来算标准差

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-11-6 20:57:54

DwyaneWan 发表于 2021-1-16 18:06
付博士，我算了之后，然后打开了czar.pmf文件做了曲线。我的distance取得是0到40，然后得出的数据设这样的 ...

抱歉没注意你的这个帖子，希望你的问题已经解决了

1.这个横坐标和纵坐标的单位分别是埃和 kcal/mol吗？
是

2.如果要通过这个算结合能是不是直接积分这个曲线？，积分的范围怎么定义呢？
只能凭感觉了

3.我的width取得0.1，会不会和5的结果差距很大呢？
会，一般距离就设成0.1

4.生成的文件里有md.metadynamics1.pmf，我是用的meta-eABF的方法，是不是也只要看md.abf1.czar.pmf文件呢？
只用看.czar.pmf就行

天黑打烊 · 发表于 Post on 2021-11-29 10:20:26

minishotgun 发表于 2019-11-29 12:44
付老师您好，我想向您请教一个关于meta-eABF参数——hillwidth的问题

您在帖子里说

老师，请问您的问题解决了吗？把Hillwidth设成了0.5对结果有影响吗？

上善若水 · 发表于 Post on 2021-12-4 17:37:00

请问付老师，使用NAMD软件中的FEP可以找出晶变的最小自由能变化路径吗？我没有找到类似的论文。

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