计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 22801|回复 Reply: 27
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 分子模拟过程中水模型的选择问题

[复制链接 Copy URL]

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位前辈好,我研究离子在环肽纳米管在离子中的传输行为,该管子具有很大的偶极。原来是实验室的师兄师姐都是用TIP3P的水模型,老师考虑到偶极的存在让我换一个水模型,我看了一些水模型但是不知道应该选择,请各位前辈看一下我应该选哪种水模型或者推荐一篇各种水模型的应用的文章。我看的水模型在下列图片中,请各位前辈指导,谢谢!

1.png (17.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 86)

1.png

2.PNG (25.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 106)

2.PNG

3.PNG (23.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 93)

3.PNG

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2018-9-13 03:53:10 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了,望以后注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2018-9-13 03:58:56 | 只看该作者 Only view this author
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型,早已过时,没有特别情况根本甭用这个,特别是你要考察的是水本身行为的时候

水模型去年的一篇综述:WIREs Comput Mol Sci 2017, e1347. doi: 10.1002/wcms.1347

真正想完美描述水的行为,得用可极化的水模型,诸如iAMOEBA、TIP4P-FQ,毕竟管内和管外环境差异比较大。

如果不想搞得这么麻烦,对于固定电荷的三点水模型来说,一般用比较流行的SPC/E,或者用模拟纯水属性更好的OPC3。如果可以接受更大计算量,可考虑用目前几乎最好的四点水模型OPC
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-13 08:31:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-13 03:53
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你 ...

我以后会注意的,谢谢老师!

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-13 08:32:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-13 03:58
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型,早已过时,没有特别情况根本甭用这个,特别是你要考察的是水本身行为 ...

谢谢老师!

1149

帖子

6

威望

6633

eV
积分
7902

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2018-9-13 12:42:54 | 只看该作者 Only view this author
LZ用charmm力场的话要注意只能配合TIP3P模型用。amber和opls力场对水模型的依赖相对较小。

你也可以用charmm-gui直接转化成drude力场来跑模拟

206

帖子

3

威望

2819

eV
积分
3085

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2018-9-13 22:01:42 | 只看该作者 Only view this author
模拟蛋白我还一直用TIP3P....
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2018-9-14 05:52:01 | 只看该作者 Only view this author
kunkun 发表于 2018-9-13 22:01
模拟蛋白我还一直用TIP3P....

如果你用的蛋白力场当初就是结合TIP3P提出的,用TIP3P完全没问题。此时水只是表现一个环境效果,而不是重在研究水本身特征。此时结合不同主流的水模型模拟结果一般不会有太大差异。而像那种专门模拟水行为的研究,就应当尽量用好一些的水模型。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +6 收起 理由
Reason
ene + 5 谢谢
HarrisLin + 1 受益良多

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-18 16:16:40 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-9-13 12:42
LZ用charmm力场的话要注意只能配合TIP3P模型用。amber和opls力场对水模型的依赖相对较小。

你也可以用ch ...

非常感谢一直以来您的回复,我用的是charmm力场,软件是NAMD.我看NAMD中默认水模型就是TIP3P,因为我的环肽纳米管极性比较大,老师就想让我换水模型说到时候审稿人肯定会疑问这么大的偶极环境下为什么还要用TIP3P,我看文献里说如果不是专门研究水分子只是把水分子做一个溶剂的话就没有必要换水模型。我想问您一下如果NAMD,charmm力场下还有没有其他合适的水模型。

1149

帖子

6

威望

6633

eV
积分
7902

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2018-9-19 12:55:55 | 只看该作者 Only view this author
渠梦楠 发表于 2018-9-18 16:16
非常感谢一直以来您的回复,我用的是charmm力场,软件是NAMD.我看NAMD中默认水模型就是TIP3P,因为我的环 ...

charmm力场的电荷本来就是通过和tip3p的相互作用来拟合的。不管你的溶剂分子极性大还是小,和水的作用都应该是正确描述了的。只不过是水分子之间的作用描述可能不太好

如果你要进一步精确的话可以用drude力场(charmm可极化力场),把你的psf和pdb提交到charmm-gui上面生成

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-19 15:23:12 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2018-9-19 12:55
charmm力场的电荷本来就是通过和tip3p的相互作用来拟合的。不管你的溶剂分子极性大还是小,和水的作用都 ...

谢谢您的回复,我去试一下。

45

帖子

0

威望

253

eV
积分
298

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-9-20 10:23:57 | 只看该作者 Only view this author
渠梦楠 发表于 2018-9-19 15:23
谢谢您的回复,我去试一下。

不好意思再一次打扰你,由于我用的氨基酸不是自然界中常见的氨基酸,我在用charmm-gui中的Drude-Prepper生成drude力场时一直出错,希望您有空的时候帮我看一下是什么原因,文件在附件中。万分感谢!

charmm-gui .tgz

2.15 MB, 下载次数 Times of downloads: 6

42

帖子

0

威望

230

eV
积分
272

Level 3 能力者

13#
发表于 Post on 2020-12-30 16:19:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-14 05:52
如果你用的蛋白力场当初就是结合TIP3P提出的,用TIP3P完全没问题。此时水只是表现一个环境效果,而不是重 ...

卢老师,请问OPC水模型可以在OPLS_AA力场中应用么,之前看您给的itp文件是用于amber力场的。目前我的模拟也比较关心水和一种化合物的相互作用,还是说使用OPLS力场内置的spc/e就可以了?谢谢

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

14#
发表于 Post on 2021-1-2 00:15:52 | 只看该作者 Only view this author
rice 发表于 2020-12-30 16:19
卢老师,请问OPC水模型可以在OPLS_AA力场中应用么,之前看您给的itp文件是用于amber力场的。目前我的模拟 ...



要求不太高的话SPC/E就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

230

eV
积分
272

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2021-1-2 16:16:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-2 00:15


要求不太高的话SPC/E就可以

好的,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 21:00 , Processed in 0.186372 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list