请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 520|回复: 11

[综合交流] 分子模拟过程中水模型的选择问题

[复制链接]

33

帖子

0

威望

143

eV
积分
176

Level 3 能力者

发表于 2018-9-12 20:19:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位前辈好,我研究离子在环肽纳米管在离子中的传输行为,该管子具有很大的偶极。原来是实验室的师兄师姐都是用TIP3P的水模型,老师考虑到偶极的存在让我换一个水模型,我看了一些水模型但是不知道应该选择,请各位前辈看一下我应该选哪种水模型或者推荐一篇各种水模型的应用的文章。我看的水模型在下列图片中,请各位前辈指导,谢谢!
1.png
2.PNG
3.PNG

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
35741

管理员

公社社长

发表于 2018-9-13 03:53:10 | 显示全部楼层
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了,望以后注意
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
35741

管理员

公社社长

发表于 2018-9-13 03:58:56 | 显示全部楼层
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型,早已过时,没有特别情况根本甭用这个,特别是你要考察的是水本身行为的时候

水模型去年的一篇综述:WIREs Comput Mol Sci 2017, e1347. doi: 10.1002/wcms.1347

真正想完美描述水的行为,得用可极化的水模型,诸如iAMOEBA、TIP4P-FQ,毕竟管内和管外环境差异比较大。

如果不想搞得这么麻烦,对于固定电荷的三点水模型来说,一般用比较流行的SPC/E,或者用模拟纯水属性更好的OPC3。如果可以接受更大计算量,可考虑用目前几乎最好的四点水模型OPC
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

33

帖子

0

威望

143

eV
积分
176

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-9-13 08:31:57 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-13 03:53
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你 ...

我以后会注意的,谢谢老师!

33

帖子

0

威望

143

eV
积分
176

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-9-13 08:32:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-13 03:58
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型,早已过时,没有特别情况根本甭用这个,特别是你要考察的是水本身行为 ...

谢谢老师!

377

帖子

4

威望

2330

eV
积分
2787

Level 5 (御坂)

发表于 2018-9-13 12:42:54 | 显示全部楼层
LZ用charmm力场的话要注意只能配合TIP3P模型用。amber和opls力场对水模型的依赖相对较小。

你也可以用charmm-gui直接转化成drude力场来跑模拟

159

帖子

1

威望

2142

eV
积分
2321

Level 5 (御坂)

发表于 2018-9-13 22:01:42 | 显示全部楼层
模拟蛋白我还一直用TIP3P....

1万

帖子

25

威望

1万

eV
积分
35741

管理员

公社社长

发表于 2018-9-14 05:52:01 | 显示全部楼层
kunkun 发表于 2018-9-13 22:01
模拟蛋白我还一直用TIP3P....

如果你用的蛋白力场当初就是结合TIP3P提出的,用TIP3P完全没问题。此时水只是表现一个环境效果,而不是重在研究水本身特征。此时结合不同主流的水模型模拟结果一般不会有太大差异。而像那种专门模拟水行为的研究,就应当尽量用好一些的水模型。

评分

参与人数 2eV +6 收起 理由
ene + 5 谢谢
HarrisLin + 1 受益良多

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最流行的量子化学波函数分析程序)
计算化学公社论坛:http://bbs.keinsci.com(高水平、高人气、综合性计算化学交流论坛)
思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。用于讨论理论、计算化学,两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一概不批。研究方向和理论、计算化学无关者勿加,以免浪费宝贵的空位

此账号为诸Sobereva共用
Money and papers are rubbish, get a real life!

33

帖子

0

威望

143

eV
积分
176

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-9-18 16:16:40 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2018-9-13 12:42
LZ用charmm力场的话要注意只能配合TIP3P模型用。amber和opls力场对水模型的依赖相对较小。

你也可以用ch ...

非常感谢一直以来您的回复,我用的是charmm力场,软件是NAMD.我看NAMD中默认水模型就是TIP3P,因为我的环肽纳米管极性比较大,老师就想让我换水模型说到时候审稿人肯定会疑问这么大的偶极环境下为什么还要用TIP3P,我看文献里说如果不是专门研究水分子只是把水分子做一个溶剂的话就没有必要换水模型。我想问您一下如果NAMD,charmm力场下还有没有其他合适的水模型。

377

帖子

4

威望

2330

eV
积分
2787

Level 5 (御坂)

发表于 2018-9-19 12:55:55 | 显示全部楼层
渠梦楠 发表于 2018-9-18 16:16
非常感谢一直以来您的回复,我用的是charmm力场,软件是NAMD.我看NAMD中默认水模型就是TIP3P,因为我的环 ...

charmm力场的电荷本来就是通过和tip3p的相互作用来拟合的。不管你的溶剂分子极性大还是小,和水的作用都应该是正确描述了的。只不过是水分子之间的作用描述可能不太好

如果你要进一步精确的话可以用drude力场(charmm可极化力场),把你的psf和pdb提交到charmm-gui上面生成

33

帖子

0

威望

143

eV
积分
176

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-9-19 15:23:12 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2018-9-19 12:55
charmm力场的电荷本来就是通过和tip3p的相互作用来拟合的。不管你的溶剂分子极性大还是小,和水的作用都 ...

谢谢您的回复,我去试一下。

33

帖子

0

威望

143

eV
积分
176

Level 3 能力者

 楼主| 发表于 2018-9-20 10:23:57 | 显示全部楼层
渠梦楠 发表于 2018-9-19 15:23
谢谢您的回复,我去试一下。

不好意思再一次打扰你,由于我用的氨基酸不是自然界中常见的氨基酸,我在用charmm-gui中的Drude-Prepper生成drude力场时一直出错,希望您有空的时候帮我看一下是什么原因,文件在附件中。万分感谢!

charmm-gui .tgz

2.15 MB, 下载次数: 4

您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2018-11-17 07:17 , Processed in 0.126482 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表