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楼主 Author: 渠梦楠
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[综合交流] 分子模拟过程中水模型的选择问题

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发表于 Post on 2021-10-29 09:35:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-2 00:15


要求不太高的话SPC/E就可以

sob老师,我做的内容是探究离子水合作用,离子结合水的数量,外界对水合的影响,这个SPC/E模型可行吗

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喵星人

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发表于 Post on 2021-10-29 12:42:48 | 只看该作者 Only view this author
wujinman 发表于 2021-10-29 09:35
sob老师,我做的内容是探究离子水合作用,离子结合水的数量,外界对水合的影响,这个SPC/E模型可行吗

那要看你离子的参数咋来的

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发表于 Post on 2021-10-29 15:00:44 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-10-29 12:42
那要看你离子的参数咋来的

好的,谢谢老师回复

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发表于 Post on 2021-10-30 09:54:00 | 只看该作者 Only view this author
wujinman 发表于 2021-10-29 09:35
sob老师,我做的内容是探究离子水合作用,离子结合水的数量,外界对水合的影响,这个SPC/E模型可行吗

一般来说可以
如果谨慎一些的话,建议用OPC水模型也跑跑做个对比,如果定性一致比较放心
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-11-4 13:11:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-30 09:54
一般来说可以
如果谨慎一些的话,建议用OPC水模型也跑跑做个对比,如果定性一致比较放心

非常感谢老师的回复,我懂了。

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发表于 Post on 2022-6-9 21:00:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-9-13 03:58
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型,早已过时,没有特别情况根本甭用这个,特别是你要考察的是水本身行为 ...

sob老师,想请问您,tip4p-fq模型在lammps和gromacs里面怎么使用呢,我找了很久没找到

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发表于 Post on 2022-6-9 21:15:51 | 只看该作者 Only view this author
安陈 发表于 2022-6-9 21:00
sob老师,想请问您,tip4p-fq模型在lammps和gromacs里面怎么使用呢,我找了很久没找到

把TIP4P.itp的参数按照这个表中改一下就行了。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/138555203
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-6-9 21:39:38 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-6-9 21:15
把TIP4P.itp的参数按照这个表中改一下就行了。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/138555203

好的非常感谢,我试一下

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发表于 Post on 2024-5-30 19:14:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-30 09:54
一般来说可以
如果谨慎一些的话,建议用OPC水模型也跑跑做个对比,如果定性一致比较放心

请问社长,我模拟蛋白配体复合物,想在一节中给出实验水和SPC/E水模型的对比。用的AMBER14SB力场+SPC/E水模型,可以用于发表文章吗。
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发表于 Post on 2024-5-31 09:52:55 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2024-5-30 19:14
请问社长,我模拟蛋白配体复合物,想在一节中给出实验水和SPC/E水模型的对比。用的AMBER14SB力场+SPC/E水 ...

这没什么可对比的,不同水模型的性质在原文里都有,还有专门的横测文章
AMBER19SB的原文里的测试也体现了AMBER14SB最适合结合TIP3P
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发表于 Post on 2024-5-31 15:47:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-31 09:52
这没什么可对比的,不同水模型的性质在原文里都有,还有专门的横测文章
AMBER19SB的原文里的测试也体现 ...

感谢社长,AMBER14SB最佳水是TIP3P这一点我明白。但是如果因其它原因 用AMBER14SB +OPC或者SPC/E水模型组合的话,能否用于发文章呢。 我看社长您说过不考虑水的性质,只研究蛋白的话,水模型不重要。
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发表于 Post on 2024-6-1 10:21:08 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2024-5-31 15:47
感谢社长,AMBER14SB最佳水是TIP3P这一点我明白。但是如果因其它原因 用AMBER14SB +OPC或者SPC/E水模型组 ...

原理上问题不大,但可能遇到个别审稿人bb
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发表于 Post on 2025-4-3 00:49:20 | 只看该作者 Only view this author
我想模拟有机小分子的液液萃取行为,用GAFF力场,我看能御用的水模型只有TIP3P,但水的行为对我萃取的效果影响应该挺大的,这个情况下该怎么办呢?

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