RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

biophysics · 发表于 Post on 2019-10-23 03:38:38

sob，最近不能登录qq，只能在这里留言。我最近用电子密度cube文件作为输入文件，程序能够识别密度和原子坐标等信息，但是在做标准的2步拟合resp得到的电荷基本都是0。这是扎回事？
电子密度文件只有非core电子的密度信息，会不会这是出问题的原因？

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-23 03:41:43

biophysics 发表于 2019-10-23 03:38
sob，最近不能登录qq，只能在这里留言。我最近用电子密度cube文件作为输入文件，程序能够识别密度和原子坐 ...

没法用电子密度cube文件作为输入算RESP电荷，输入文件必须包含波函数信息，如wfn/wfx/fch/molden/gms...，看下文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

biophysics · 发表于 Post on 2019-10-23 03:46:00

多谢sob指点

biophysics · 发表于 Post on 2019-10-23 03:59:37

再想请问一下，支持cpmd的restart文件作为输入么？cube文件里面没法包含波函数等信息，可能我得自己改改src文件？
网上放的src文件是否包含最新的resp拟合功能呀？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-24 22:26:37

今日Multiwfn官网上更新的Multiwfn的RESP模块已支持对非原子中心位置拟合电荷，对于特殊体系有较大意义，已对本文新增3.6节进行示例。

Alexander5 · 发表于 Post on 2020-8-28 22:52:59

想请教一下sobereva老师，我最近打算做一个含有钛酸钡BaTiO3的复合材料的slab对蛋白进行吸附的分子模拟，打算通过Guassian+multiwfn来计算RESP电荷。我有两个问题：（1）对钛酸钡这种无机物周期性体系，用gaussian结构优化时的输入结构文件该怎么构建？我从无机晶体数据库下载下来的一个cif文件转为mol2文件失败了；（2）我对高斯的使用不是很熟练，钛酸钡中含有第三周期之后的元素，我看您给的计算实例都是碳氢化合物之类的RESP电荷计算，gaussian的基组选择能否进一步给一点建议。或者，我这个途径不可行，给我提供一些其它获得原子电荷的途径也行。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-29 01:01:53

Alexander5 发表于 2020-8-28 22:52
想请教一下sobereva老师，我最近打算做一个含有钛酸钡BaTiO3的复合材料的slab对蛋白进行吸附的分子模拟，打 ...

RESP电荷是给有机分子做MD设计的，和钛酸钡这种情况没有任何直接关系

钛酸钡不是什么罕见体系，应该早就有文章做过模拟，用google搜搜，然后用相应文章里用的电荷，这比起自己搞要稳妥。

Alexander5 · 发表于 Post on 2020-8-29 09:50:33

sobereva 发表于 2020-8-29 01:01
RESP电荷是给有机分子做MD设计的，和钛酸钡这种情况没有任何直接关系

钛酸钡不是什么罕见体系，应该早 ...

明白了，谢谢sobereva老师！

huangjin · 发表于 Post on 2022-1-13 23:54:05

请问如何查看正在进行RESP电荷的程序的进度，一天了页面也没有更新，想要知道已经进展到程度。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-14 06:33:26

huangjin 发表于 2022-1-13 23:54
请问如何查看正在进行RESP电荷的程序的进度，一天了页面也没有更新，想要知道已经进展到程度。

说明Multiwfn的更新日期（启动时显示了）
把体系截图发出来，把Multiwfn运行窗口的图发出来
说明当前是什么CPU，settings.ini里nthreads设了多少

chengb917 · 发表于 Post on 2022-1-21 16:55:50

我是做小分子药物方向的，因为没买高斯，最近考虑Multiwfn解决小分子原子电荷问题。

archer · 发表于 Post on 2022-2-26 12:59:28

请教sob老师，Multiwfn计算RESP，C原子的vdW半径定义为1.50 Angstrom, 我查了一下，一般这个值都大于1.7

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-26 16:14:16

archer 发表于 2022-2-26 12:59
请教sob老师，Multiwfn计算RESP，C原子的vdW半径定义为1.50 Angstrom, 我查了一下，一般这个值都大于1.7

拟合点是要分布在范德华表面附近，并不是说必须在范德华表面外。
碳用1.5埃半径是最早的拟合静电势电荷方法The Journal of Physical Chemistry, 82, 592 (1978)里用的。

一条君 · 发表于 Post on 2022-4-5 22:51:55

请问老师，除了ADCH，RESP电荷，还有哪些可以定性正确的描述氢键作用呢
（2）但是很多力场都没有氢键项，当上俩电荷不兼容时还正确吗，比如OPLS对应的电荷。
（3）RESP电荷描述氢键可以拿到文章中去讨论吗，比如统计氢键数，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-5 23:30:05

一条君发表于 2022-4-5 22:51
请问老师，除了ADCH，RESP电荷，还有哪些可以定性正确的描述氢键作用呢
（2）但是很多力场都没有氢键项， ...

1 基于对静电势重现性好的原子电荷计算库仑作用，都能基本合理地描述普通的氢键

2 基于以上特征的原子电荷描述氢键本来就应该没有专门的氢键项，否则double-counting了
OPLS-AA没有直接明确定义计算原子电荷的方法。结合1.2*CM5电荷比较适合，此时基于OPLS-AA力场形式对普通氢键能有基本合理的描述。

3 我不知道你想怎么统计。通常对经典力场的动力学统计氢键存在性是基于氢键键长和键角的几何关系判断的，和原子电荷没有直接关系

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