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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 22:20:27 | 只看该作者 Only view this author
鉴于经常有人问,给本文文末增加了 “附2:蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算?”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-12-22 09:49:53 | 只看该作者 Only view this author
谢谢Sob老师的文章。针对 “附2:蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算?”想请教下,我想计算一个液滴表面一些水分子的静电势,使用的是QM/MM方法,QM区接口高斯软件。如果直接把这些水分子抠出来做单点可能会忽略其余水分子的极化效应以及液滴表面曲率的影响。我尝试将MM区作为背景电荷做单点,在转fchk时失败,请问这种情况有解决的办法吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 15:59:17 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2023-12-22 09:49
谢谢Sob老师的文章。针对 “附2:蛋白质配体的RESP电荷该用什么构象计算?”想请教下,我想计算一个液滴表 ...

我不知道转fchk怎么失败
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-24 17:19:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问文章里,聚合物、小分子共存,(1)聚合物电荷用一步法求出(施加等价、电荷约束等),小分子用标准resp法求出可以吗?还是聚合物和小分子都用一步法更合适呢(小分子一步法施加等价、电荷约束)?谢谢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-25 11:19:31 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2024-3-24 17:19
老师,请问文章里,聚合物、小分子共存,(1)聚合物电荷用一步法求出(施加等价、电荷约束等),小分子用 ...

可以
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发表于 Post on 2024-6-25 10:00:28 | 只看该作者 Only view this author
sober老师好,我在得到.chg文件后,想要得到mol2文件。请问老师有方法直接转换吗?Multiwfn好像不可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-26 01:58:02 | 只看该作者 Only view this author
linhao 发表于 2024-6-25 10:00
sober老师好,我在得到.chg文件后,想要得到mol2文件。请问老师有方法直接转换吗?Multiwfn好像不可以

没法直接转换
可以Multiwfn载入chg文件,主功能100的子功能2保存成pdb或gjf,然后gview打开再保存成mol2
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发表于 Post on 2024-11-13 09:13:19 | 只看该作者 Only view this author
我的体系分子属于刚性分子,我准备直接用ESP的CHELPG电荷或MK电荷,请教下sob老师,这两种是任选一个计算就行吗?我看了帖子说CHELPG电荷和MK电荷在旋转不变性角度上有区别,我不确定这点对自己体系影响大不大。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-13 23:36:34 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2024-11-13 09:13
我的体系分子属于刚性分子,我准备直接用ESP的CHELPG电荷或MK电荷,请教下sob老师,这两种是任选一个计算就 ...


无所谓。旋转不变性取决于格点密度。格点密度越大旋转不变性、空间等价的原子电荷的等价性越好
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发表于 Post on 2026-3-20 01:05:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2026-3-20 15:13 编辑

老师,请问AB两分子对比时,(1)氧的resp电荷大小趋势与npa电荷趋势相反正常吗(A:RESP -0.47; NPA -0.608//B:RESP -0.56; NPA:-0.595),
(2-a)同时基于resp电荷的分子动力学模拟得到的离子-氧的rdf波峰位置:A>B,但是高斯优化的两分子的团簇的离子-氧距离是A<B,此时md模拟的结果能用吗
(2-b)虽然2a中与高斯得到的距离趋势相反,但是模拟得到的分子对盐的溶解度趋势是对的,所以别人会质疑这个rdf波峰位置为什么与高斯相反吗

谢谢社长和老师们
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-20 01:21:09 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2026-3-20 01:05
老师,请问AB两分子对比时,(1)氧的resp电荷大小趋势与npa电荷趋势相反正常吗(A:RESP -0.47; NPA -0.608 ...

1 不用方法算的数值顺序不同很正常,参考下文的对比讨论
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html
《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml

2 没有绝对的可比性。前者还考虑了温度效应、构型的动力学采样。要比也应该是同样模型下用力场做几何优化和Gaussian做量子化学优化对比
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