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楼主: yihanxu

[综合交流] 用什么方法可以模拟polymer architecture对粘结强度的影响

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发表于 2019-2-4 14:29:41 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-4 11:49
老师为什么没推荐用OPLS-AA力场模拟高分子呢?是因为OPLS-AA定义的有机小分子比较少吗?
谢谢。祝sob老 ...

用OPLS-AA也可以
但是我不太喜欢OPLS-AA,原子类型定义比较乱,而GAFF比较清楚,而且有比较可靠的antechamber工具生成GAFF力场的拓扑文件。而且GAFF标配的RESP原子电荷直接可以用Multiwfn等程序计算。而且GAFF一般来说表现确实不错,又有与之兼容的AMBER、lipid、GLYCAM等力场可以用,用着也比较舒服。

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 楼主| 发表于 2019-2-8 12:36:19 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-7 22:45 编辑

老师好,请问怎样得到Li+离子的拓扑文件呢?如果建立拓扑文件是优化的过程,Li+只有一个粒子,我不太明白怎样优化它的结构,谢谢
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发表于 2019-2-9 02:37:51 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-8 12:36
老师好,请问怎样得到Li+离子的拓扑文件呢?如果建立拓扑文件是优化的过程,Li+只有一个粒子,我不太明白怎 ...

含有Li+的拓扑文件直接就在ions.itp里
单个原子没法优化

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 楼主| 发表于 2019-2-9 04:09:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-8 14:10 编辑
sobereva 发表于 2019-2-8 12:37
含有Li+的拓扑文件直接就在ions.itp里
单个原子没法优化

谢谢老师,请问Li+和TFSI-离子应该用什么力场呢?

LiTFSI

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发表于 2019-2-9 04:15:37 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-9 04:09
谢谢老师,请问Li+和TFSI-离子应该用什么力场呢?

GAFF

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 楼主| 发表于 2019-2-19 15:30:34 | 显示全部楼层
老师好,我建了一个高分子链,用gview的扫把功能做了优化。请问建立混合物盒子之前需不需要再对高分子链做其他优化?现在的高分子链很直,延伸的很长,19.6nm了,不知道做了优化后有没有可能弯折一些。
谢谢。
polymer in a box.png

PANI_PNB_10_H_Opt.pdb

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发表于 2019-2-20 19:58:42 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-19 15:30
老师好,我建了一个高分子链,用gview的扫把功能做了优化。请问建立混合物盒子之前需不需要再对高分子链做 ...

没必要,不管你现在是否优化,等MD跑起来了都一样

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 楼主| 发表于 2019-2-21 12:25:54 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-8 12:37
含有Li+的拓扑文件直接就在ions.itp里
单个原子没法优化

老师好,Li+也是用GAFF的话,GROMACS里没有GAFF啊,到哪里去找GAFF的ions.itp呢,谢谢
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 楼主| 发表于 2019-2-21 12:30:06 | 显示全部楼层
老师好,如果用DFT优化了S4(2-)离子,然后把优化好的结构用acpype.py生成了其.itp文件,那么哪部分参数使用了GAFF力场,哪部分参数用的是DFT呢?
谢谢。
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发表于 2019-2-21 22:27:12 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-21 12:25
老师好,Li+也是用GAFF的话,GROMACS里没有GAFF啊,到哪里去找GAFF的ions.itp呢,谢谢

从amber程序里挪过去,或者用acpype处理一个含Li的体系,如果能成功处理,看里面的参数

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yihanxu 发表于 2019-2-21 12:30
老师好,如果用DFT优化了S4(2-)离子,然后把优化好的结构用acpype.py生成了其.itp文件,那么哪部分参数使用 ...

没有任何参数是DFT的

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sobereva 发表于 2019-2-21 08:27
没有任何参数是DFT的

谢谢老师。所以跑DFT的唯一目的是生成RESP电荷吗?
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本帖最后由 yihanxu 于 2019-2-22 01:41 编辑
sobereva 发表于 2019-2-21 08:27
从amber程序里挪过去,或者用acpype处理一个含Li的体系,如果能成功处理,看里面的参数

老师好,我尝试用了Li2S分子产生Li离子的itp,但是没有成功,原因如附件acpype.txt提示的信息。请问该怎么办呢?可以这样吗:从amber99sb-ildn的ions.itp中把LI的部分copy到一个文件里(见附件LI.itp),之后在LI.itp中加了mass,再在主.top文件中#include "LI.itp"感谢。

acpype info.txt

3.35 KB, 下载次数: 1

Li2S.mol2

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LI.itp

237 Bytes, 下载次数: 1

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 楼主| 发表于 2019-2-22 15:51:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-1-10 09:04
高分子用GAFF就行
没法用于无机分子,一看GAFF的原子类型就知道

sob老师好,请问如何产生高分子的.itp文件呢?记得您说用pdb2gmx,可是这样的话要用到.rtp吧,高分子的.rtp又该怎么做呢?完全没有头绪,求老师给些详细的指导,感谢!
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发表于 2019-2-22 22:47:13 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-22 15:51
sob老师好,请问如何产生高分子的.itp文件呢?记得您说用pdb2gmx,可是这样的话要用到.rtp吧,高分子的.r ...

把自带的氨基酸的rtp彻底弄明白了,效仿着写

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