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楼主: yihanxu

[综合交流] 用什么方法可以模拟polymer architecture对粘结强度的影响

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发表于 2019-2-22 22:47:33 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-22 08:05
谢谢老师。所以跑DFT的唯一目的是生成RESP电荷吗?

还有优化结构啊

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发表于 2019-2-22 22:49:18 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-22 13:44
老师好,我尝试用了Li2S分子产生Li离子的itp,但是没有成功,原因如附件acpype.txt提示的信息。请问该怎 ...

antechamber主要是弄有机体系的,涉及到无机体系,里面的成键方式和元素是antechamber往往没法处理的,acpype自然也没法正常处理。
可以这么去include,但是Li也得加到[atomtypes]里去

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 楼主| 发表于 2019-2-23 01:14:12 | 显示全部楼层

跑MD的时候不是会重新优化吗?
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-2-23 22:40:50 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-23 01:14
跑MD的时候不是会重新优化吗?

MD那不叫优化。而且MD的过程完全只取决于力场参数

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 楼主| 发表于 2019-2-27 09:47:13 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-23 08:40
MD那不叫优化。而且MD的过程完全只取决于力场参数

老师好,做MD之前并不是非要对盒子里的各种分子单独优化,如果不是算RESP电荷,可以不做量化的几何优化计算,直接进行MD,对吗
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-2-27 14:52:55 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-27 09:47
老师好,做MD之前并不是非要对盒子里的各种分子单独优化,如果不是算RESP电荷,可以不做量化的几何优化计 ...

对。只要结构别太离谱就行

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发表于 2019-2-27 14:54:23 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-2-4 11:49
老师为什么没推荐用OPLS-AA力场模拟高分子呢?是因为OPLS-AA定义的有机小分子比较少吗?
谢谢。祝sob老 ...

GAFF的原子类型定义比较舒服、明白,而OPLS的原子类型用数字编号,我感觉很别扭
而且产生基于GAFF力场的antechamber非常靠谱,与GAFF兼容的力场很多,可扩展性强
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