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[综合交流] 审稿意见求助

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发表于 2019-2-27 10:44:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
How did the authors quantify the type and the strength of the inter- and intra- molecular interactions and bonding as a result of DFT simulations without analyzing the output files through atom in a molecule analysis? A bond critical point calculation must have been studied by calculating electron densities of the critical interactions in order to quantify such important molecular interaction parameters; but it is missing. Also, electrostatic potential analysis could have been considered as SO2 might form reactive interaction surfaces between the DES forming HBA and HBD!

请问审稿人提的意见需要补哪些计算啊,计算小白一枚,谢谢大家了!

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发表于 2019-2-27 11:22:46 | 显示全部楼层
自己不是做这个方向的哈.但是我看审稿意见,是不是需要补充计算?从其他的角度分析一下,就是审稿人说的:
must have been studied by calculating electron densities of the critical interactions in order to quantify such important molecular interaction parameters; but it is missing.
这个是必须要补充的.

electrostatic potential analysis could have been considered as SO2 might form reactive interaction surfaces between the DES forming HBA and HBD!
这个我觉着也要做吧.
个人理解哈.
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 楼主| 发表于 2019-2-27 12:29:30 | 显示全部楼层
小范范1989 发表于 2019-2-27 11:22
自己不是做这个方向的哈.但是我看审稿意见,是不是需要补充计算?从其他的角度分析一下,就是审稿人说的: ...

非常感谢麻烦再问一下,第一条的意思是让做一个结合SO2过后的电荷分布计算,然后根据电荷情况来判断相互作用吗?还有就是这两条意见是不是都要通过绘制静电势图来解决啊?

自己是做工程方向的,计算方面真的是一窍不通,还麻烦多多指导

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发表于 2019-2-27 14:40:50 | 显示全部楼层
这都是波函数分析方面的事,让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质,都可以用Multiwfn完美解决

他提到用AIM分析相互作用,相关知识看
AIM学习资料和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-362-1-1.html
Multiwfn是目前最好的实现AIM分析的程序,基本使用看手册4.2节,以及
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频演示)
http://sobereva.com/445http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html
根据AIM里的bond critical point的属性,诸如电子密度、势能密度、能量密度、电子密度拉普拉斯等信息可以讨论成键特征,看前面的AIM合集里的基本资料

静电势分析可以用来讨论吸附或反应位点,看以下内容了解基本常识,之后自然就知道怎么讨论了
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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发表于 2019-2-27 16:39:07 | 显示全部楼层
haimingzhang 发表于 2019-2-27 12:29
非常感谢麻烦再问一下,第一条的意思是让做一个结合SO2过后的电荷分布计算,然后根据电荷情况来判断 ...

你好,具体的看sob老师给回复的吧,我也是个外行人,我就是针对英语而言的。抱歉
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

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 楼主| 发表于 2019-2-27 21:04:05 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事,让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质,都可以用Multiwfn完美解决
...

明白了,太感谢老师的解答了

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 楼主| 发表于 2019-3-9 20:17:34 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事,让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质,都可以用Multiwfn完美解决
...

老师,抱歉打扰了!第一个问题已经搞完了,但这个还是有点不懂审稿人的意思Also, electrostatic potential analysis could have been considered as SO2 might form reactive interaction surfaces between the DES forming HBA and HBD! 这是让我用静电势分析可能的吸收位点吗?

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发表于 2019-3-10 03:02:06 | 显示全部楼层
haimingzhang 发表于 2019-3-9 20:17
老师,抱歉打扰了!第一个问题已经搞完了,但这个还是有点不懂审稿人的意思Also, electrostatic potentia ...

没有上下文,没看过你的文章,我不确定
如果文中没做过静电势分析,可以加上这样的分析
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 楼主| 发表于 2019-3-16 12:44:52 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-2-27 14:40
这都是波函数分析方面的事,让你通过波函数分析进一步讨论相互作用强度和本质,都可以用Multiwfn完美解决
...

老师,打扰了!计算BCP的时候有点小问题,麻烦老师帮帮忙
Cl-…S(SO2)        ρBCP=3.7874293780E-02         ▽2BCP=7.9591748960E-02          HBCP= -9.2702969490E-04
氯离子与SO2上的S原子之间应该是电荷作用,这一点有太多文献已经证明了,但看有文献上说HBCP (Energy density E(r) or H(r)))为负说明是共价作用,所以不知道该判断是电荷作用还是共价作用。
麻烦老师了!

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发表于 2019-3-16 23:09:48 | 显示全部楼层
haimingzhang 发表于 2019-3-16 12:44
老师,打扰了!计算BCP的时候有点小问题,麻烦老师帮帮忙
Cl-…S(SO2)        ρBCP=3.7874293780E-02         ▽2BC ...


Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
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 楼主| 发表于 2019-3-17 17:36:47 | 显示全部楼层
本帖最后由 haimingzhang 于 2019-3-17 17:47 编辑
sobereva 发表于 2019-3-16 23:09

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谢谢老师!
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