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[ORCA] 关于ORCA计算体系分子动力学的问题

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发表于 2019-3-4 08:46:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
ORCA的手册中提到:simple Berendsen thermostat is implemented in the ORCA MD module,是不是表示在模拟过程中能够控制体系的温度?然后手册中又提到:The cells can be defi ned as elastic, such that their size adapts to the system. This enables to run simulations under constant pressure,表示在模拟过程中能够给定体系的压力。那么是不是表示ORCA能够做NPT系综分子动力学。我想做的是:将一定温度压力下的氖气进行分子动力学模拟,然后再进行TDDFT模拟,计算荧光光谱。老师们能给些建议么?比如到底应该用哪个软件做我这种模型的分子动力学比较好,谢谢!

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发表于 2019-3-4 16:22:51 | 显示全部楼层
NPT可以,但是模拟你目前这个问题应该没戏。氖气的密度太低了,TDDFT要算也得是凝聚相或者团簇
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 楼主| 发表于 2019-3-4 17:13:49 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-4 16:22
NPT可以,但是模拟你目前这个问题应该没戏。氖气的密度太低了,TDDFT要算也得是凝聚相或者团簇

我的体系是一个温稠密体系,密度大概有1g/cm3左右。

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发表于 2019-3-4 17:22:33 | 显示全部楼层
huangyoyo 发表于 2019-3-4 17:13
我的体系是一个温稠密体系,密度大概有1g/cm3左右。

我没见过这样体系的TDDFT计算,是否靠谱也很难说。如果要算的话,先看看有没有类似的计算文章
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 楼主| 发表于 2019-3-5 08:23:41 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-4 17:22
我没见过这样体系的TDDFT计算,是否靠谱也很难说。如果要算的话,先看看有没有类似的计算文章

恩恩!不过我们这边有实验数据。另外我想请问算分子动力学是不是跟几何优化一样,对基组的要求不高,只要在相同水平下算频率,保证系统处于基态,最后根据你的“Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法”文章中提到的方法计算荧光光谱。

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发表于 2019-3-5 19:34:46 | 显示全部楼层
huangyoyo 发表于 2019-3-5 08:23
恩恩!不过我们这边有实验数据。另外我想请问算分子动力学是不是跟几何优化一样,对基组的要求不高,只要 ...

如果你是要做AIMD,本身对计算级别要求不高,但也得至少能定性描述动力学行为(比如你的体系,不能用B3LYP,用的话得加色散校正)
但这种体系用经典力场的MD其实就够了。
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 楼主| 发表于 2019-3-6 08:48:53 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-5 19:34
如果你是要做AIMD,本身对计算级别要求不高,但也得至少能定性描述动力学行为(比如你的体系,不能用B3LY ...

我的研究是一个强耦合的等离子体体系,也需要加色散校正?另外我打算用6-31+G*做分子动力学,看了你的文章“乱谈激发态的计算方法”后,我选择用ma-def2-TZVP(涉及里德堡激发)进行激发态计算,这样的基组选择可行么?

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发表于 2019-3-7 02:59:31 | 显示全部楼层
huangyoyo 发表于 2019-3-6 08:48
我的研究是一个强耦合的等离子体体系,也需要加色散校正?另外我打算用6-31+G*做分子动力学,看了你的文 ...

DFT-D色散校正加了没坏处,也不增加耗时
动力学用那个级别可以,不过用6-311G*代替往往更省时间,结果还可能更好。对于里德堡激发计算,ma-TZVP只能算是刚踏入门槛,要定量准确的话至少aug-cc-pVTZ。还有余力的话提升到daug-cc-pVTZ。
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 楼主| 发表于 2019-3-7 09:13:40 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-7 02:59
DFT-D色散校正加了没坏处,也不增加耗时
动力学用那个级别可以,不过用6-311G*代替往往更省时间,结果还 ...

ORCA里没有aug-cc-PVTZ合适的辅助基组,是不是不能结合RICOSX来算呢?(体系有大概两百多个原子)

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发表于 2019-3-8 05:48:50 | 显示全部楼层
huangyoyo 发表于 2019-3-7 09:13
ORCA里没有aug-cc-PVTZ合适的辅助基组,是不是不能结合RICOSX来算呢?(体系有大概两百多个原子)

有自带的辅助基组
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 楼主| 发表于 2019-3-8 09:24:52 | 显示全部楼层
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-8 09:33 编辑
sobereva 发表于 2019-3-8 05:48
有自带的辅助基组

惰性气体轨道之间的耦合是根据JK耦合的,跃迁规则为deta_K=deta_J=-1,0,1。在做完分子动力学之后我还想算Ne的18.72638130对应的那个能级(如果按照LS耦合来看这对应的是一个单重态P轨道)到16.61906995对应的那个能级(三重态J=2的P轨道)的发射能,那么用ORCA能算么?如果假设用100个原子的话,18.72638130对应的那个态大概都是TDDFT结果中10000之后的某个态了,光想想都觉得不可行呢。
Ne.png

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 楼主| 发表于 2019-3-15 15:06:33 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-4 16:22
NPT可以,但是模拟你目前这个问题应该没戏。氖气的密度太低了,TDDFT要算也得是凝聚相或者团簇

ORCA中的DFT-MD考虑电子效应的影响么(电子电离)?还是稳定后结构中的电子还是处于基态?请问能推荐一些关于将DFT-MD的书或者文献么?

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发表于 2019-3-15 16:48:07 | 显示全部楼层
huangyoyo 发表于 2019-3-15 15:06
ORCA中的DFT-MD考虑电子效应的影响么(电子电离)?还是稳定后结构中的电子还是处于基态?请问能推荐一些 ...

除非你指定的是用计算激发态的方法,或者自旋多重度设成激发态的自旋多重度,否则MD过程中一直都在基态上
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 楼主| 发表于 2019-3-18 10:29:51 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-15 16:48
除非你指定的是用计算激发态的方法,或者自旋多重度设成激发态的自旋多重度,否则MD过程中一直都在基态上

您好,我在一篇计算温稠密物质光学性质的文章中看到如下几句话:The electron system is described using the ab initio plane wave code ABINIT.
To incorporate effects of the ion system at elevated temperatures, molecular dynamics (MD) simulation was also carried out. All simulation results presented in the present work were obtained using 108 atoms in a cubic simulation box with periodic boundary conditions. For two-temperature MD simulations the ion and electron temperatures were controlled independently. While the electron temperature was fixed for every timestep in the simulation, the ion temperature was controlled by a Nos′e-Hoover thermostat.
看这字面意思,好像这个分子动力学能够考虑电离以及电子的行为?

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发表于 2019-3-18 23:56:14 | 显示全部楼层
huangyoyo 发表于 2019-3-18 10:29
您好,我在一篇计算温稠密物质光学性质的文章中看到如下几句话:The electron system is described using ...

貌似是。我对此程序了解不多
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