请教：关于GROMACS的计算耗时

yihanxu

老师好，您在MD班里给过一个信息：if use Intel 16 core to run a job with 20,000 atoms, 2 fs each step, it can finish 50 ns/day. 但是一样的条件下，我们学校的cluster好像达不到50 ns/day. 我和学校计算中心的管理员说了，我们想请教您：Where did you get the information about 50ns/day for 20,000 atoms? We'd like to have a look at the discussion, if there is one, and see if there is any information about the build or inputs that achieves this kind of performance.
非常感谢！

sobereva

这是我当年用的2*E5 2680v2用gmx 5.x版跑某个体系的结果
这个速度只是个参考，也别太纠结这个。因为影响速度的因素非常多，包括体系特征、mdp参数的设置、gmx的版本、CPU的架构等等。只要你当前的计算条件计算跑你当前的任务不至于太慢就行了。