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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC

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发表于 Post on 2024-2-3 16:26:14 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-2-3 15:44
不好说。一看记录何种数据和转换精度,例如有些按照晶胞参数(三个长度三个角度)有些则按照3x3的晶胞矢 ...

好的好的,非常感谢

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发表于 Post on 2024-4-18 10:17:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问现在还可以要到xyz2QC的源码嘛?我想在MD增强采样到不同cv路径的帧数据中按照数据点密度或者其他筛选算法,筛选出一些数据去Gaussian做能量计算,想参考xyz2QC的写法或者在源码上加一些功能,不知道能不能实现

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 05:13:55 | 只看该作者 Only view this author
Whitedwarf 发表于 2024-4-18 10:17
Sob老师,请问现在还可以要到xyz2QC的源码嘛?我想在MD增强采样到不同cv路径的帧数据中按照数据点密度或者 ...

可以通过电子邮件向我索取,注明个人身份
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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
能不能反过来用?即把多个如100个xyz文件合并到一个xyz文件里面,好用xtb一起优化。

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发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-11-18 17:59 编辑
wilely 发表于 2024-11-18 17:09
能不能反过来用?即把多个如100个xyz文件合并到一个xyz文件里面,好用xtb一起优化。

xtb支持多帧xyz文件结构逐个读取、优化并把结果产生到同一个输出文件吗?看文档似乎提到的.xyz输入文件都是单个结构的。

既然xtb是通过命令行运行,那在shell里用个for循环遍历所有.xyz文件就能用xtb批量处理吧
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-11-18 17:09
能不能反过来用?即把多个如100个xyz文件合并到一个xyz文件里面,好用xtb一起优化。

cat *.xyz > all.xyz,就把当前目录下所有xyz文件合并成多帧的all.xyz了
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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-19 08:07
cat *.xyz > all.xyz,就把当前目录下所有xyz文件合并成多帧的all.xyz了

好的,谢谢

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