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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC

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发表于 Post on 2021-8-28 19:29:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-28 14:14
我重新更新了,现在没问题了

没问题了,谢谢社长。

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发表于 Post on 2022-4-25 08:32:12 | 只看该作者 Only view this author
请问脚本在哪里下载呀?(我可能瞎了,一直找不到……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-25 09:48:58 | 只看该作者 Only view this author
ananbaby2309 发表于 2022-4-25 08:32
请问脚本在哪里下载呀?(我可能瞎了,一直找不到……

一个字一个字读本文第一段
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发表于 Post on 2022-6-8 10:03:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-8 10:16 编辑

"xyz2QC还允许将.xyz里的指定帧拆分成产生单独的.gjf文件,这有何意义?一般来说,像上面这样把多个结构弄到一个.gjf里运行起来最方便,但有一个缺点是如果其中一个任务失败了(如SCF不收敛、几何优化不收敛),那么整个任务就会停了,后面的步骤也不算了。如果拆成单独的.gjf文件,那就没这个问题了。",Sober老师,这个具体怎么做呢?
轻舟一过万重山。

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发表于 Post on 2022-6-8 10:06:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ReviewReview 于 2022-6-8 11:17 编辑

"类似地,xyz2QC还可以产生ORCA的输入文件,也是可以作为多步任务构成单一文件,或拆分成不同的文件。对于多步任务,强烈建议在模板文件template.inp里加入noautostart关键词,要不然下一个任务的初猜会自动用前一个任务收敛的波函数,然而你选定的那些结构的几何差异可能不小,因此这样得到的初猜可能会很糟糕。noautostart代表不自动从与当前文件同名的.gbw文件中读取初猜波函数,就可以确保没这个问题。",Sober老师,假如我选择的是Gaussian软件而非ORCA软件来使用多步任务做Opt+Freq和Energy,我也要在template.gjf文件(Gaussian软件对应的模板文件)中加入noautostart关键词吗?
轻舟一过万重山。

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发表于 Post on 2022-6-8 10:26:27 | 只看该作者 Only view this author
ReviewReview 发表于 2022-6-8 10:03
"xyz2QC还允许将.xyz里的指定帧拆分成产生单独的.gjf文件,这有何意义?一般来说,像上面这样把多个结构弄 ...

对不起Sober老师,是我瞎准备把不用的眼睛捐掉哈哈,刚点开xyz2QC.exe看到窗口的选项了,我把"1  //产生含多步的单一Gaussian输入文件"里的1改成2即可
轻舟一过万重山。

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发表于 Post on 2023-11-23 22:41:03 | 只看该作者 Only view this author
请问我用xyz2QC生成的输入文件计算后,怎么弄一个能用isostat.exe处理的xyz文件?自己用手复制来复制去搞不好,而且我还是opt任务,能量和坐标不好找。。。。。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-24 02:00:44 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-23 22:41
请问我用xyz2QC生成的输入文件计算后,怎么弄一个能用isostat.exe处理的xyz文件?自己用手复制来复制去搞不 ...

目前没办法直接弄
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发表于 Post on 2023-11-24 10:05:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-24 02:00
目前没办法直接弄

那格式的关键点是什么呀?要整理成完全一致吗,空格之类的都要一致吗,从Gaussian计算后的输出文件里摘出来的坐标和xyz文件坐标的空格这些都不一样。

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发表于 Post on 2023-11-24 19:29:46 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-24 03:05
那格式的关键点是什么呀?要整理成完全一致吗,空格之类的都要一致吗,从Gaussian计算后的输出文件里摘出 ...

xyz文件的空格数,不是xyz文件格式的一部分。所以但凡是一个写得足够好的程序,读xyz文件的时候都不会对xyz文件的空格数有要求。
如果是初学编程的人写的读xyz文件的程序,那另当别论
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-25 01:13:18 | 只看该作者 Only view this author
WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-24 10:05
那格式的关键点是什么呀?要整理成完全一致吗,空格之类的都要一致吗,从Gaussian计算后的输出文件里摘出 ...

谈谈记录化学体系结构的xyz文件
http://sobereva.com/477

坐标部分是自由格式
注释部分尽量按照molclus产生的xyz文件的格式写,否则不保证isostat能认出里面的能量等信息
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发表于 Post on 2024-2-3 15:15:38 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2019-5-13 14:06
这里以xtl为例子,因为同样能够被M$识别。python实现CP2K做cif或xtl格式转换的要点在于:
1、原子坐标由 ...

您好!斗胆请教一下您,算无机物的时候,cif文件转换为mol再转化为gjf这样计算的结果比较准确嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-3 15:25:08 | 只看该作者 Only view this author
0325-ddd 发表于 2024-2-3 15:15
您好!斗胆请教一下您,算无机物的时候,cif文件转换为mol再转化为gjf这样计算的结果比较准确嘛?

这种问题没意义,你只需要关注文件里记录了什么信息,如果记录的信息是等价的,并且程序在读取时都会读到,显然跟格式没关系。转化成mol完全莫名其妙,本来mol格式也不是专门记录周期性体系用的
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发表于 Post on 2024-2-3 15:30:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-3 15:25
这种问题没意义,你只需要关注文件里记录了什么信息,如果记录的信息是等价的,并且程序在读取时都会读到 ...

好滴,谢谢老师(不太懂无机物,怕给老板搞错了

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第一原理惨品小作坊

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发表于 Post on 2024-2-3 15:44:01 | 只看该作者 Only view this author
0325-ddd 发表于 2024-2-3 15:15
您好!斗胆请教一下您,算无机物的时候,cif文件转换为mol再转化为gjf这样计算的结果比较准确嘛?

不好说。一看记录何种数据和转换精度,例如有些按照晶胞参数(三个长度三个角度)有些则按照3x3的晶胞矢量,但两者在转换时也可能导致一些微小差异,或是分数坐标到笛卡尔坐标转换也有类似问题,二是每个格式或者写入该格式的程序的数值精度如何。

事实上相关的格式转换有现成工具,并不需要先向mol格式转换,python生态下ase就能做的很好,但转换或输出精度是否能达到你想要的样子你可以自行验证。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

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