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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC

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发表于 Post on 2020-6-6 18:52:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-6 18:43
等2.0的时候一并提供。最近太忙,有更重要的事需要做

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-6-10 13:45:00 | 只看该作者 Only view this author
再提个建议,不知道是不是只有我,我觉得,生成的gjf等文件最好能够存储在xyz文件所在的文件夹,而不是默认的molclus文件夹。或者,能够在任何文件夹,通过xyz2QC或者isostat等命令直接调用molclus的组件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-11 23:53:51 | 只看该作者 Only view this author
Evanwill 发表于 2020-6-10 13:45
再提个建议,不知道是不是只有我,我觉得,生成的gjf等文件最好能够存储在xyz文件所在的文件夹,而不是默认 ...

在其它文件夹调用isostat、xyz2QC,把molclus加入PATH环境变量就完了
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发表于 Post on 2021-8-26 01:48:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lanthanum 于 2021-8-26 01:59 编辑

斗胆提个请求,能否改进一下,使功能1和2识别类似如下样式的多步模板。

%chk=[FILENAME]_step01.chk
#p B3LYP/6-311G** em=GD3BJ opt freq scrf(read,SMD,solvent=n,n-DiMethylAcetamide)

Template file

0 1
[GEOMETRY]

eps=19.1
epsinf=2.090916

--link1--
%oldchk=[FILENAME]_step01.chk
%chk=[FILENAME]_step02.chk
#p M052X/6-31G* scrf=check geom=allcheck

--link1--
%oldchk=[FILENAME]_step01.chk
%chk=[FILENAME]_step03.chk
#p M052X/6-31G* geom=allcheck

--link1--
%oldchk=[FILENAME]_step01.chk
%chk=[FILENAME]_step04.chk
#p B2PLYPD3/def2TZVP geom=allcheck


其中的 [FILENAME] 将被替换成 "前缀+帧号" ,最后功能1产生一个4N步的文件,或者功能2产生N个4步的文件。
谢谢社长。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-26 22:38:41 | 只看该作者 Only view this author
lanthanum 发表于 2021-8-26 01:48
斗胆提个请求,能否改进一下,使功能1和2识别类似如下样式的多步模板。

%chk=[FILENAME]_step01.chk

刚才更新了官网上的molclus 1.9.9.5,并且在此文里添加了以下内容
Gaussian模板文件中可以使用[FILENAME]占位,xyz2QC产生输入文件时它将被替换为"前缀 帧号",因此可以在模板文件里写比如%chk=/sob/[FILENAME].chk从而使得计算完毕后chk文件以恰当的名字留存在/sob目录下。这对于通过Multiwfn程序批量做波函数分析尤其有用。当有多帧的xyz文件,想对里面每个结构都用Multiwfn做波函数分析时,可以拆分完了后批量执行,得到对应的chk文件,然后再批量转换成fch,最后通过批处理脚本调用Multiwfn批量分析。怎么靠脚本实现批量转换和执行见《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》(http://sobereva.com/258)。
现在可以直接用你的模板文件
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发表于 Post on 2021-8-26 23:09:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lanthanum 于 2021-8-26 23:11 编辑
sobereva 发表于 2021-8-26 22:38
刚才更新了官网上的molclus 1.9.9.5,并且在此文里添加了以下内容
现在可以直接用你的模板文件

太棒了,谢谢社长。
有个小bug。
如果模板和以前一样,末尾有两个空行,那功能1生成的多步文件中,4N步与4N+1步之间是两个空行。
如果模板末尾留一个空行,那功能1和2生成的全部文件的末尾都只有一个空行。

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发表于 Post on 2021-8-27 00:18:18 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-6-6 16:11
卢老师,请问您的QC2xyz程序开发还有打算么?感觉从molclus中提取一部分代码改一下就好了,但是应该是个很 ...

QC2xyz你想具体指啥呢?从各种量化程序的输出文件中提取出坐标?
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-27 06:34:11 | 只看该作者 Only view this author
lanthanum 发表于 2021-8-26 23:09
太棒了,谢谢社长。
有个小bug。
如果模板和以前一样,末尾有两个空行,那功能1生成的多步文件中,4N步 ...

--link1--前头空行有多少无所谓,不是bug
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-27 11:27:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lanthanum 于 2021-8-27 11:34 编辑
sobereva 发表于 2021-8-27 06:34
--link1--前头空行有多少无所谓,不是bug

谢谢社长。
试了,--link1--前头空行有多少确实无所谓,这不是bug。
另外有个小bug,功能2,在第一步会产生两个%chk=字段,一个是替换产生的%chk=C:\work\000001_step01.chk,一个是另添上的%chk=000001.chk。

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发表于 Post on 2021-8-27 11:50:00 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-8-27 00:18
QC2xyz你想具体指啥呢?从各种量化程序的输出文件中提取出坐标?

其实就是molclus里早就实现了的那些功能,按照settings.ini的设置读几何结构(优化的最后一帧,频率或单点任务的机构),以及能量(电子能量(ORCA的电子能量,Gaussian的SCF能量,MP2级别能量等),频率任务的热力学能量)等写在xyz文件的注释行。只不过现在的版本是每次读计算临时文件的gau.out,ORCA.out里面的数据,如果能指定读一批别的地方计算好的ORCA0001.out,ORCA.0002.out并写到一个xyz文件里就好了。感觉这个只要做十几行代码简单的修改就可以在现有molclus的基础上实现的,所以斗胆问了一下卢老师。

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发表于 Post on 2021-8-27 14:56:18 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-8-27 11:50
其实就是molclus里早就实现了的那些功能,按照settings.ini的设置读几何结构(优化的最后一帧,频率或单 ...

这有个变通的办法,使用GV的分子组,把全部一批文件读到同一个分子组里(打开文件时,target选择 single new molecule group for all files),在分子组上,点鼠标右键菜单,results,molecule group table,可以看到能量,点击表头,可以排序,右下角有copy功能,左上角可以选择显示3D结构。

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发表于 Post on 2021-8-27 15:20:22 | 只看该作者 Only view this author
lanthanum 发表于 2021-8-27 14:56
这有个变通的办法,使用GV的分子组,把全部一批文件读到同一个分子组里(打开文件时,target选择 single  ...

GaussView提取的能量经常不对,比如双杂化泛函显示的SCF部分能量。比如卢老师这里提的。http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-28 11:22:21 | 只看该作者 Only view this author
lanthanum 发表于 2021-8-27 11:27
谢谢社长。
试了,--link1--前头空行有多少确实无所谓,这不是bug。
另外有个小bug,功能2,在第一步会 ...

你把你的模板文件上传我看看,并且告诉我你在xyz2QC里的完整操作。之前测试过,应该不会自动添上%chk=000001.chk
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sobereva 发表于 2021-8-28 11:22
你把你的模板文件上传我看看,并且告诉我你在xyz2QC里的完整操作。之前测试过,应该不会自动添上%chk=000 ...

xyz2qc
2
cluster.xyz
回车
回车
模板和第一个结果文件,见附件。cluster.xyz是本贴1楼的文件。

000001.gjf

1.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

template.gjf

557 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-28 14:14:49 | 只看该作者 Only view this author

我重新更新了,现在没问题了
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