以前针对lammps和gromacs的选择

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-11 10:31:47

少年爱吃地三鲜发表于 2019-6-11 08:19
你这个比喻社长是绝对不能接受的，他最讨厌的就是苹果了。如果说的是用户使用量的话，也是gromacs更多一 ...

非要类比，gromacs=安卓。用户群最大，完全免费，灵活开放，干净，没有乱七八糟东西。这是我欣赏的。

少年爱吃地三鲜 · 发表于 Post on 2019-6-11 16:02:14

sobereva 发表于 2019-6-11 10:31
非要类比，gromacs=安卓。用户群最大，完全免费，灵活开放，干净，没有乱七八糟东西。这是我欣赏的。

社长大人驾到！嘿嘿

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-6-17 02:00:47

Gromacs的开发者都很approachable，特别是mark，基本上每个会都可以见到，他看到你的poster感兴趣还会给你递名牌，lampps爱理不理。而且gromacs的代码文档也很清楚，基于gromacs的二次开发也很容易。

Alan123 · 发表于 Post on 2020-1-31 20:43:40

sgc006357 发表于 2019-6-5 15:03
gromacs类比lammps好比于ios类比安卓。

你的这个类比厉害了，哈哈

gg302694005 · 发表于 Post on 2021-4-11 19:25:45

即将参加4月17号的分子动力学培训，期待！！！

kaier · 发表于 Post on 2022-11-22 19:13:11

sobereva 发表于 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切，生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟，只要有 ...

请问sob老师，gromacs可以做reaxff等相关的研究吗？老师在分子动力学培训课程可以讲一些reaxff相关内容吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-22 21:37:29

kaier 发表于 2022-11-22 19:13
请问sob老师，gromacs可以做reaxff等相关的研究吗？老师在分子动力学培训课程可以讲一些reaxff相关内容吗

GROMACS不支持reaxFF
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里讲力场的部分最后讲了一定reaxFF相关知识

kaier · 发表于 Post on 2022-11-25 11:33:53

sobereva 发表于 2022-11-22 21:37
GROMACS不支持reaxFF
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里讲力场的部分最后讲了一定reaxFF相关知识

希望sob老师可以在后续的分子动力学课程里面多讲一些reaxff，现在科研上用的很多，国内这方面培训也参差不齐

Hailu · 发表于 Post on 2023-11-8 13:37:38

sobereva 发表于 2019-5-24 03:39
“gromacs更偏向生物”这种说法不确切，生物体系只是gmx最擅长的问题类型之一。
gmx什么都能模拟，只要有 ...

老师觉得openMM和gromacs比哪个更好一些呢？我之前一直是在学习并使用gromacs。但公司有同事用openMM，似乎对有python基础的人更友好一点，但我也不敢妄下论断。老师有测试过openMM吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-8 15:11:58

Hailu 发表于 2023-11-8 13:37
老师觉得openMM和gromacs比哪个更好一些呢？我之前一直是在学习并使用gromacs。但公司有同事用openMM，似 ...

我不用OpenMM，至少对我来说没觉得有任何必要用
gromacs已经非常友好了。更何况现在gromacs也可以基于gmxapi用通过Python控制运行（虽然我不用）

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[综合交流] 以前针对lammps和gromacs的选择