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[辅助/分析程序] kisthelp计算反应速率常数的问题

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本帖最后由 jing-quan63 于 2019-5-27 15:52 编辑

大家好:
  最近参考帖子采用kisthelp计算反应速率常数,关于其中反应对称数部分存在以下疑惑:   1:帖子里输入反应坐标时,sober老师是采用的默认步长吗?比如我现在步长是1,那是不是每个点的间隔就是0.01?
  2:对于稍微复杂些的体系,怎么判断反应物及过渡态的手性异构数目,尤其是过渡态,本人非化学相关专业,只会判断比较明显的体系,有无文章参考。
  3:尽管阅读了帖子里关于旋转对称数的那篇文章,但在实际应用时,直接根据高斯输出文件的数据来判断,是否可靠?
   谢谢大家!



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发表于 Post on 2019-5-27 17:20:27 | 只看该作者 Only view this author
1 这个问题和反应对称数毫无直接关系。kisthelp程序里只有做CVT计算的时候才牵扯你说的
间隔大小无所谓。只是为了区分在反应坐标上谁前谁后

2 帖子里已经说了,看Theor Chem Account (2007) 118:813–826
要么就用我这个表格算,只要Gaussian做振动分析的时候判断对了点群,自己根本不需要考虑转动对称数,比用kisthelp省事得多
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html

3 你没说清楚你所谓的判断是怎么判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-27 17:53:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jing-quan63 于 2019-5-27 17:56 编辑
sobereva 发表于 2019-5-27 17:20
1 这个问题和反应对称数毫无直接关系。kisthelp程序里只有做CVT计算的时候才牵扯你说的
间隔大小无所谓。 ...

谢谢老师,我说的判断意思就是默认为高斯识别分子点群正确,直接采用输出文件中的转动对称数。另外您这个表格我之前就下载过,但是还是想做一下扁粉速率常数计算,比较担心反应路径简并度计算出错,尤其是手性异构数

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发表于 Post on 2019-5-27 19:07:28 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2019-5-27 17:53
谢谢老师,我说的判断意思就是默认为高斯识别分子点群正确,直接采用输出文件中的转动对称数。另外您这个 ...

用我的表格照样可以做CVT
自行把IRC附近几个点的自由能算出来,拿最大那个点当做计算自由能垒的结构照常用我的excel表格就完了,比用kisthelp还省事
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发表于 Post on 2019-7-24 23:47:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-27 17:20
1 这个问题和反应对称数毫无直接关系。kisthelp程序里只有做CVT计算的时候才牵扯你说的
间隔大小无所谓。 ...

老师请问我想估算不同温度下两个竞争反应的生成比例,我现在都是在298下模拟的,所以现在计算出来在这个温度的选择性,我现在想计算273k下两个竞争反应的生成比例,怎么得到呢?

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发表于 Post on 2019-7-25 21:15:26 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-7-24 23:47
老师请问我想估算不同温度下两个竞争反应的生成比例,我现在都是在298下模拟的,所以现在计算出来在这个 ...

计算273K下自由能热校正量,加到单点能上,得到273K的自由能,然后再代入公式计算比例
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发表于 Post on 2019-7-25 21:39:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-25 21:15
计算273K下自由能热校正量,加到单点能上,得到273K的自由能,然后再代入公式计算比例

老师请问273K下的热校正量用TST算吗?

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发表于 Post on 2019-7-25 21:53:06 | 只看该作者 Only view this author
liuyjhx 发表于 2019-7-25 21:39
老师请问273K下的热校正量用TST算吗?

TST是算k的,怎么可能算热力学校正量
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本帖最后由 liuyjhx 于 2019-7-26 08:17 编辑
sobereva 发表于 2019-7-25 21:53
TST是算k的,怎么可能算热力学校正量
明白谢谢

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发表于 Post on 2019-12-12 20:23:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-27 17:20
1 这个问题和反应对称数毫无直接关系。kisthelp程序里只有做CVT计算的时候才牵扯你说的
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老师,用您的哪个表格算隧道校正系数频率是带入的负值吗?

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发表于 Post on 2019-12-15 10:35:18 | 只看该作者 Only view this author
Luffy-D-M 发表于 2019-12-12 20:23
老师,用您的哪个表格算隧道校正系数频率是带入的负值吗?
那叫虚频
诸如2850i,就代入2850

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