求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题

naoki · 发表于 Post on 2019-6-22 01:13:55

wbn 发表于 2019-6-22 00:43
因为从原理上说，三个点才能确定一个坐标系。单个原子的话在球坐标系下是对称的，sdf没有意义呀。双原子 ...

谢谢师兄解答~

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-23 10:55:45

sobereva 发表于 2019-6-21 10:55
如果你用gmx spatial，中心分子应当冻住。要不然你之后还得修正轨迹

你的图很零碎，明显就是采样不足。 ...

老师，再向您请教一下，把中心分子冻结，然后这个体系的平衡和产生模拟时都没有进行控压，这对SDF的结果有影响吗？是不是在做SDF时，中心分子冻住就不需要控压了呢？

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-23 10:55:58

wbn 发表于 2019-6-22 00:49
对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件，它们是不同阶数smooth后的结果，看它们的文件名就知道哪个 ...

谢谢老师的指点

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-23 23:01:43

wbn 发表于 2019-6-22 00:49
对。如果你用了smooth的话会产生多个cube文件，它们是不同阶数smooth后的结果，看它们的文件名就知道哪个 ...

老师，对于这个4 partcle我还是不太理解，在Travis中对应的应该是Calculate SDF values in nm^-3 (n) or relative to uniform density (y)? [no] no吧？我打开一个s2.cube文件里面有很多数字，但是具体哪一个是和文献中的4对应的呢？还是说需要我们自己设置

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-24 02:35:48

晓滨MD 发表于 2019-6-23 10:55
老师，再向您请教一下，把中心分子冻结，然后这个体系的平衡和产生模拟时都没有进行控压，这对SDF的结果 ...

冻不冻和是否需要控压没直接关系
做冻住的MD之前，应当先通过NPT模拟把体系盒子维持在合理大小，然后再做NVT+freeze的动力学得到sdf

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-6-24 09:31:52

sobereva 发表于 2019-6-24 02:35
冻不冻和是否需要控压没直接关系
做冻住的MD之前，应当先通过NPT模拟把体系盒子维持在合理大小，然后再 ...

谢谢老师

wbn · 发表于 Post on 2019-6-26 00:56:05

晓滨MD 发表于 2019-6-23 23:01
老师，对于这个4 partcle我还是不太理解，在Travis中对应的应该是Calculate SDF values in nm^-3 (n) or ...

（particle nm−3）是单位， 3.2 和 4 分别是 DES−alcohol 和 1-butanol−DES 的isovalue 数值，在VMD里面设置

小和尚 · 发表于 Post on 2019-12-25 15:59:09

能请教一下怎么打开TRAVIS的操作界面吗？我跟着说明书弄了一会儿还是没有懂

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-12-26 10:55:04

小和尚发表于 2019-12-25 15:59
能请教一下怎么打开TRAVIS的操作界面吗？我跟着说明书弄了一会儿还是没有懂

travis -p 文件名.pdb 我是centos7.6的操作系统

小和尚 · 发表于 Post on 2019-12-27 09:27:41

晓滨MD 发表于 2019-12-26 10:55
travis -p 文件名.pdb 我是centos7.6的操作系统

非常感谢！！！

yixiyan · 发表于 Post on 2020-5-25 10:15:31

师兄，想问一下您是在packmol建模的时候就只用了1个薄荷醇和其他分子各20个吗，您说的将薄荷醇放在盒子中间冻住是不是用的packmol里面的命令将薄荷醇分子固定在盒子中间？

晓滨MD · 发表于 Post on 2020-6-7 14:11:08

yixiyan 发表于 2020-5-25 10:15
师兄，想问一下您是在packmol建模的时候就只用了1个薄荷醇和其他分子各20个吗，您说的将薄荷醇放在盒子中间 ...

我做SDF都是中心分子只放一个，其他分子按照电脑的计算能力越多越好。SDF的中心分子不需要在盒子中心固定，把模拟轨迹转换为.pdb格式，直接交给TRAVIS处理就可以

Regina · 发表于 Post on 2021-1-23 15:32:01

请问TRAVIS是不是只可以导入pdb文件进行分析，我想用lammps导出的轨迹文件算偶极矩，但是我用了很多方法倒入轨迹文件到TRAVIS软件，但是我发现只可以用VMD打开轨迹文件然后保存模型原子坐标导入TRAVIS，但是计算偶极矩需要原子电荷数据，我发现pdb文件只有坐标，请问您计算过偶极矩变化吗，是怎么计算偶极矩变化的，希望您能回答我的问题，不胜感激，万分感谢

adong · 发表于 Post on 2021-5-11 22:52:26

本帖最后由 adong 于 2021-5-11 23:01 编辑

Regina 发表于 2021-1-23 15:32
请问TRAVIS是不是只可以导入pdb文件进行分析，我想用lammps导出的轨迹文件算偶极矩，但是我用了很多方法倒 ...

adong · 发表于 Post on 2021-5-11 23:02:25

老师，关于spatial命令想请教两个问题：1. 中心分子只能是一个分子吗？如果是，模拟盒子中，中心分子是只能放一个中心分子去模拟吗？还是可以放多个然后选择其中任意一个？ 2. 被统计的目标分子直接用分子的残基名所指向的组号就可以，还是把要考察的分子中的原子用 ‘or’ 给重新组合起来？

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