求助 GMX跑完模拟用TRAVIS做空间分布函数的问题

晓滨MD

adong 发表于 2021-5-11 23:02
老师，关于spatial命令想请教两个问题：1. 中心分子只能是一个分子吗？如果是，模拟盒子中，中心分子是只能 ...

1.我的习惯是中心分子只放一个2.如果想要区分中心分子和被统计分子，通过残基名区分就可以，但是如果你用travis去计算SDF就不要区分，它会根据分子式区分

adong

晓滨MD 发表于 2021-5-17 09:37
1.我的习惯是中心分子只放一个2.如果想要区分中心分子和被统计分子，通过残基名区分就可以，但是如果你用 ...

非常感谢

angervlf

wbn 发表于 2019-6-21 02:09
嗯，这样是可以的。但是这样的话在一帧当中好像只能统计所有阴离子围绕某一个阳离子的分布，这样效率太低 ...

请问travis怎么做所有阴离子围绕所有阳离子的分布？比如我先统计阴离子围绕阳离子。发现默认情况下我只需要选择阳离子就可以了，但其实好像打开advanced之后，会发现它默认选择的是第一个阳离子，打开advanced会让你选择第几个阳离子。并不是说对所有的阳离子都做统计。