计算conical intersection时的报错该如何解决

Abandon-fmt

仿照Exploring-chemistry-with-electric-structure-methods 第二版第九章的Advanced Exercise 9.6计算conical intersection
在计算最后一步的时候遇到了很奇怪的报错
输入文件如下：
%mem=20GB
%nprocshared=32
%chk=4.chk
%oldchk=3.chk
#p CAS(10,10,NRoot=2)/def2TZVP Opt=conical Nosymm iop(1/8=5) guess=read geom=check

4

0 1

0.5 0.5

log文件最后20行信息如下：
  Final State Averaged  Density Matrix
                1             2             3             4             5
      1  0.200000D+01
      2  0.000000D+00  0.200000D+01
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
      4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
      5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.100000D+01
      6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
                6             7             8             9            10
      6  0.100000D+01
      7  0.000000D+00  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
Erroneous write. Write -1 instead of 1906968.
fd = 4
orig len = 1907160 left = 1906968
g_write



而且算得异常缓慢，59k算了六个小时
请问各位大神，这个错误是什么情况？？

zjxitcc

“遇到了很奇怪的报错”，不奇怪，这属于常见报错，先搜一下就不用发帖了。g_write是临时文件目录被写满了。

iop(1/8=5)可以用关键词maxstep=5写在opt括号里来表示，就不要用iop了。

Abandon-fmt

zjxitcc 发表于 2019-7-9 09:09
“遇到了很奇怪的报错”，不奇怪，这属于常见报错，先搜一下就不用发帖了。g_write是临时文件目录被写满了 ...

谢谢老师！关键词搜错了，以后一定先搜全咯~

Abandon-fmt

zjxitcc 发表于 2019-7-9 09:09
“遇到了很奇怪的报错”，不奇怪，这属于常见报错，先搜一下就不用发帖了。g_write是临时文件目录被写满了 ...

请问老师，怎么找临时文件的目录？

zjxitcc

Abandon-fmt 发表于 2019-7-10 14:23
请问老师，怎么找临时文件的目录？

echo $GAUSS_SCRDIR

Abandon-fmt

zjxitcc 发表于 2019-7-10 14:34
echo $GAUSS_SCRDIR

谢谢老师！

Abandon-fmt

请问老师，这一步我跑了三天，结果只有1M，log文件的信息是这样的：
  Final State Averaged  Density Matrix
                1             2             3             4             5
      1  0.200000D+01
      2  0.000000D+00  0.200000D+01
      3  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
      4  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.200000D+01
      5  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.100000D+01
      6  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      7  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
                6             7             8             9            10
      6  0.100000D+01
      7  0.000000D+00  0.000000D+00
      8  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
      9  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
     10  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00  0.000000D+00
MCSCF converged.
Leave Link  510 at Sun Jul 21 13:51:14 2019, MaxMem=  2684354560 cpu:         4014075.7 elap:          254992.1
(Enter /gpfs01/home/xycui/software/g16/l801.exe)
Range of M.O.s used for correlation:     1   690
NBasis=   690 NAE=    70 NBE=    70 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=    690 NOA=    70 NOB=    70 NVA=   620 NVB=   620

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.54704100D+02

Leave Link  801 at Sun Jul 21 13:51:16 2019, MaxMem=  2684354560 cpu:               4.5 elap:               0.4
(Enter /gpfs01/home/xycui/software/g16/l1101.exe)
Not using compressed storage, NAtomX=    39.
Will process     39 centers per pass.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   40470 NPrTT=  122244 LenC2=   35547 LenP2D=   77114.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
Number of processors reduced to   8 by ecpmxn.
ECPInt:  NShTT=   40470 NPrTT=  122244 LenC2=   35547 LenP2D=   77114.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
Leave Link 1101 at Sun Jul 21 13:51:31 2019, MaxMem=  2684354560 cpu:             212.3 elap:              13.5
(Enter /gpfs01/home/xycui/software/g16/l1003.exe)
Gradient Difference/Derivative Coupling Calculation
NO. OF ORBITALS         =690      NO. OF CORE-ORBITALS    = 65
NO. OF VALENCE-ORBITALS = 10      NO. OF VIRTUAL-ORBITALS =615
One call to fofjk will do it.
FoFJK:  IHMeth= 0 ICntrl=    3500 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent=           0 FoldK=F
IRaf=         0 NMat=       7 IRICut=       1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0 IDoP0=0 IntGTp=1.
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=      3500 IOpCl=  1 I1Cent=           0 NGrid=           0
         NMat0=    7 NMatS0=      7 NMatT0=    0 NMatD0=    7 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Symmetry not used in FoFCou.
CoulSu:  requested number of processors reduced to:   5 ShMem   1 Linda.
JobTyp= 0 Pass  1:  I=   1 to  10  IAt=   2 to  30.

我的输入文件是：
%mem=20GB
%nprocshared=32
%chk=4.chk
%oldchk=3.chk
#p CAS(10,10,NRoot=2)/def2TZVP Opt=conical Nosymm iop(1/8=5) guess=read geom=check

4

0 1

0.5 0.5

我查了Symmetry not used in FoFCou.这个报错，可能是机器的问题，但是我已经换了一个机子了
请问还有什么合适的解决办法么？还是说我的关键词写的不对？

zjxitcc

Abandon-fmt 发表于 2019-7-22 13:43
请问老师，这一步我跑了三天，结果只有1M，log文件的信息是这样的：
  Final State Averaged  Density Mat ...

Symmetry not used in FoFCou.不是报错···不是所有写着not的话都是报错
32个核，SA-CASSCF(10,10)/def2TZVP，这级别，内存100 GB以上比较合适，20核像用小刀砍大树。
既然你说只是想做个练习，先用书上的基组做出来再说，何必直接上def2TZVP。然后换个def2SVP之类的基组再做，做出结果当 初猜 给def2TZVP用。

Abandon-fmt

zjxitcc 发表于 2019-7-22 13:53
Symmetry not used in FoFCou.不是报错···不是所有写着not的话都是报错
32个核，SA-CASSCF(10,10) ...

谢谢老师，我现在是仿照这个例子在计算别的体系，已经是def2SVP的结果作为def2TZVP的初猜在进行的，这个任务跑了三天，但是log文件只有61k，文件附在下面，老师您如果有空的话，能否告知一下应该怎么看具体哪里出了问题呢？（给个思路也行）再次万分感谢老师！

zjxitcc

Abandon-fmt 发表于 2019-7-22 15:12
谢谢老师，我现在是仿照这个例子在计算别的体系，已经是def2SVP的结果作为def2TZVP的初猜在进行的，这个 ...

输出文件看着挺正常，就是你的基组太大了，相对于SA-CASSCF这种高级方法而言计算量太大了。log文件末尾显示由于核数过多，内存过少，自动降低并行核数来使内存满足限制。所以你要么内存改大一点，到大内存机器上跑（200GB为佳，100GB凑合），要么改用Molpro或者OpenMolcas期待他们更专业吧···

Abandon-fmt

zjxitcc 发表于 2019-7-22 15:35
输出文件看着挺正常，就是你的基组太大了，相对于SA-CASSCF这种高级方法而言计算量太大了。log文件末尾显 ...

真的很谢谢老师的指导！学校的服务器内存是128G的，我先试试把基组改小再跑一次！

pwzhou

Abandon-fmt 发表于 2019-7-22 13:43
请问老师，这一步我跑了三天，结果只有1M，log文件的信息是这样的：
  Final State Averaged  Density Mat ...

你的活化空间肯定有问题，除了HOMO和LUMO的占据数是1，其他占据轨道的占据数是2，非占据轨道的占据数是0，说明这些轨道都不应该包含在活化空间里面，检查活化空间是否合理的一个标准就是占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据数不能接近0

Abandon-fmt

pwzhou 发表于 2019-7-22 21:34
你的活化空间肯定有问题，除了HOMO和LUMO的占据数是1，其他占据轨道的占据数是2，非占据轨道的占据数是0 ...

老师不好意思，没大看懂“检查活化空间是否合理的一个标准就是占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据数不能接近0”这句话，为什么活化空间占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据数不能接近0？
还有个问题，怎么判断占据轨道占据数和非占据轨道占据数？

再次感谢老师的指导！

pwzhou

Abandon-fmt 发表于 2019-7-24 08:34
老师不好意思，没大看懂“检查活化空间是否合理的一个标准就是占据轨道占据数不能接近2，非占据轨道占据 ...

看上面图片的描述，第一副最下面和第二页最上面。

Abandon-fmt

pwzhou 发表于 2019-7-25 09:39
看上面图片的描述，第一副最下面和第二页最上面。

谢谢老师，请问这本书是Exploring chemistry with electric structure methods，第二版么？