用oniom算分子的三线态能级比单分子算的三线态能级高，该如何处理

暖空

让你变成回忆 发表于 2019-11-12 17:10
应该是没问题的。

您好。
还有一个问题，我用ONIOM优化S0的时候，RESP电荷是基于优化的单分子的S0构型计算的。如果再继续用ONIOM优化S1，这时候的RESP电荷是不是要基于优化好的单分子的S1构型计算呢？

让你变成回忆

暖空 发表于 2019-11-13 17:22
您好。
还有一个问题，我用ONIOM优化S0的时候，RESP电荷是基于优化的单分子的S0构型计算的。如果再继续 ...

我感觉应该是不需要这么麻烦的

小范范1989

暖空 发表于 2019-11-13 17:22
您好。
还有一个问题，我用ONIOM优化S0的时候，RESP电荷是基于优化的单分子的S0构型计算的。如果再继续 ...

师妹，那天看你消息没理解啥意思。看你这里的回复，应该明白点了。就是做ONIOM计算的时候，采用RESP是吧。
你会动力学，应该这个RESP和动力学那个差不多，应该不需要基于S1来做，都采用一个就行。
楼上对这一块很透彻，多咨询他@让你变成回忆  

暖空

让你变成回忆 发表于 2019-11-13 18:45
我感觉应该是不需要这么麻烦的

我之前想着用基态的，但是觉得激发态的电子态变了，原子的带电情况应该也要跟着变，我基础不太行，所以问题比较多哈

暖空

小范范1989 发表于 2019-11-13 19:02
师妹，那天看你消息没理解啥意思。看你这里的回复，应该明白点了。就是做ONIOM计算的时候，采用RESP是吧 ...

恩恩，看帖子sob老师说qeq电荷对静电势的重现性很差，所以就想着试试用RESP电荷。动力学我跑了半截，一直报错，估计是建模出问题了，后来就没弄啦。我先试试基态的，谢谢师兄

让你变成回忆

暖空 发表于 2019-11-13 19:14
我之前想着用基态的，但是觉得激发态的电子态变了，原子的带电情况应该也要跟着变，我基础不太行，所以问 ...

我感觉 如果你仅仅是对中心分子进行激发态计算，那么是不是可以把中心分子的电荷设为激发态时候的，而环境分子设为基态时候的？
我感觉这里的影响不会很大。

暖空

让你变成回忆 发表于 2019-11-13 19:26
我感觉 如果你仅仅是对中心分子进行激发态计算，那么是不是可以把中心分子的电荷设为激发态时候的，而环 ...

恩恩，是只对中心分子激发。通过您的回复我突然想到，sob老师在一个回复中说如果不用分子力场的话设定的原子电荷就不会被利用到。我的理解是，这样的话ONIOM计算中对QM区域指定的电荷其实没啥用，只有MM区域指定的电荷在计算的时候会用到，而MM区又被冻结了，基态和激发态的构型都一样，所以指定MM区域的电荷都用基态的构型就行了。不知道我的理解对不对，还望指教哈
sob老师回答的那个帖子我找不到了，我当时记了笔记：
sob:
你没必要去除中心分子的电荷，你不用分子力场来做的话原子电荷设定就不会被利用而已，不碍事。

让你变成回忆

暖空 发表于 2019-11-13 21:54
恩恩，是只对中心分子激发。通过您的回复我突然想到，sob老师在一个回复中说如果不用分子力场的话设定的 ...

肯定也需要对QM区域制定电荷呀，QM区域和MM区域的静电相互作用得通过电荷来反应。
其实如果初始指定了电荷（包括QM和MM部分），这样也只会考虑分子间静电相互作用，虽然冻结了MM部分（即MM的原子核不发生改变），但是从自洽的角度来讲，即使不改变核的位置，但是核的电荷量也是会有改变的，而ONIOM做的时候这一部分能量的改变（通常可以认为是诱导相互作用）是无法考虑的。有些文献中这样做过，但是也是自己额外写了代码的。sob老师的意思是如果是仅仅对QM部分做计算，即便指定了原子电荷也是没有意义的，而并不是说QM区域不需要指定原子电荷。

暖空

让你变成回忆 发表于 2019-11-13 22:33
肯定也需要对QM区域制定电荷呀，QM区域和MM区域的静电相互作用得通过电荷来反应。
其实如果初始指定了电 ...

恩恩，明白啦。果然我又理解错sob老师的意思了，谢谢指点！