OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具

ghifi37 · 发表于 Post on 2019-12-6 19:03:20

本帖最后由 ghifi37 于 2019-12-6 19:08 编辑

sobereva 发表于 2019-12-6 17:46
之前的有点bug，我已经在OfakeG主页上更新了1.0.5版解决了这个问题

牛，实在是牛，速度太快了！问题解决了，大赞一个！

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-23 23:51:55

在OfakeG官网上更新了1.0.6版，解决了老版本不兼容recalc_hess关键词的问题

a18236822855 · 发表于 Post on 2020-9-13 00:12:05

用OfakeG1.06转化ORCA优化结构的输出文件optimization是灰色没法点

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-13 05:33:13

a18236822855 发表于 2020-9-13 00:12
用OfakeG1.06转化ORCA优化结构的输出文件optimization是灰色没法点

上传压缩后的输出文件
并且确保没用什么奇怪的关键词

a18236822855 · 发表于 Post on 2020-9-13 08:09:30

本帖最后由 a18236822855 于 2020-9-13 08:11 编辑

这是我的ORCA输出文件，SCF收敛结构不收敛，我想用OfakeG转成GV可视看一下是不是震荡导致的，但是optimization是灰色的点击不了

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-14 07:02:51

a18236822855 发表于 2020-9-13 08:09
这是我的ORCA输出文件，SCF收敛结构不收敛，我想用OfakeG转成GV可视看一下是不是震荡导致的，但是optimizat ...

我用OfakeG 1.0.6可以正常转换（输出文件见附件），gview 6也可以正常打开

2_fake.rar (10.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

a18236822855 · 发表于 Post on 2020-9-14 08:28:32

本帖最后由 a18236822855 于 2020-9-14 08:38 编辑

sobereva 发表于 2020-9-14 07:02
我用OfakeG 1.0.6可以正常转换（输出文件见附件），gview 6也可以正常打开

sob老师我是想说转换完之后的文件没法在GV看能量的走势，就是那个optimization那个选项没法点。我的ORCA输入文件使用Multiwfn得到的，是不是那三个关键词的影响导致的哪？

a18236822855 · 发表于 Post on 2020-9-14 13:17:55

不好意思sob老师，是我的原因，我用gv在载入文件的时候没有设置好，不好意思占用大家的资源了

snljty · 发表于 Post on 2020-12-12 10:38:49

本帖最后由 snljty 于 2020-12-14 00:04 编辑

卢老师，您好，我有两个opt freq的文件关键词完全一样，只是初始结构有小差别。一个转换成功，一个优化部分转化成功，频率部分读取失败直接退出。手动对比了两个文件，没有看出来格式上有什么区别。麻烦您有时间看一下可以么？谢谢。ORCA 4.2.1，OFakeG是刚下载的最后版本。

file.zip (69.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-13 05:08:44

snljty 发表于 2020-12-12 10:38
卢老师，您好，我有两个opt freq的文件关键词完全一样，只是初始结构有小差别。一个转换成功，一个优化部分 ...

这是ORCA诡异的处理规则所致。

S4N4_opt_18.out里的振动从7号开始是实频，因此OfakeG把>=7号模式都考虑
0:       0.00 cm**-1
1:       0.00 cm**-1
2:       0.00 cm**-1
3:       0.00 cm**-1
4:       0.00 cm**-1
5:       0.00 cm**-1
6:    -102.74 cm**-1 ***imaginary mode***
7:       0.93 cm**-1
8:       70.73 cm**-1
9:    139.60 cm**-1
  10:    141.75 cm**-1
...

然而，在输出红外强度的地方，居然ORCA是从8号开始输出：
Mode freq (cm**-1) T**2       TX       TY       TZ
-------------------------------------------------------------------
8:       70.73 0.000000  (  0.000355  -0.000001 0.000021)
9:    139.60 24.618388  (  4.961692  -0.000001 0.000066)
  10:    141.75 0.000000  ( -0.000013  -0.000158  -0.000008)
  11:    176.29 0.000000  (  0.000006 0.000000 0.000229)
  12:    269.79 0.000000  ( -0.000011  -0.000008  -0.000008)
  13:    402.61 91.797275  (  0.000002 0.001008 9.581089)
  14:    406.37 69.250871  ( -0.000000 8.321711  -0.001058)
...

估计ORCA是有什么内部规则，对于特别小频率的模式，就不输出红外强度了。这导致OfakeG在读红外强度的地方，读不到相应数目的行，于是内部出错。

解决办法就是自己在红外强度输出的地方人为添加7号模式的信息，比如把8号模式的那行在前面复制一次，具体数值随便填

snljty · 发表于 Post on 2020-12-13 09:13:23

sobereva 发表于 2020-12-13 05:08
这是ORCA诡异的处理规则所致。

S4N4_opt_18.out里的振动从7号开始是实频，因此OfakeG把>=7号模式都考 ...

原来如此，谢谢老师！

dawnli · 发表于 Post on 2021-1-13 10:57:28

本帖最后由 dawnli 于 2021-1-13 11:03 编辑

sob老师您好，我用orca优化后得到了out文件（附件）但是利用ofakeg得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，怀疑是因为ORCA输出文件的编码是Unicode而非ASCII/ANSI造成的，我用Ultraedit打开，选File - Conversions - Unicode to ASCII，然后保存文件，但是还是不行，不知道是什么原因，劳烦sob老师解答疑问，谢谢老师~

snljty · 发表于 Post on 2021-1-13 11:44:55

dawnli 发表于 2021-1-13 10:57
sob老师您好，我用orca优化后得到了out文件（附件）但是利用ofakeg得到的_fake后缀的文件里只有几行信息， ...

这里面奇怪的字符太多，提示是Non-ISO extended-ASCII text, with CR, NEL line terminators。能不能说一下你是在什么环境下算的？（Windows/Linux/Mac，系统语言是什么，LANG环境变量（如果有的话）是什么，在什么终端下算的？(Linux Terminal/cmd/Powershell/MinGW prompt/Windows Terminal/cmder...)）...你转完的这个编码我sublime和vim都无法正常打开。chardet也给不出实际有价值的信息。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-13 12:31:02

dawnli 发表于 2021-1-13 10:57
sob老师您好，我用orca优化后得到了out文件（附件）但是利用ofakeg得到的_fake后缀的文件里只有几行信息， ...

你的a.out我用文本编辑器打开都没法正常看到内容，OFakeG自然也处理不了

dawnli · 发表于 Post on 2021-1-13 12:41:20

snljty 发表于 2021-1-13 11:44
这里面奇怪的字符太多，提示是Non-ISO extended-ASCII text, with CR, NEL line terminators。能不能说一 ...

您好，我是在Windows下用powershell算的，参考的这个https://www.bilibili.com/video/av59599938，这个视频中1：30的方法，得到的out文件，然后用ultraedit 转换的格式。

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[ORCA] OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具

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