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楼主 Author: sobereva
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[ORCA] OfakeG:使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具

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发表于 Post on 2021-1-14 23:00:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-13 12:31
你的a.out我用文本编辑器打开都没法正常看到内容,OFakeG自然也处理不了

sob老师,您好,我把模型重新修改了一下,又算了一遍,发现还是出现上次的问题(得到的_fake后缀的文件里只有几行信息),您能帮我看下问题出在哪里吗?周围都没做dft计算的,实在是麻烦您了~
(ps:参照您这篇文章做的吸附能计算http://sobereva.com/540,附件中“巯基改性金属有机框(HKUST-1)架吸附汞模型”为构建的分子模型,附件“1”为orca计算完成后的文件,其中的1.out为对应文中complex_opt.out文件,之前怀疑是因为可能是文中提到的“Powershell是Unicode编码,需要改成ASCII”,我担心是我更改编码的问题,这次上传的附件还没有改成 ASCII,恳请sob老师帮忙解答一下,万分感谢~)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-15 07:48:42 | 只看该作者 Only view this author
dawnli 发表于 2021-1-14 23:00
sob老师,您好,我把模型重新修改了一下,又算了一遍,发现还是出现上次的问题(得到的_fake后缀的文件里 ...

不要用Powershell。用cmd或cmder
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发表于 Post on 2021-1-20 19:56:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师您好。OfakeG是不是不支持ORCA的NEB-TS+Freq任务?生成的高斯输出文件里没有优化过渡态的能量变化,只有频率。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-22 12:22:13 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2021-1-20 19:56
sobereva老师您好。OfakeG是不是不支持ORCA的NEB-TS+Freq任务?生成的高斯输出文件里没有优化过渡态的能量 ...

不支持
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-2 05:33:48 | 只看该作者 Only view this author
更新了1.0.7版,兼容了ORCA 5.0
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发表于 Post on 2021-8-2 18:42:10 | 只看该作者 Only view this author
社长威武~

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发表于 Post on 2021-8-3 12:19:53 | 只看该作者 Only view this author
话说gau_orca接口应该也不兼容orca5了吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-6 08:16:44 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-8-3 12:19
话说gau_orca接口应该也不兼容orca5了吧

没测试。如果有人报告不兼容我到时候更新
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发表于 Post on 2021-8-9 07:52:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-15 07:48
不要用Powershell。用cmd或cmder

那么为啥不用windows terminal呢,杂合linux和win的习惯,不管是powershell还是wsl都很舒服

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-9 18:34:40 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-8-9 07:52
那么为啥不用windows terminal呢,杂合linux和win的习惯,不管是powershell还是wsl都很舒服

有cmd和cmder就足够了
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发表于 Post on 2021-9-2 10:59:14 | 只看该作者 Only view this author
社长好,我在用OfakeG_1.0.7的时候有个很奇怪的现象:输入文件的关键词都一样,只是算的结构略有差别,但是No文件夹里的fake.out文件不能看到频率(GV频率地方显示灰色)而YES文件里面的就可以看到。我把这两个文件的原始.out文件和我转换后的fake.out文件都打包上传了,麻烦您给看看。两个文件的输入文件关键词都一样。

! r2SCAN-3c optTS freq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs   4 end
%geom Calc_Hess true end
* xyz   0   1

YES.zip

191.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

可以看到频率的文件

No.zip

535.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

看不到频率的文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-2 22:20:06 | 只看该作者 Only view this author
1.0.7版OfakeG对ORCA 5的振动分析数据提取存在问题,如果ORCA算了多次Hessian,OfakeG提取的红外强度是第一次的而不是最后一次的。今日更新了1.0.8版解决了这个问题,也同时解决了个别情况下没法正常转换的问题。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-2 22:20:30 | 只看该作者 Only view this author
ljc050512 发表于 2021-9-2 10:59
社长好,我在用OfakeG_1.0.7的时候有个很奇怪的现象:输入文件的关键词都一样,只是算的结构略有差别,但是 ...

已更新1.0.8版解决了这个问题
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发表于 Post on 2021-9-4 07:46:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-2 22:20
已更新1.0.8版解决了这个问题

感谢社长,社长V5~

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发表于 Post on 2022-1-8 10:25:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,使用OfakeG转换后Gview显示报错,请问是什么原因,multiwfn显示无虚频。

QQ截图20220108101421.png (12.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 86)

QQ截图20220108101421.png

4BrPA_opt.out

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orca输出文件

4BrPA_opt_fake.out

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OfakeG转换文件

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