OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-21 00:40:44

有人在论坛里接二连三非理性乱喷此程序，已删帖+暂时性禁言处理。下面文字对OfakeG的学术合理性上已经交代很清楚了（已加入此文第一节末尾），没有可补充的。如果我再发现在本论坛有脑残非理性发言攻击OfakeG程序的，将直接删帖，没完没了胡乱找茬的将直接封号，某些人自重！

OfakeG的学术合理性声明：本程序的开发灵感来自于Grimme的xtb程序。xtb程序做振动分析的时候会自动输出一个伪造Gaussian的振动分析输出文件，目的是为了让用户看振动模式方便；xtb程序为了兼容GSM也官方支持伪造ORCA的输出文件。大牛Grimme直接用的就是fake这个词。显然令A程序输出B程序的格式在学术界是非常正常的事情。Gaussian的输出格式是公开的而非加密的，GaussView能读入的格式也相当于是公开的，本文的OfakeG程序亦没有对GaussView本身做任何篡改，明显从各个角度上本程序的开发是完全学术正当的。本程序所做的事仅仅是将ORCA的输出信息转化成Gaussian的格式而已，文中所谓“伪造”只不过是常规的文件格式转换而已，和数据层面的“造假”有天壤之别，转换出的文件里也根本没有任何文字体现这文件是靠Gaussian程序算出来的。此程序的开发目的是给广大科研工作者提供个便利，开发/使用此程序不涉及任何侵权和学术不端（除非你利用OfakeG之后，把ORCA算的结果说成是Gaussian算的）。此程序愿意用就用，不爱用的、缺乏对计算化学领域程序状况基本认识的、怀有恶意的、有特殊利益驱动的人以及杠精，不要强词夺理在学术合理性上乱喷此程序。

exity · 发表于 Post on 2019-7-24 08:33:27

社长，我的OfakeG转化失败，麻烦请社长看一下是否是因为ORCA版本的问题，我用的4.1.0版本ORCA.

MCPA.zip (159.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-7-24 08:36:41

sobereva 发表于 2019-7-21 00:40
有人在论坛里非理性喷此程序，已删帖处理。下面文字对OfakeG的学术合理性上已经交代很清楚了（已加入此文第 ...

社长，您写的大部分程序都是开源的。但是OfakeG不开源，是出于上述考虑吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-24 18:31:44

让你变成回忆发表于 2019-7-24 08:36
社长，您写的大部分程序都是开源的。但是OfakeG不开源，是出于上述考虑吗？

不是我不想开源，是现在小人太多，代码暴露出来，指不定有些人会干出不好的事，或者不尊重原开发者劳动的事。如果需要源代码，可以免费直接向我索取。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-24 18:33:10

exity 发表于 2019-7-24 08:33
社长，我的OfakeG转化失败，麻烦请社长看一下是否是因为ORCA版本的问题，我用的4.1.0版本ORCA.

群里已经回了，是你的文件编码问题

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-28 19:09:37

关于文本编码是unicode导致OfakeG无法处理的问题，我专门在此文中新加了以下文字

如果OfakeG处理你的文件时崩溃，且得到的_fake后缀的文件里只有几行信息，很有可能是因为你的ORCA输出文件的编码是Unicode而非ASCII/ANSI造成的，OfakeG是处理不了前者的情况的，是什么编码和你用的终端有关系。比如Windows的cmd终端重定向输出的文件是ASCII编码的，而Powershell是Unicode编码的。对于Unicode编码的输出文件，你可以用比如Ultraedit打开，选File - Conversions - Unicode to ASCII，然后保存文件，之后再用OFakeG处理。如果你平时习惯用Powershell且希望输出的文件直接就是ascii编码，可以用诸如这样的命令运行test.inp得到test.out：D:\study\orca\orca test.inp | out-file test.out -encoding ascii
如果是Win10，还可以直接指定默认的重定向的编码，详见https://stackoverflow.com/questi ... t-encoding-to-utf-8。

欢乐多 · 发表于 Post on 2019-8-8 10:00:18

老师，啥时候能支持TDDFT.out格式的转换啊？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-9 03:51:08

欢乐多发表于 2019-8-8 10:00
老师，啥时候能支持TDDFT.out格式的转换啊？

做这个转换没有任何实际意义。Multiwfn直接就能基于ORCA的TDDFT输出信息绘制各种电子光谱和做电子激发分析

另外，原理上也不可能转换，因为ORCA目前的版本不给出组态系数，而给出的是组态贡献

lonemen · 发表于 Post on 2019-8-9 11:14:53

社长威武！

ezez · 发表于 Post on 2019-8-11 11:35:22

社长简直威武威武威武～

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-13 07:45:26

OfakeG已发布1.0.2版，可在此下载http://sobereva.com/soft/OfakeG/。此版本完美支持了近期发布的ORCA 4.2版

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-23 03:30:41

在OfakeG主页更新了1.0.3版，支持了NumFreq任务的输出文件（以前版本不兼容）

Jasminer · 发表于 Post on 2019-10-8 09:03:19

sobereva 发表于 2019-9-23 03:30
在OfakeG主页更新了1.0.3版，支持了NumFreq任务的输出文件（以前版本不兼容）

其实原来用来处理numfreq结果，倒没发现不兼容。
但目前还有个情况，就是对于calc_hess、recalc_hess的opt和freq连用的任务，最后输出的是第一次计算hess时输出的频率，而非最后的freq；而且此时opt步骤的读入输出也有问题，好像是会在第二次计算hess时结束，也就是calc_hess还可以用，recalc_hess就不能输出完整步骤了。
不知sob社长是否还有兴趣继续改进

ghifi37 · 发表于 Post on 2019-12-6 16:46:50

请教一下，我用ORCA算了个有机分子加原子，14分钟算完了结构优化。
使用OfakeG转换时，竟然转换了超过1亿步还没完，我想应该是有点啥问题，杀了重试还是一样。
请社长麻烦帮看一下，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-6 17:46:41

之前的有点bug，我已经在OfakeG主页上更新了1.0.5版解决了这个问题

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[ORCA] OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具

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