计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 28727|回复 Reply: 23
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] Gaussian 16 C.01已发布

[复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112363

管理员

公社社长

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
详见:http://gaussian.com/relnotes/

G16 C.01相对于G16 B.01,我感觉没有什么太大改进,值得一提的也就是以下几点

Utilities can now take the -m command-line argument to specify the amount of memory available to the utility. For example: formchk -m=1gb myfile
即使用formchk、cubegen的时候,当处理大fch文件时,不是非得用GAUSS_MEMDEF环境变量才能指定可用内存量上限,现在用-m也可以指定了

V100 support is new with [REV C]
支持了更新的GPU加速计算,但是根据之前的官方测试数据看,G16的GPU加速基本没性价比可言(相对于Terachem来说)

[REV C] NBO version 7 is supported. There are new options to the Population keyword: Pop=NPA7, Pop=NBO7, Pop=NBO7Read and Pop=NBO7Delete request Natural Population Analysis, full Natural Bond Orbital Analysis, full NBO with NBO input read from the input stream and NBO analysis of the effects of deletion of some interactions (respectively), using NBO7 via the external interface. In addition, Pop=NEDA is used to perform Natural Energy Decomposition Analysis. The analysis uses the same input information about fragments as counterpoise calculations. Deletions and optimizations with deletions now work with either NBO6 or NBO7.
全面支持了NBO7,可以通过相应关键词直接挂接NBO7使用。但说实在的,NBO7相对于NBO6,实用性上改进非常有限,所以意义其实也不大,也就是NRT的算法得到了改进。这回引入了pop=NEDA关键词,可以直接调用NBO7做NEDA能量分解,看似弥补了Gaussian能量分解上的空白,但不过我也不觉得这有什么意义,因为NEDA本身是个非主流的能量分解方法,能量项定义的方式比较古怪,而且免费的PSI4的SAPT做得已经很成熟了(参看http://sobereva.com/469,以及http://sobereva.com/252的能量分解部分),GAMESS-US的LMO-EDA能量分解又是免费的,大体系能量分解还有Multiwfn的基于力场的能量分解可用(参看http://sobereva.com/442),所以在可遇见的未来,NEDA并不会流行。Gaussian开发者真正应该做的是直接原生支持一个类Morokuma的能量分解方法,这对开发者来说理应不是特别困难,但又是不少用户急需的功能。

Information on multidimensional relaxed scans is now stored on the formatted checkpoint file with details about the axes, rather than flattened, so these can be displayed in GaussView and other programs.
原先能面扫描任务只能用gview打开输出文件才能看,可能这回打开chk文件也能看了。

[REV C] The RESP (restrained electrostatic potential) constraint can be included in computing potential-derived charges. For example, Pop=(MK,Resp=N) applies a weight of N x 10-6 Hartrees to the squared charges. Other electrostatic potential-derived charge schemes also accept this option (e.g., CHelp, HLY). N defaults to 2.
外行人看了这个,可能觉得Gaussian支持了适合分子动力学模拟的RESP电荷计算了,觉得欣喜,其实完全不是这样。一般意义上的、适合分子动力学的真正的RESP电荷怎么算在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)里做了详细介绍,读者会看到计算RESP电荷相对于MK等普通拟合静电势电荷的过程绝不仅仅是引入一个惩罚函数这么简单,而C.01只不过引入了惩罚函数,这无异于NWChem、CP2K程序实现的那种所谓的RESP电荷,其实根本不适合柔性分子的分子动力学研究目的。

PS:给我的感觉,如今ORCA版本增加0.1带来的新功能,就能顶上Gaussian发布一个大版本(如G09->G16)的程度。但对于主流用户群体,ORCA要想超过Gaussian,还很遥远,至少得十年。

评分 Rate

参与人数
Participants 8
eV +34 收起 理由
Reason
葱葱cong + 4 谢谢
dio. + 3 谢谢分享
Tanmin + 4 赞!
zsu007 + 5 谢谢分享
drkiwi + 5
ezez + 5 赞!
Shine剪水 + 3 就像后进生的十分和拔尖生的一分
fallleave + 5 不明觉厉

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

202

帖子

0

威望

802

eV
积分
1004

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2019-7-26 09:34:47 | 只看该作者 Only view this author
嗯,一直在用G09,没钱升级

161

帖子

0

威望

2635

eV
积分
2796

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2019-7-26 17:40:09 | 只看该作者 Only view this author
有没有个b的出来给大家玩玩啊

1043

帖子

0

威望

4106

eV
积分
5149

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2019-7-27 23:32:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 granvia 于 2019-7-28 01:12 编辑

NBO7不必需要这个更新来支持,在老版本G16中用NBO6Read关键词就能直接调已安装好的NBO7程序。

不知这个更新是否修复了SCF伪收敛也报正常结束的问题,以及这个bug(http://bbs.keinsci.com/thread-11909-1-1.html)? 如果这些问题都解决了,可以考虑升级(好像要4000块RMB)。

286

帖子

0

威望

2679

eV
积分
2965

Level 5 (御坂)

计算化学路人甲

5#
发表于 Post on 2019-7-28 21:57:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Novice 于 2019-8-8 16:57 编辑
granvia 发表于 2019-7-27 23:32
NBO7不必需要这个更新来支持,在老版本G16中用NBO6Read关键词就能直接调已安装好的NBO7程序。

不知这个 ...

修复了挺多bug,你可以去官网看一下,我看连DFT-D3校正好像都有BUg,挺奇怪的。会不会以前算的都完蛋了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112363

管理员

公社社长

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 07:54:11 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-7-28 21:57
修复了挺多bug,你可以取官网看一下,我看连DFT-D3校正好像都有BUg,挺奇怪的。会不会以前算的都完蛋了:s ...

G09 E.01及之后的DFT-D3没听说过有bug
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

630

帖子

11

威望

1万

eV
积分
11567

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2019-8-8 16:15:49 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-7-28 21:57
修复了挺多bug,你可以取官网看一下,我看连DFT-D3校正好像都有BUg,挺奇怪的。会不会以前算的都完蛋了:s ...

Problems with Grimme (D2 or D3) dispersion and ghost atoms were fixed.
你说的是这个?
计算化学与分子模拟

286

帖子

0

威望

2679

eV
积分
2965

Level 5 (御坂)

计算化学路人甲

8#
发表于 Post on 2019-8-8 16:52:20 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2019-8-8 16:15
Problems with Grimme (D2 or D3) dispersion and ghost atoms were fixed.
你说的是这个?

嗯嗯,是不是我理解错了?需要有ghost atoms时才有问题?

630

帖子

11

威望

1万

eV
积分
11567

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2019-8-8 16:56:12 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-8-8 16:52
嗯嗯,是不是我理解错了?需要有ghost atoms时才有问题?

应该是
计算化学与分子模拟

56

帖子

1

威望

1266

eV
积分
1343

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2019-8-16 17:37:16 | 只看该作者 Only view this author

刚刚准备组建计算化学平台。gaussian需要单独购买正版吗?一直做实验科学,对计算化学不太谅解,还请多多指教一下。
留给自己点琢磨的时间。

630

帖子

11

威望

1万

eV
积分
11567

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2019-8-16 17:40:35 | 只看该作者 Only view this author
skdmax 发表于 2019-8-16 17:37
刚刚准备组建计算化学平台。gaussian需要单独购买正版吗?一直做实验科学,对计算化学不太谅解,还请多多 ...

http://www.molcalx.com.cn/
http://www.emoltech.com/
这是中国的两家代理 直接联系
计算化学与分子模拟

1043

帖子

0

威望

4106

eV
积分
5149

Level 6 (一方通行)

12#
发表于 Post on 2019-8-16 20:16:10 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
skdmax 发表于 2019-8-16 17:37
刚刚准备组建计算化学平台。gaussian需要单独购买正版吗?一直做实验科学,对计算化学不太谅解,还请多多 ...

要发文章必须购买版权

68

帖子

4

威望

1566

eV
积分
1714

Level 5 (御坂)

大鸭鸭

13#
发表于 Post on 2019-8-16 22:04:06 | 只看该作者 Only view this author
G16 A.03算G4好像会有G4 Free Energy输出为空的情况,不知道新版本有没有更新这个bug
The leaping arc at your finger
is my faith and will eliminate never
Only the railgun will live forever

320

帖子

1

威望

5357

eV
积分
5697

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2019-8-16 23:41:44 | 只看该作者 Only view this author
linqiaosong 发表于 2019-8-16 22:04
G16 A.03算G4好像会有G4 Free Energy输出为空的情况,不知道新版本有没有更新这个bug

试了试. b01已经修正。并且结果也和G09算出来一致了。

G4_g09e01.log

220.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 9

G4_g16a03.log

230.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 9

G4_g16b01.log

229.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 12

68

帖子

4

威望

1566

eV
积分
1714

Level 5 (御坂)

大鸭鸭

15#
发表于 Post on 2019-8-16 23:42:37 | 只看该作者 Only view this author
paramecium86 发表于 2019-8-16 23:41
试了试. b01已经修正。并且结果也和G09算出来一致了。

感谢
The leaping arc at your finger
is my faith and will eliminate never
Only the railgun will live forever

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 20:09 , Processed in 0.351685 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list