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[新手求助] 柔性扫描中Gaussian判定两个分子中的三个原子键角180°导致报错怎么办

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发表于 2019-9-10 09:11:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,最近在计算一个分子和溶剂分子(甲醇)的氢键,做一个柔性扫描。做到一半,高斯报错,甲醇中的两个原子和目标分子中的一个原子键角为180°,导致一系列二面角也出现了错误,请问有没有什么方法可以把两个分子独立开,不去计算分属于两个分子的原子之间的键角、二面角。
以下是报错信息:
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle    20 -    19 -    30
Tors failed for dihedral    30 -    19 -    20 -    43
Tors failed for dihedral    30 -    19 -    20 -    44
Tors failed for dihedral    30 -    19 -    20 -    45
Tors failed for dihedral    20 -    19 -    30 -    15
FormBX had a problem.

附图为GV部分图
微信截图_20190910091047.png

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发表于 2019-9-10 10:12:38 | 显示全部楼层
原子位置稍微移动一下继续算

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 楼主| 发表于 2019-9-10 12:55:56 | 显示全部楼层
wull 发表于 2019-9-10 10:12
原子位置稍微移动一下继续算

好的谢谢,我先去试试看

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公社社长

发表于 2019-9-10 13:37:57 | 显示全部楼层
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
由于柔性扫描过程本质上相当于一大批限制性优化,而几何优化过程中Gaussian要求不能中途出现三个原子排成直线的情况,因此柔性扫描任务中途有可能因为出现三个原子排成直线而报错。这也没有什么简单而且一定奏效的做法可以解决。碰上这种情况可以考虑调整扫描设定试图避开出现这种现象的可能;或者对柔性扫描中失败的点手动做限制性优化,然后遇到三个原子排成直线时,取最后的结构沿用之前的设定进一步优化(由于此时初始结构里就已经有三个原子排成直线,Gaussian会做一些恰当处理使得优化往往可以继续进行)。
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 楼主| 发表于 2019-9-10 16:43:04 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-9-10 13:37
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474(http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html ...

谢谢sob老师!
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