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[综合讨论] Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法,数据分析长期答疑贴

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发表于 2015-7-16 15:56:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 jiewei 于 2017-1-12 09:27 编辑

jiewei的使用范围局限于 AC、 forcite、castep、 dmol3、morphology 、 polymorph、dftb+ 模块
热诚欢迎其他高手例如开发卡卡等进入此贴答疑!

另请使用MS的新人最好先看两遍手册,做两个例子后再来看这个贴。

另外,强烈建议使用者遇到不懂的时候自己先去看MS自带的help,有什么不懂的再来问是最好的。

PS:一句,如果想及时有效得得到回复,最好艾特我一下

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发表于 2015-7-16 19:05:46 | 显示全部楼层
额,我顶多算个新手啊,perl脚本到现在用的还不是很利索呢
近期忙。

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发表于 2015-7-18 15:10:43 | 显示全部楼层
请问,为什么我测试MS中的gaussian的时候不出几秒钟情况下就会发生failare,软件进程自动停止?

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 楼主| 发表于 2015-7-19 09:49:38 | 显示全部楼层
ca0yan9 发表于 2015-7-18 15:10
请问,为什么我测试MS中的gaussian的时候不出几秒钟情况下就会发生failare,软件进程自动停止?

MS中的gaussian模块不能叫一个模块,它是和真正的gaussian软件连接的。 首先你看一下是否装了gaussian软件? 其次你看一下MS调用gaussian的路径是否合理?

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发表于 2015-7-19 20:55:49 | 显示全部楼层
jiewei 发表于 2015-7-19 09:49
MS中的gaussian模块不能叫一个模块,它是和真正的gaussian软件连接的。 首先你看一下是否装了gaussian软 ...

那请问老师怎么改变调用路径捏?

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 楼主| 发表于 2015-7-20 18:27:14 | 显示全部楼层
ca0yan9 发表于 2015-7-19 20:55
那请问老师怎么改变调用路径捏?

这个我只是知道这个模块,具体还没有操作过。因为直接用高斯进行计算是一样的。
你MS的模型建好后保存为mol的格式,用GV打开,设置好输入文件就可以高斯计算了。

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yjcmwgk + 5 哈哈,MS连Gaussian。我的答案是:GaussVie.

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发表于 2015-7-20 18:47:11 | 显示全部楼层
jiewei 发表于 2015-7-20 18:27
这个我只是知道这个模块,具体还没有操作过。因为直接用高斯进行计算是一样的。
你MS的模型建好后保存为 ...

谢谢老师。

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发表于 2015-8-21 17:44:39 | 显示全部楼层
老师您好!请问,我想将Al2O3构建成一个lattice parameters为a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.068 Å, and β = 90.59°的模型,该如何构建?MS自带的结构库中Al2O3的晶体结构组是R-3C(167),其中a与b是相同的不能修改为上述值。

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 楼主| 发表于 2015-8-24 10:25:18 | 显示全部楼层
EITian 发表于 2015-8-21 17:44
老师您好!请问,我想将Al2O3构建成一个lattice parameters为a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.0 ...

首先需要申明的是,我是做有机的,对无机不是特别理解。
从你的问题来看,你是需要建立两个异质节吧? 另外一个的参数是a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.068 Å, and β = 90.59°?
在解决问题之前,你需要知道一个原理。就是晶体的原胞的的晶格参数是固定的,它形成其他晶胞时的晶格参数只能是原胞的整数倍。所以Al2O3能不能形成a = 5.587 Å, b = 8.413 Å, c = 8.068 Å, and β = 90.59°的模型的模型,要看Al2O3的晶格参数是否是上面几个参数的几分之一。

此外,建立异质节的方法简单说来是这样 两个晶体: a1,b1,c1 以及a2,b2,c2
取a1和a2的最小公倍数(大致即可, 比如4.2和3。1的公倍数为12),依次类推。
至于角度,你最好在进行上一步操作之前转成两个晶体具有相同的角度。
上述步骤完成后, 直接将其中一个晶体拷贝到另外一个晶体中,然后对a,b,c轴进行完全优化(晶体的角度不用,因为已调整好)即可。

此外,MS的学习手册我记得是有这方面的详细资料的,你可以去往上搜索一下。

祝学习进步!

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发表于 2015-8-26 12:36:30 | 显示全部楼层
jiewei 发表于 2015-8-24 10:25
首先需要申明的是,我是做有机的,对无机不是特别理解。
从你的问题来看,你是需要建立两个异质节吧?  ...

非常感谢老师!

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发表于 2015-9-15 08:46:57 | 显示全部楼层
前辈您好!我优化一个氧化铝110表面,总是得不到结果,是不是参数的选取出现了问题?输出文件和结构以及计算参数文件如下,望指点迷津!

Al2O3 (1 1 0).outmol

68.66 KB, 下载次数: 3

Al2O3 (1 1 0).xsd

257.41 KB, 下载次数: 2

Al2O3 (1 1 0).xtd

257.37 KB, 下载次数: 12

SMDMol3_Extension_Al2O3 (1 1 0).xms

10.44 KB, 下载次数: 2

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发表于 2015-9-15 08:59:43 | 显示全部楼层
就是这个任务总是中断,显示failure communication,但其他任务没事,而且中断时都没有出现能量优化

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 楼主| 发表于 2015-9-15 09:23:06 | 显示全部楼层
EITian 发表于 2015-9-15 08:46
前辈您好!我优化一个氧化铝110表面,总是得不到结果,是不是参数的选取出现了问题?输出文件和结构以及计 ...

1. 我不知道LDA在描述这类体系时效果如果,不过我相信GGA/PBE能狗具有较好的描述,要不VASP前几年的文章就没法发表了,是吧?
2. 你的模型的底部很多氧都是单键的成键方式,我不知道AL2O3在这样的表面是否稳定,你需要考虑一下这种底部是否稳定? 因为氧的单键 很容易是自由基, 自由基可以稳定,但是一个体系中很多自由基一般都是不稳定的。
3. 收敛精度建议使用fine,核电子的处理建议用DFT半核赝势。基组可以先用DNP优化,再用DNP+进行优化
4. 你的SCF才50圈,由于你的体系应该不是稳定的,所以建议你写上500圈,建议你以后每次都写上500圈。
5. smearing 可以帮助不容易收敛的体系进行收敛。 所以建议你用smearing, 先写个00.01-0.02 Ha,如果收敛了再逐步减小,直到最后去掉。
6. orbital cutoff这个值是需要测试的,medium一般是不够的,如果你实在不想测试,建议至少也要用fine的精度。
7. 最后,为保证优化的可靠性,kpoints一般要保证fine。

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发表于 2015-9-15 09:40:23 | 显示全部楼层
老师,您好,我需要利用CONNOLLY model计算一个晶胞中某个晶面的溶剂可及面积面积以及盒子中该晶面的总表面积,可是我设置了半天,要么只能得到体积类的参数,要不然计算得到的两个参数的比值很大,我感觉是有问题的,请您指导一下。或者给个例子也行,麻烦您了。

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发表于 2015-9-20 11:10:44 | 显示全部楼层
jiewei 发表于 2015-9-15 09:23
1. 我不知道LDA在描述这类体系时效果如果,不过我相信GGA/PBE能狗具有较好的描述,要不VASP前几年的文章 ...

多谢前辈解答!
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