Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

evacolin

卡开发发 发表于 2018-1-23 10:17
不好说，有如下几种可能性：
1、拉伸过程中个别点因数值不稳定被优化到其他多重度的情况，可以关掉自旋 ...

您好，非常感谢。我按您说的把多极展开调到16后得到如图的结果。还是有一个点偏离了。

卡开发发

evacolin 发表于 2018-1-23 11:54
您好，非常感谢。我按您说的把多极展开调到16后得到如图的结果。还是有一个点偏离了。

看看赝势和积分精度以及更换基组是否能进一步改善。

zorow

请问各位使用Materials Studio软件的老师，我在帮老师做预算，想了解一下目前购买或升级castep和dmol3模块的价格大概是多少，sorption模块的价格又是多少？实验室目前已购5.0版本。

SeanZYZ

请问，我想将 a=10.185, b=4.713, α=90,β= 91.09,γ=90 的晶体 转换成 α=90,β= 90,γ=120的晶系，那么a,b的值该如何计算？附件为原文件。@jiewei

青青和悠悠

请问，MS的这些版本有什么不同，您觉得哪个版本比较好呢？

zjxitcc

evacolin 发表于 2018-1-23 11:54
您好，非常感谢。我按您说的把多极展开调到16后得到如图的结果。还是有一个点偏离了。

上一页的图中不清楚，我看不出是拉伸氢键等次级键，还是拉伸共价键。如果你做的是团簇、分子类型的计算（即无周期性），并且拉伸的是共价键，那么这种问题是很正常的。在RHF或RDFT水平下，有可能有内部不稳定性（internal instability），这时候能量会偏高，必须保证没有内部不稳定性。当然共价键的拉伸很多时候片段的自旋多重度是会改变的，这时候还会有RHF->UHF或RDFT->UDFT不稳定性，此时RHF或RDFT能量一般都是错的，通常要用UHF或UDFT。
那么问题又来了，即使是U，在键拉伸时也可能会有内部不稳定性，还是要确保没有内部不稳定性。解决这些问题的最好、终极方法是用Gaussian，有强大的检验stable和片段组合波函数功能。
PS1：你这曲线还是不太对，一个点能量偏低，有可能是附近其他点都是错的，那个低的点才是对的。我做过这种类型的例子；
PS2：如果实在想在现有软件或者框架下解决该问题，试试：对于偏低的那个点附近的结构，去读取偏低那个点的波函数作为初始猜测。具体实现细节每个软件都不一样。

luoshan393

@卡开发发   老师，最近在优化合金体系，在coarse的精度的Orbital cutoff 下能成功，一换到medium就scf不收敛（250圈且没有收敛趋势），其他参数不变。尝试增大了一下smearing也没有用。  还有哪些主要因素可能导致这样的结果？ 十分感谢

Vector

zorow 发表于 2017-6-25 16:12
如图，我用DMol3模块研究HCl在CeO2表面分解，这是计算完成后(没报错)找到的过渡态，频率计算后发现全部为正 ...

你好，请问你的问题解决了吗？我最近用Dmol3算了几个分解反应，发现分解反应都有类似的问题，过渡态能级要么总是很接近产物甚至略低于产物。

Vector

请教各位老师，最近用DMol3算了一个分解反应的过渡态（从芳香碎片上分离H20分子），发现过渡态能级略低于产物能级。请问这样的结果合理吗？还是说分离反应没有过渡态，这里算出的微量差异是由于精度不够高引起的呢？或者是因为没有优化产物结构引起的（产物是两个优化好的分子保持一定距离放在同一个xsd文件里的）？非常感谢(｀･ω･´)ゞ敬礼っ
计算采用的泛函：GGA/RPBE
基组：DNP+
Smearing, 0.001 Ha
得到的结果：
Energy of reaction           :             98.939 kcal/mol
Energy of barrier            :             96.724 kcal/mol

zorow

Vector 发表于 2018-5-7 17:38
你好，请问你的问题解决了吗？我最近用Dmol3算了几个分解反应，发现分解反应都有类似的问题，过渡态能级 ...

我当时的问题在于，我搜索过渡态的两个构型没有进行过几何优化就直接跑TS search了，优化后发现原来的构型不能收敛，所以我最后重新确定、优化了反应的初始构型，随后再进行过渡态搜索。
记得当时提问后有老师回复说我的反应物生成物结构不合理，我个人觉得你可能也是这样的原因吧

Vector

zorow 发表于 2018-5-7 20:47
我当时的问题在于，我搜索过渡态的两个构型没有进行过几何优化就直接跑TS search了，优化后发现原来的构 ...

多谢学长。我也感觉初始结构和最终结构对计算结果挺大的，只是背后的原因不是很清楚，文献中好像也找不到具体的分析。只能慢慢试了。。。

zorow

Vector 发表于 2018-5-8 08:39
多谢学长。我也感觉初始结构和最终结构对计算结果挺大的，只是背后的原因不是很清楚，文献中好像也找不到 ...

不知你TS search前做几何优化没有。。。我学到的是不做优化TS search结果肯定是错的，另外就是合适的构型才能搜索到过渡态，这个要你多试试找找感觉。。。

灰天皮匠

老师，我做Pb的晶格优化那个算例的时候，出现这种错误。您能否讲讲这种错误形成的原因以及如何解决？谢谢老师！

tianyongpan

请教各位，Dmol3中有机分子频率优化后，键长的内容能以文件的形式输出嘛？在图上单个点每个化学键太费时间了

qq578139841

请问各位老师，使用Linux的ms8.0版计算时，短时间计算都没有问题，一旦计算时间超过2，3个小时的时候，计算就自动停止了
.castep最后一行是这样的（中间没有报错）
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
SCF loop      Energy                           Energy gain       Timer   <-- SCF
                                               per atom          (sec)   <-- SCF
------------------------------------------------------------------------ <-- SCF
Initial  -2.90853706E+004                                      44096.75  <-- SCF
      1  -2.90852634E+004                   -7.44754593E-004   44191.47  <-- SCF
      2  -2.90852688E+004                    3.77534936E-005   44267.25  <-- SCF

gateway中Http Error Log有这样的提醒
[Tue May 22 03:27:50 2018] [warn] pid file /home/bjc/Accelrys/MaterialsStudio8.0/etc/Gateway/configurations/default/httpd.pid overwritten -- Unclean shutdown of previous Apache run?
[Tue May 22 03:27:50 2018] [notice] Apache/2.2.27 (Unix) mod_perl/2.0.4 Perl/v5.8.9 configured -- resuming normal operations

应该怎么处理呢？