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[GROMACS] 对高分子和小分子的相互作用,怎样对模型进行验证?用什么量来说明模型好坏?

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发表于 2019-10-12 06:35:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
用GAFF模拟了高分子和小分子的相互作用。怎样说明模型是好的呢?
谢谢!
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-10-13 04:34:21 | 显示全部楼层
计算结合自由能 然后和itc进行对比

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 楼主| 发表于 2019-10-13 07:13:59 | 显示全部楼层
wuzhiyi 发表于 2019-10-12 14:34
计算结合自由能 然后和itc进行对比

请问itc是?
你看这巍巍高山延绵不绝,正如人生负重前行。

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发表于 2019-10-13 19:53:49 | 显示全部楼层
isothermal titration calorimetry

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发表于 2019-10-15 01:28:35 | 显示全部楼层
不依赖于实验,纯理论对比有个做法是跑MD,取一些帧,算一下力场算的结合能和较高精度量化算的结合能,统计一下这些帧里平均偏差之类

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 楼主| 发表于 2019-10-15 09:15:14 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-14 11:28
不依赖于实验,纯理论对比有个做法是跑MD,取一些帧,算一下力场算的结合能和较高精度量化算的结合能,统计 ...

谢谢老师。MD模型研究的相互作用是室温下的,高精度量化不能考虑温度的吧,这该怎么处理呢?
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发表于 2019-10-16 00:08:56 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-10-15 09:15
谢谢老师。MD模型研究的相互作用是室温下的,高精度量化不能考虑温度的吧,这该怎么处理呢?

我说的是计算结合能,直接用电子能量求差,不涉及温度。目的是验证力场对描述二者结合的作用势的合理性

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 楼主| 发表于 2019-10-16 08:13:14 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-10-15 10:08
我说的是计算结合能,直接用电子能量求差,不涉及温度。目的是验证力场对描述二者结合的作用势的合理性

谢谢老师。用力场算结合能是指计算非键相互作用吗?
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发表于 2019-10-17 00:58:10 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-10-16 08:13
谢谢老师。用力场算结合能是指计算非键相互作用吗?

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 楼主| 发表于 2019-10-17 04:42:37 | 显示全部楼层
本帖最后由 yihanxu 于 2019-10-16 20:59 编辑

老师好,想向您请教几个问题:
1. 用MD计算相互作用,是不受温度影响的吗?提高温度只是会起到加快现象发生(比如溶剂中两种溶质的结合或分离)的效果吗?
2. 把量化结果和MD结果对比,得到平均偏差,那么怎么样的偏差范围算是可接受的呢?该怎样讨论呢?
3. 从MD得到的复合物的结构,用量化计算的时候用几何优化复合物的结构吗,还是直接计算单点就可以了?
4. 要用什么级别的量化计算才算高精度、可以说明问题呢?高分子材料的原子数比较多,用高精度的会很贵吧,那如果用比后HF精度低的DFT的话,对于验证这种问题可以算是高精度了吗?5. 如果用MD研究了六种高分子分别和小分子的相互作用,要对六种高分子体系都各做一遍验证吗?是否有什么方法可以减少工作量呢?
感谢老师!


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发表于 2019-10-18 02:02:23 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-10-17 04:42
老师好,想向您请教几个问题:
1. 用MD计算相互作用,是不受温度影响的吗?提高温度只是会起到加快现象发 ...

1 势函数是不受温度影响的,但温度会影响轨迹。比如温度高的时候,可能由于热运动大,导致出现结合能较高的复合物构象出现几率比低温时候低
2 没有确切标准,但也别差得太夸张,比如相对误差都达到40%了
3 对于对比力场可靠性目的,不用优化结构
4 “比后HF精度低的DFT的话”这是错误认识。普通泛函精度都足矣吊打MP2这样低档次后HF方法,看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378http://bbs.keinsci.com/thread-6005-1-1.html
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
5 算一个有代表性的就可以。不用取太多帧,有个二三十帧就足够说明问题了。

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sobereva 发表于 2019-10-17 12:02
1 势函数是不受温度影响的,但温度会影响轨迹。比如温度高的时候,可能由于热运动大,导致出现结合能较高 ...

老师好,请问温度高的时候,为何结合能较高的复合物构象出现几率比低温时候低呢?
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发表于 2019-10-23 03:29:50 | 显示全部楼层
yihanxu 发表于 2019-10-22 13:38
老师好,请问温度高的时候,为何结合能较高的复合物构象出现几率比低温时候低呢?

温度高的时候热运动强,不同构象的稳定性有被拉平的趋势(虽然也可能有反例,如温度升高后反倒导致原先能勉强存在的构型存在不了了)

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