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[GROMACS] 请问交联聚合物和重复单元很大的聚合物的RESP电荷怎么算呢?

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本帖最后由 yihanxu 于 2019-10-22 23:55 编辑

老师好,各位好!
请问怎样为一个交联聚合物(例如下图#1)和重复单元很大的聚合物(例如下图#2,重复单元含70多个atoms)计算它们的原子电荷(比如RESP电荷)呢?谢谢!


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cross-linked polymer #1

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发表于 Post on 2019-10-23 14:03:35 | 只看该作者 Only view this author
我想请问,像这种结构图一般是怎么画出来的?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 00:33:52 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-10-23 00:03
我想请问,像这种结构图一般是怎么画出来的?

试试ChemDraw。也有网页版画结构的,但不怎么灵活,忘了叫什么名字

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少年爱吃地三鲜 + 5 谢谢

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发表于 Post on 2019-10-24 06:57:56 | 只看该作者 Only view this author
都是截取单个单元,两头用氢饱和,然后用Multiwfn算RESP电荷就行了。并且施加电荷约束,让重复单元那部分原子(即用于饱和的原子以外的)区域总电荷为0

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-2-18 16:49:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-24 06:57
都是截取单个单元,两头用氢饱和,然后用Multiwfn算RESP电荷就行了。并且施加电荷约束,让重复单元那部分原 ...

老师好,那建立的聚合物链的两头端基上多余的饱和氢电荷应该如何设置?重复单元部分区域总电荷为0,端基是重复单元上多了氢

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发表于 Post on 2022-2-18 17:01:43 | 只看该作者 Only view this author
Medivan 发表于 2022-2-18 16:49
老师好,那建立的聚合物链的两头端基上多余的饱和氢电荷应该如何设置?重复单元部分区域总电荷为0,端基 ...

一般都是用三个重复单元的模型,取中间那个单元的RESP电荷,根本不需要管两头的单元上用于饱和的原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-2-18 17:55:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-18 17:01
一般都是用三个重复单元的模型,取中间那个单元的RESP电荷,根本不需要管两头的单元上用于饱和的原子

嗯嗯,我纳闷的是最后建模的时候聚合物长链会有H-(重复单元)n-H,如果两端跟H直接相连的重复单元也是用一三重复单元的中间单元的RESP电荷分布(限制重复单元总电荷为0),这时候如果端H的电荷设置不为0的话,整条链的总电荷就不能为0,不想让聚合物带电就得将端H电荷设置为0,但好像又不符合实际情况。对于端基电荷的处理不知道哪种处理方法是MD中常用的呢?

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发表于 Post on 2022-2-18 18:28:27 | 只看该作者 Only view this author
Medivan 发表于 2022-2-18 10:55
嗯嗯,我纳闷的是最后建模的时候聚合物长链会有H-(重复单元)n-H,如果两端跟H直接相连的重复单元也是用一 ...

可以对第1个和最后一个单体单独拟合RESP电荷,限制【第一个单体+H原子】和【最后一个单体+H原子】的总电荷为0
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-2-18 21:18:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-2-18 18:28
可以对第1个和最后一个单体单独拟合RESP电荷,限制【第一个单体+H原子】和【最后一个单体+H原子】的总电 ...

噢噢噢谢谢您!

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发表于 Post on 2023-12-10 20:06:37 | 只看该作者 Only view this author
我想在gaff力场下对建立的聚合物进行弛豫平衡以观察孔隙率;以及聚合物在水溶液中的模拟。针对于此研究目的,我的聚合物的结构单元采用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**级别优化,然后在B3LYP-D3(BJ)/DEF2TZVP级别下计算单点能。得到波函数以通过Multiwfn程序计算resp电荷。然后,我想问下,1.我的resp电荷计算过程是否需要再加上iefpcm隐式溶剂模型呢。2,重复单元净电荷设置为0的基础上,是否还能使用resp2(0.5)电荷呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-11 19:14:43 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-10 20:06
我想在gaff力场下对建立的聚合物进行弛豫平衡以观察孔隙率;以及聚合物在水溶液中的模拟。针对于此研究目的 ...

你可以引用sob老师的回复来发言,你这样子发他可能看不到
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-11 19:17:45 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-10 20:06
我想在gaff力场下对建立的聚合物进行弛豫平衡以观察孔隙率;以及聚合物在水溶液中的模拟。针对于此研究目的 ...

我觉得,有水的话,需要加上iefpcm隐式溶剂模型
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发表于 Post on 2023-12-11 21:06:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-18 17:01
一般都是用三个重复单元的模型,取中间那个单元的RESP电荷,根本不需要管两头的单元上用于饱和的原子

老师,我想在gaff力场下对建立的聚合物进行弛豫平衡以观察孔隙率以及聚合物在水溶液中的相关模拟。针对于此研究目的,我的聚合物的结构单元需要计算resp电荷。在重复单元净电荷为0的约束下,我不确定是否使用气相下的resp,还是液相下的resp,还是使用resp2(0.5)电荷。但我看文章中报道的,聚合物重复单元都是使用的HF/6-31G*或者B3LYP-D3(BJ)/6-311G**气相下的resp。
此外,老师您之前在群里说过,是推荐使用resp2(0.5)。但我好奇,在重复单元局部电荷施加约束为0后,还能使用resp2(0.5)吗。没见到聚合物重复单元有使用resp2(0.5)电荷的相关报道。也许是我了解的太少。
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发表于 Post on 2023-12-11 21:09:11 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2023-12-11 19:17
我觉得,有水的话,需要加上iefpcm隐式溶剂模型

好嘞,感谢。已经引用卢老师的回复重新发言啦。聚合物单独的平衡模拟是不是也可以使用iefpcm模型下的resp电荷呢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-12 08:26:48 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-11 21:09
好嘞,感谢。已经引用卢老师的回复重新发言啦。聚合物单独的平衡模拟是不是也可以使用iefpcm模型下 ...

只有聚合物为什么还有溶剂效应呢?有实际意义吗?
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