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楼主 Author: yihanxu
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[GROMACS] 请问交联聚合物和重复单元很大的聚合物的RESP电荷怎么算呢?

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发表于 Post on 2023-12-12 08:27:02 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-11 21:06
老师,我想在gaff力场下对建立的聚合物进行弛豫平衡以观察孔隙率以及聚合物在水溶液中的相关模拟。针对于 ...

RESP2刚出来没几年,自然看到的文章少
Multiwfn算真空下和溶剂模型下的RESP电荷都带着片段净电荷约束,然后取平均就自然得到带约束的RESP2(0.5)电荷了

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发表于 Post on 2023-12-12 12:16:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-12 08:27
RESP2刚出来没几年,自然看到的文章少
Multiwfn算真空下和溶剂模型下的RESP电荷都带着片段净电荷约束, ...

非常感谢sob老师
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发表于 Post on 2023-12-12 13:08:13 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2023-12-12 08:26
只有聚合物为什么还有溶剂效应呢?有实际意义吗?

因为我想观察聚合物在水中的孔隙率是多少,按理说需要在聚合物resp2(0.5)电荷基础上在加上显示水模型进行MD平衡后,提取出聚合物的结构进行孔隙率计算。现在想的是直接给聚合物重复单元resp2(0.5),在单独平衡后去计算孔隙率。原因有以下几个:1.现在报道的文章聚合物平衡使用HF/6-31g*气相下的resp,默认对聚合物有一定的极性高估倾向。然而相比于HF/6-31g*气相下的resp,用B3LYP-D3(BJ)/def2tzvp搭配iefpcm模型计算resp,会使溶质极化过高;而用B3LYP-D3(BJ)/def2tzvp气相的resp电荷又缺少对聚合物的极化。(2)B3LYP-D3(BJ)/def2tzvp级别气相与液相混合得到的resp2(0.5)比HF/6-31G*气相下的resp更稳妥。可用于对聚合物的极化。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-13 21:06:19 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-12 13:08
因为我想观察聚合物在水中的孔隙率是多少,按理说需要在聚合物resp2(0.5)电荷基础上在加上显示水模型进行 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-14 00:18:47 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-12-12 13:08
因为我想观察聚合物在水中的孔隙率是多少,按理说需要在聚合物resp2(0.5)电荷基础上在加上显示水模型进行 ...

请问方便分享一下相关的参考文献吗?
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发表于 Post on 2023-12-14 09:41:22 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2023-12-14 00:18
请问方便分享一下相关的参考文献吗?

可以参考卢老师博文《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》里面提到的几篇文献。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-14 22:49:29 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2023-12-14 09:41
可以参考卢老师博文《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》里面提到的几篇文献。

谢谢!我是想问问18楼这句话的相关文献 “1.现在报道的文章聚合物平衡使用HF/6-31g*气相下的resp,默认对聚合物有一定的极性高估倾向。然而相比于HF/6-31g*气相下的resp,用B3LYP-D3(BJ)/def2tzvp搭配iefpcm模型计算resp,会使溶质极化过高”,还有关于高分子孔隙率模拟的文献^_^ @JCenter
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发表于 Post on 2023-12-14 23:35:31 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2023-12-14 22:49
谢谢!我是想问问18楼这句话的相关文献 “1.现在报道的文章聚合物平衡使用HF/6-31g*气相下的resp,默认对 ...

1.聚合物单元使用HF/6-31g气相的resp电荷,你搜一下文章就能搜到。
2.对于我说的B3LYP-D3(BJ)/def2tzvp搭配iefpcm模型计算resp,相比HF/6-31g气相的resp电荷,会使溶质极化过高。你可以仔细读下sob老师的博文《RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算》(http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html)开头的内容。
3.孔隙率相关的文献,我还没来得及找。你可以用zeo++进行孔径分布计算等,vislt可以对孔隙率进行可视化。当然,Multiwfn可以可视化(http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html)。

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发表于 Post on 2023-12-14 23:52:04 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2023-12-14 22:49
谢谢!我是想问问18楼这句话的相关文献 “1.现在报道的文章聚合物平衡使用HF/6-31g*气相下的resp,默认对 ...

不光是聚合物,这是更一般性的说法,你就看一下我上面贴的卢老师的博文链接

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wzkchem5 发表于 2022-2-18 18:28
可以对第1个和最后一个单体单独拟合RESP电荷,限制【第一个单体+H原子】和【最后一个单体+H原子】的总电 ...

王老师您好,这种情况下可不可以直接选择一个二聚体,不加限制,拟合两端的RESP电荷;或者选择一个三聚体限制中间重复单元电荷为0,对两端不加限制,拟合两端的RESP电荷,两种方法都考虑多构象。

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发表于 Post on 5 hour ago | 只看该作者 Only view this author
flymetothemoon 发表于 2025-8-11 21:34
王老师您好,这种情况下可不可以直接选择一个二聚体,不加限制,拟合两端的RESP电荷;或者选择一个三聚体 ...

原则上也可以,具体哪种做法最常见我就不清楚了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 3 hour ago | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-8-12 07:11
原则上也可以,具体哪种做法最常见我就不清楚了

好的,谢谢老师

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