AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-2-29 13:30:12

本帖最后由喵星大佬于 2024-2-29 13:35 编辑

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

这套参数的rtp文件里面缺少OL1残基的C12和+C11的成键，补上这个成键之后还是缺参数的

李赛亚 · 发表于 Post on 2024-8-21 17:52:26

wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

Huschein · 发表于 Post on 2024-8-21 23:39:37

李赛亚发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

目前似乎只能tleap

youknowdcf · 发表于 Post on 2024-10-29 11:22:37

李赛亚发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢（毕竟amber19sb+opc效果最好嘛）

看gromacs论坛官方人员说，目前貌似没有gromacs直接可用的19sb包，但可以在charmmgui上获取19sb的力场参数

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