用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本win版

tjuptz

        虽然Windows平台跑MD的效率不如Linux，但是其方便性还是很高的。尤其在社长提供了GROMACS的win版后，感觉论坛和群里使用的人不少。对于一些试跑或者短时间模拟，在win下完成很方便。为了便于使用，仿照Linux下的bash批处理命令用Packmol建模及GMX跑动力学命令的懒人脚本，写了个Windows下的batch脚本。packmol_win版使用见http://sobereva.com/473。
        应用方法如下：1.建立某一模拟的文件夹，比如solute_in_sol1，把结构文件、拓扑文件和md.bat放进去 2.在里面建立packmol文件夹，把packmol用到的结构文件和输入文件放进去 3.重复1和2建立solute_in_sol2、solute_in_sol3……solute_in_solN 4.将1到N这些要跑到任务文件夹子目录放到跑MD的文件夹父目录如MD中，并把domd.bat拷贝进去 5.在cmd终端里输入domd.bat即可。
md.bat内容如下：

1. :: batch script for MD
   
2. 
   
3. echo =============================%~dp0==============================
   
4. cd .\packmol
   
5. packmol < mix.inp
   
6. move /y mix.pdb ..\
   
7. cd ..
   
8. gmx grompp -f em.mdp -c mix.pdb -p mix.top -o em.tpr
   
9. gmx mdrun -v -deffnm em
   
10. gmx grompp -f eq.mdp -c em.gro -p mix.top -o eq.tpr
    
11. gmx mdrun -v -deffnm eq
    
12. gmx grompp -f md.mdp -c eq.gro -t eq.cpt -p mix.top -o md.tpr
    
13. gmx mdrun -v -deffnm md
    
14. echo 0 |gmx trjconv -f md.xtc -o fixmd.xtc -s md.tpr -pbc mol -dt 10
    
15. echo 40 41 |gmx energy -f desorb.edr >> energy.txt

复制代码

domd.bat内容如下：

1. :: batch script for md script
   
2. 
   
3. @echo off
   
4. for /d %%i in (*) do (
   
5.      cd %%i
   
6.      call md.bat
   
7.      cd ..
   
8.      echo off
   
9. )

复制代码

注：请根据代码内容恰当修改自己的输入文件的名称以便一键化操作； 最后会对轨迹进行修正，可根据自己实际情况修改；如有后处理操作亦可加入到md.bat中一并处理

huangjin

非常感谢，收藏了。

qq1020935287

请问楼主文件名应该替换到脚本中什么位置啊？还是只需要修改好输入文件的名称就可以啊

tjuptz

qq1020935287 发表于 2022-5-13 23:53
请问楼主文件名应该替换到脚本中什么位置啊？还是只需要修改好输入文件的名称就可以啊

gmx命令行

qq1020935287

tjuptz 发表于 2022-5-14 11:07
gmx命令行

是不是不需要改变脚本，只改修改对应的输入文件名就可以呀

tjuptz

qq1020935287 发表于 2022-5-14 12:22
是不是不需要改变脚本，只改修改对应的输入文件名就可以呀

是的

qq1020935287

tjuptz 发表于 2022-5-14 12:38
是的

感谢！

大王来何

感谢