重复计算一直出现类似的结果，大神看看原因是什么

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-7-31 21:18:19

sobereva 发表于 2015-7-31 20:07
clean那种做法只是十分粗糙的分子力场优化，我并不怎么建议用，有的时候你会发现clean之后结果反倒很不 ...

实际上只是看到LZ的结构建立的就不合理，无论是clean还是稍高级的forcefield或是半经验方法其实都行，原则上建议半经验的方法，clean之后的结果没准还得优化大半天。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-7-31 21:49:13

卡开发发发表于 2015-7-31 19:10
gview里面有个clean的按键（形状是刷子），在菜单下的Edit中也能找到，多点几次这个键直到你的分子结构不再 ...

GaussView的Clean很蠢的，有的时候clean一下两个氢都给重合起来了。还不如用Chem3D的MM2 minimize，也是几秒到几十秒的事，效果好得多。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-7-31 22:29:50

liyuanhe211 发表于 2015-7-31 21:49
GaussView的Clean很蠢的，有的时候clean一下两个氢都给重合起来了。还不如用Chem3D的MM2 minimize，也是 ...

建模用GView并不算是好的选择，个人觉得MS要好得多（似乎暴露我是个懒人）。

结构本身很容易产生位阻的情况clean完全没用，需要些结构化学的知识预判并且做微调来手工产生初始结构，MS手工移动各个基团容易得多。

smutao · 发表于 Post on 2015-8-1 05:02:01

加弥散函数只有这些场合有意义：弱相互作用、算偶极矩/多极矩、(超)极化率、里德堡激发态、阴离子体系、势垒计算。
Mark一下

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-8-1 05:21:23

sobereva 发表于 2015-7-31 20:05
弥散对这种体系根本没什么意义，虽然加了能有极微小的改进，但完全划不来，还使得收敛变得困难。
你要 ...

好像有好多文章里的有机反应的势垒计算（包括过渡金属催化的）都没有加弥散，大片的6-31G(d)。这样是不合适吗？

另外有人说带有大电负性基团的要加弥散，比如CF3，这个说法对吗？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-8-1 05:21:44

本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-8-1 05:23 编辑

卡开发发发表于 2015-7-31 22:29
建模用GView并不算是好的选择，个人觉得MS要好得多（似乎暴露我是个懒人）。

结构本身很容易产生位阻 ...

呃~~MS是MarvinSketch？Search Results

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:03:29

sobereva 发表于 2015-7-31 20:05
弥散对这种体系根本没什么意义，虽然加了能有极微小的改进，但完全划不来，还使得收敛变得困难。
你要 ...

谢谢sob老师~~受益匪浅

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:08:53

sobereva 发表于 2015-7-31 20:07
clean那种做法只是十分粗糙的分子力场优化，我并不怎么建议用，有的时候你会发现clean之后结果反倒很不 ...

半经验方法是选择计算的方法的时候选择这个对不对？后面的内存和路径的设置用不用相应的改变还是跟DFT方法的设置一样就好？

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:13:16

helpme 发表于 2015-7-31 20:21
也可以试试输入里面加 iop(5/13=1)。

是指在输入的gjf文件中加吗？ iop(5/13=1) 加到哪里

希望这个问题没让你抓狂

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:14:38

卡开发发发表于 2015-7-31 21:18
实际上只是看到LZ的结构建立的就不合理，无论是clean还是稍高级的forcefield或是半经验方法其实都行，原 ...

我已经把clean后的传上去了

还在计算，等结果中。。。。

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:15:43

liyuanhe211 发表于 2015-7-31 21:49
GaussView的Clean很蠢的，有的时候clean一下两个氢都给重合起来了。还不如用Chem3D的MM2 minimize，也是 ...

受教了！谢谢~~

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:17:47

卡开发发发表于 2015-7-31 22:29
建模用GView并不算是好的选择，个人觉得MS要好得多（似乎暴露我是个懒人）。

结构本身很容易产生位阻 ...

MS又是什么东东

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:30:29

暖玉生烟发表于 2015-8-1 11:17
MS又是什么东东

Materials Studio，如果你要建立很复杂的体系是个好的选择，小分子Gview画画就行。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:31:29

liyuanhe211 发表于 2015-8-1 05:21
呃~~MS是MarvinSketch？Search Results

Materials Studio，个人感觉建模比Gview方便得多。

暖玉生烟 · 发表于 Post on 2015-8-1 11:43:36

卡开发发发表于 2015-8-1 11:31
Materials Studio，个人感觉建模比Gview方便得多。

也是一个作图软件

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