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楼主 Author: 暖玉生烟
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[新手求助] 重复计算一直出现类似的结果,大神看看原因是什么

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发表于 Post on 2015-8-1 12:27:46 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-8-1 05:21
好像有好多文章里的有机反应的势垒计算(包括过渡金属催化的)都没有加弥散,大片的6-31G(d)。这样是不合 ...

弥散函数对势垒计算不是必不可少的(而有些问题比如算偶极矩,不加弥散则绝对不行),但加了弥散会令结果改进不少,所以是划算的。之前给你提到过一篇truhlar的JCTC横测势垒的文章就体现了这一点,只要加上最低程度的弥散(重原子的s,p弥散),误差就下来不少。

局部带很负电荷的地方局部应该加弥散。但是CF3这还不算,用3-zeta就够了,因为3-zeta最外层基函数已经体现出半弥散特征了,对于CF3足够描述了。但如果是比如Na2SO4这样,SO4明显带两个负电荷,那还是要加弥散。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-8-1 12:30:19 | 只看该作者 Only view this author
关于建模,涉及到周期性的建模无疑MS是最好的,但是小分子的建模,gview绝对是最好的,没有之一。gview建模非常强大好用,一些特征好多人没深入挖掘,比如点群的利用不是一般的方便。
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发表于 Post on 2015-8-1 12:32:00 | 只看该作者 Only view this author
暖玉生烟 发表于 2015-8-1 11:08
半经验方法是选择计算的方法的时候选择这个对不对?后面的内存和路径的设置用不用相应的改变还是跟DFT方 ...

对。
其它地方不用改。
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发表于 Post on 2015-8-1 16:23:02 | 只看该作者 Only view this author
暖玉生烟 发表于 2015-8-1 11:13
是指在输入的gjf文件中加吗? iop(5/13=1) 加到哪里希望这个问题没让你抓狂

就是在命令行加。
用gview的话我不确定是在哪里加入。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-1 20:48:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-1 12:30
关于建模,涉及到周期性的建模无疑MS是最好的,但是小分子的建模,gview绝对是最好的,没有之一。gview建模 ...

300-500分子量属于小分子吧,Gview可以建立模型?我只是在上面作图用其他的软件建模的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-1 20:50:10 | 只看该作者 Only view this author
helpme 发表于 2015-8-1 16:23
就是在命令行加。
用gview的话我不确定是在哪里加入。

命令行,是指传上去的时候吗?完全跟不上你们的维度原谅我只是个计算界的渣渣
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发表于 Post on 2015-8-1 20:54:22 | 只看该作者 Only view this author
暖玉生烟 发表于 2015-8-1 20:48
300-500分子量属于小分子吧,Gview可以建立模型?我只是在上面作图用其他的软件建模的

其实我觉得无所谓,啥程序方便就用哪个,只是技巧问题,核心还是那些理论和概念,如果能够掌握一些计算的细节当然更好。iop加在gjf文件中包含的#行。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-1 21:03:35 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2015-8-1 20:54
其实我觉得无所谓,啥程序方便就用哪个,只是技巧问题,核心还是那些理论和概念,如果能够掌握一些计算的 ...

# opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity   加在它的后面吗?其他的参数还要改吗?
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发表于 Post on 2015-8-1 21:09:27 | 只看该作者 Only view this author
#p opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop
前面加个p这样能够详细显示SCF过程的信息。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。不做培*,不接代*,不接*发谢谢。

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发表于 Post on 2015-8-2 01:23:27 | 只看该作者 Only view this author
暖玉生烟 发表于 2015-8-1 20:48
300-500分子量属于小分子吧,Gview可以建立模型?我只是在上面作图用其他的软件建模的

gview可以建
只不过这对于量化来说已经算较大体系了,建模需要些经验
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发表于 Post on 2015-8-2 01:24:45 | 只看该作者 Only view this author
先别搞那IOp
先把弥散函数去掉进行尝试
如果能收敛,最好所有体系都改用6-311G**而绝对不是6-31+G**!加弥散对计算此体系无益!

另外,什么做法能解决SCF不收敛在这里已经讨论得很详细了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

IOp(5/13=1)属于掩耳盗铃的关键词。
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发表于 Post on 2015-8-2 18:35:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-1 12:27
弥散函数对势垒计算不是必不可少的(而有些问题比如算偶极矩,不加弥散则绝对不行),但加了弥散会令结果 ...

做过渡态的结构优化的时候是否也需要加上弥散?
看到一个说法是,仅对于结构优化来说,B3LYP/6-31+G(d)可以适用于包括过渡态在内的大部分计算需要,这个说法是否正确?

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发表于 Post on 2015-8-2 22:56:51 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-8-2 18:35
做过渡态的结构优化的时候是否也需要加上弥散?
看到一个说法是,仅对于结构优化来说,B3LYP/6-31+G(d) ...

可加可不加
弥散函数对势垒的影响远比对优化的结构的影响大得多得多,算不动就别加。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-3 08:12:34 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2015-8-1 21:09
#p opt b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity iop
前面加个p这样能够详细显示SCF过程的信息。

谢了~~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-3 08:13:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-8-2 01:23
gview可以建
只不过这对于量化来说已经算较大体系了,建模需要些经验

我严重缺乏经验严重!!!
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