分享Molclus配套的PBS作业提交脚本

aimoly · 发表于 Post on 2020-11-13 15:49:11

冰释之川发表于 2020-11-13 10:43
首先你得确定你们服务器用的是不是PBS作业管理系统
如果是就把包含结构信息的输入文件(*.xyz)放置于genm ...

谢谢详细的讲解和耐心，我刚刚开始学习计算化学，我试下。

fond · 发表于 Post on 2020-12-2 09:55:48

老师，您好，看到您的分享觉得特别方便，我们学校服务器用的是LSF作业管理系统，本人是小白一枚，不会编写脚本，想使用您的文件包，您能给我一些建议吗

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-12-2 10:59:30

fond 发表于 2020-12-2 09:55
老师，您好，看到您的分享觉得特别方便，我们学校服务器用的是LSF作业管理系统，本人是小白一枚，不会编写 ...

不管是全职做计算的还是实验党兼职做计算的，稍微学点Shell语言还是非常有必要的。LSF作业管理系统我没用过，没法给出相关建议。但基于你日常提交任务的LSF脚本是可以做成molclus任务专用脚本的，因为PBS脚本主体还是Shell语言写的（bash）

lilf · 发表于 Post on 2021-3-7 16:00:06

请问是否可以让isostat在整理完所有结构后，只保留一定能量范围的结构，比如2kcal/mol内的？

kyuu · 发表于 Post on 2021-3-7 16:22:32

如此腻害之人，老衲掐指一算，注孤生

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-4-15 16:54:54

由于molclus已更新至1.9.9.4版，对isostat工具进行了命令行参数传递的拓展，因而本帖同步更新：删除了isostat的*.ini配置文件，将isostat涉及到的参数直接利用命令行形式传递给isostat本体，届时只需调节*.pbs脚本里./isostat这一行中的控制参数即可。

另外，本帖仍然保留molclus 1.9.9.3版所对应的配套PBS作业提交脚本，其中isostat仍然以传统的导入输入流形式接受参数。

nianbin · 发表于 Post on 2021-6-3 23:09:16

冰冰老师，这个如果我在普通的服务器运行（没有PBS）应该咋办

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-6-4 08:09:36

nianbin 发表于 2021-6-3 23:09
冰冰老师，这个如果我在普通的服务器运行（没有PBS）应该咋办

把脚本里PBS相关的代码屏蔽掉就行了，不过批量计算还是建议装个PBS之类的作业管理系统：《CentOS下安装PBS+maui教程》：http://bbs.keinsci.com/thread-20943-1-1.html

小学瓜 · 发表于 Post on 2021-7-16 16:27:28

楼主有molclus_MOPAC.sh的脚本吗？

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-7-17 21:16:47

小学瓜发表于 2021-7-16 16:27
楼主有molclus_MOPAC.sh的脚本吗？

现在有了xtb，不怎么用MOPAC了，你可以基于xtb脚本修改一下

WaterMirror · 发表于 Post on 2022-2-25 18:26:54

老师请问有不是.7z压缩格式的版本吗

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-2-27 10:34:17

WaterMirror 发表于 2022-2-25 18:26
老师请问有不是.7z压缩格式的版本吗

Scripts_Molclus_1.9.9.7_Linux.zip (2.75 MB, 下载次数 Times of downloads: 5)

WaterMirror · 发表于 Post on 2022-2-27 16:38:03

冰释之川发表于 2022-2-27 10:34

谢谢老师！谢谢老师！之前一直在想着怎么让Molclus进PBS队列奈何水平太差，一直没搞定

PESPES · 发表于 Post on 2022-6-2 19:58:53

snljty 发表于 2020-5-23 14:06
冰冰姐，我想请教一下。
现在用的是slurm的作业系统，里面要用#SBATCH -N指定节点数，-n指定进程数，-c指 ...

请问您使用slurm作业系统，使用molculs调用gaussian的脚本内容是咋写的啊？

PESPES · 发表于 Post on 2022-6-4 17:52:33

请问，在集群交作业的时候，直接./molclus会把作业交到管理节点，使用PBS作业管理系统，添加什么参数可以把作业交到计算节点呢?

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